1.1.2 Редактор GaussView

Графический редактор GaussView позволяет легко конструировать рассчитываемые молекулярные и кластерные структуры в удобном и наглядном для пользователя представлении. Библиотеки редактора GaussView содержат не только атомы, но и молекулы, радикалы, биологические молекулы, существует возможность создавать пользовательские структуры и пополнять ими библиотеку. Все это в сумме позволяет значительно ускорить процесс построения моделируемых структур.

Во-вторых, с использованием редактора GaussView задается используемый расчетный метод. Создание пользовательских схем расчетов (т.е. метод, базис, выделяемый объем памяти и др., используемые по умолчанию) позволяет сократить время на подготовку входного файла (подробнее о настройке параметров при выполнении расчетов будет рассмотрено в лабораторной работе №2). После построения расчетной структуры, установки метода расчета и дополнительных опций редактор генерирует входной Gaussian Job File в формате *.gjf (для операционной системы Windows) или *.com (для Linux). Запуск расчетов в Gaussian можно осуществлять с помощью редактора.

По окончании расчетов в комплексе Gaussian формируется файл, содержащий данные результатов расчетов в формате*.log или *.out. Таким образом, третьей важной задачей редактора GaussView является перевод результатов расчетов в графическое наглядное представление, построение различных графиков. GaussView позволяет визуализировать:

- оптимизированную молекулярную структур, отвечающую минимуму энергии;

- молекулярные орбитали;

- поверхности и контуры электронной плотности;

- заряды атомов и дипольные моменты;

- анимацию вибрационных мод;

- ИК-, ЯМР- и Рамановские спектры;

Внешний вид редактора представлен на рисунке 1.2.

Рис. 1.2. Контрольная панель и активное окно редактора GaussView.

В состав панели меню на контрольной панели редактора входят:

File: создание, открытие и сохранение структур, установка параметров редактора

Edit: построение молекулярных структур

View: управление настройками отображения

Calculate: параметры расчетов и передача входных данных в Gaussian.

Results: просмотр результатов расчетов, включая графики, спектры, поверхности и анимации;

Windows: управление окнами GaussView.

Табл.1.1. Панель команд редактора GaussView

	библиотека элементов Element Fragment		изменение длины и типа химических связей Modify Bond
	библиотека циклических соединений Ring Fragment		изменение величины валентных углов Modify Angle
	библиотека радикалов R-Group Fragment		изменение величины дигедральных углов Modify Dihedral
	библиотека биомолекул Biological Fragment		увеличение валентности Add Valence
	база пользователя Custom Fragment		удалить атом Delete Atom
	численное задание координат Atom List Editor		кристаллический редактор PBC Editor
	дополнительные параметры координат Redundant Coordinate Editor		редактор молекулярных орбиталей MO Editor
	вырезать выделенное		отменить последнее действие
	копировать выделенное		перерасчет длин связей
	вставить из буфера обмена		проверка геометрии на соответствие правилам
	удалить выделенное		определение точечной группы симметрии

Табл.1.2 Использование мыши в редакторе GaussView

функция	действие мышью в рабочем окне
выделение или вставка атома	нажать левую кнопки
вращение всех объектов	зажать левую кнопку
вращение выделенной молекулы	зажать Alt+ левая кнопка
вращение в плоскости рабочего окна	зажать Alt+ правая кнопка/ Ctrl+(Left, Right)
перемещение	зажать Shift+левая кнопка/ средняя кнопка/Shift+(Left, Right, Up, Down)
перемещение выделенной молекулы	зажать Alt+ средняя кнопка
вызов контекстного меню	нажатие правой кнопки
приблизить/удалить	зажать Ctrl+левая кнопка/ правая кнопка/ Ctrl+(Up, Down)