- •В ведение
- •Глава 1 гели для электрофореза полиакриламидныи гель (пааг) Исходные материалы
- •Процесс полимеризации пааг
- •Выбор концентраций мономеров
- •Агароза
- •Ацетатцеллюлозная пленка, импрегнированная пааг
- •Глава 2 техника приготовления гелей и аппаратура
- •Вертикально расположенные трубки
- •Вертикально расположенные пластины
- •Горизонтально расположенные пластины
- •Глава 3 электрофорез белков
- •Замечания общего характера Миграция белков в геле
- •Напряженность электрического поля (н)
- •Выбор буфера рабочего геля
- •Выделение тепла при электрофорезе
- •Загрузка геля. Ширина белковых зон
- •Введение мочевины и -меркаптоэтанола. Некоторые артефакты
- •Лидирующие красители
- •Разделение белков по размерам и заряду
- •Выбор рабочего буфера
- •Использование мочевины
- •Загрузка геля и подготовка препарата
- •Некоторые примеры
- •Фракционирование гистонов и других щелочных белков.
- •Разделение белков по размеру с использованием ддс-Na Существо метода
- •Выбор пористости геля
- •Присутствие мочевины и неионных детергентов
- •Выбор рабочего буфера геля
- •Подготовка белкового препарата
- •Проведение электрофореза
- •Окрашивание и элюция белков
- •Ступенчатый электрофорез (disc-electrophoresis)
- •Градиент пористости пааг
- •Двумерный электрофорез в пааг
- •Электрофорез с использованием тритона х-100 и цетавлона Тритон х-100
- •Цетавлон
- •Окрашивание белков в пааг
- •Кислые красители
- •Другие красители и методы окрашивания
- •Флюоресцентные красители
- •Локализация ферментов после электрофореза
- •Локализация белковых полос осаждением ддс-Na
- •Элюция белков из геля
- •Определение радиоактивности белков после электрофореза в пааг
- •Счет радиоактивности в элюатах белка
- •Растворение пааг
- •Импрегнирование сцинтиллятора в гель
- •Авторадиография
- •Флюорография
- •Препаративныи электрофорез белков
- •Оглавление
- •Глава 1
- •Глава 2
- •Глава 3
- •Глава 4
- •Глава 1 . Основные понятия теории седиментации ............ 175
- •Глава 2 Ультрацентрифуга ..................... 177
- •Глава 3 Роторы и пробирки .................... 182
- •Глава 4 Раздельное осаждение частиц (дифференциальное центрифугирование) 199
- •Глава 5
Напряженность электрического поля (н)
Разность потенциалов, или напряжение, приходящееся на весь гель, обозначим через Е; тогда для однородного участка геля длиной l Е = Нl. В проводящей ток жидкости приложен- ному напряжению Е всегда отвечает некоторая сила тока I, ко- торая в соответствии с законом Ома определяется суммарным
38
сопротивлением цепи R (I=E/R). В ПААГ проводящей жидко- стью служит буфер, находящийся между нитями полимера. Свой вклад в проводимость вносят и мигрирующие в геле заря- женные макромолекулы, но ввиду их низкой концентрации этим вкладом можно пренебрегать.
Электрическое сопротивление буфера определяется двумя факторами: концентрацией в нем свободных ионов и их электро- форетической подвижностью. Второй фактор играет очень важ- ную роль. Например, при одинаковых концентрациях в двух бу- ферах ионов С1– и СН3СОО– электропроводность первого буфе- ра будет заметно выше, чем второго. Следует также помнить о том, что электрический ток одинаков по всей длине электриче- ской цепи, т. е. в любом сечении трубки или пластины. Разры- вов или скачков тока по длине геля физически быть не может, это аксиома. Иначе обстоит дело с напряжением или напряжен- ностью электрического поля.
Если в любой электрической цепи последовательно включе- ны два различных по своей величине сопротивления R1 и R2, то одинаковый для всей цепи ток I протекает через первое из них за счет падения на нем напряжения Е1=IR1, а через второе — за счет Е2=IR2. Полное напряжение по всей электрической цепи Е=Е1+Е2. Если R1 сильно отличается от R2, то и Е1 также от- личается от E2. При изменении сопротивлений двух участков рас- пределение напряжений на них может существенно измениться, оставаясь в сумме своей неизменным.
Такая ситуация может возникать в ПААГ, состоящем из двух последовательно расположенных участков, где при полимериза- ции были использованы разные буферы (содержащие ионы с разной подвижностью или просто различающиеся по концентра- ции). Сопротивления этих участков могут оказаться разными: следовательно, различными могут быть и падения напряжения на них, но эти параметры зависят от длины участков. Однако заведомо будут различаться в рассматриваемом случае значе- ния напряженности поля на двух участках. Действительно, па- дение напряжения на участке пропорционально его сопротив- лению, а следовательно, длине участка. Напряженность же поля есть результат деления падения напряжения на длину, поэтому соотношение напряженностей поля на двух участках геля не за- висит от их длины и определяется только концентрациями и под- вижностями содержащихся в них ионов. Это — очень важный вывод. В реальных буферных системах геля такую ситуацию можно себе представить в двух простейших вариантах.
Вариант 1. Предположим, что буферы и, соответственно, ионы на двух участках геля (A и В) одинаковы, но концентра- ция буфера на участке A в 10 раз меньше. Это приведет к тому, что напряженность поля в А будет вдесятеро больше, чем в В. Скорость миграции ионов пропорциональна напряженности поля, и ионы на участке А будут мигрировать в 10 раз быстрее, чем такие же ионы на участке В; это компенсирует разницу в их
39
концентрациях. Число ионов, проходящее за 1 с через любое се- чение обоих участков, а также через границу между ними, будет одинаковым, что и означает неизменность тока I по всей длине составного (ступенчатого) геля. При этом предполагается, что количество ионов в A не истощается — оно пополняется за счет ионов, поступающих из электродного буфера.
Вариант 2. Теперь допустим, что концентрации ионов на обо- их участках одинаковы, но ионы на участке A отличаются на- много меньшей электрофоретической подвижностью. Речь идет о подвижности в свободной жидкости (u0), так как сетка геля не препятствует миграции малых ионов. Например, пусть в геле A содержатся отрицательные ионы глицина (при щелочном рH), а в геле В — ионы хлора. Меньшая подвижность ионов обуслов- ливает большую величину сопротивления. Суммарное напряже- ние распределится между участками A и B так, что напряжен- ность поля в A будет соответственно выше, причем именно на- столько, чтобы скорость миграции ионов глицина, пропорцио- нальная произведению подвижности на напряженность поля, стала точно такой же, как и у ионов хлора. Этого опять требует условие неизменности величины тока вдоль всего геля.
В более сложных случаях могут различаться как подвижно- сти ионов, так и их концентрации, но в любом случае напряжен- ности электрического поля в двух последовательно расположен- ных участках геля устанавливаются такими, что они компенси- руют все различия и обеспечивают постоянство тока во всем геле. Значения напряженности могут при этом оказаться очень разными. Очень важно, что это различие существенным образом влияет и на соотношение скоростей миграции одних и тех же белков (или нуклеиновых кислот) в двух участках геля. На "ом участке, где напряженность поля выше, белки будут двигаться быстрее, чем на соседнем. Эта любопытная ситуация будет рас- смотрена ниже при обсуждении проблемы сужения белкоых зон для противодействия диффузии. В заключение заметим, что сам процесс электрофореза в рабочем геле следует вести в од- нородном по напряженности электрическом поле, чтобы разде- ление белков отражало истинное различие их собственных ха- рактеристик — молекулярных масс и электрического заряда.