- •Часть 1. Компьютерное моделирование электронной структуры фуллерена с60
- •Введение
- •Лабораторная работа №1 «Основы работы в редакторе GaussView пакета Gaussian03»
- •1.1 Теоретическая часть
- •1.1.1 Программный комплекс Gaussian03
- •1.1.2 Редактор GaussView
- •1.2 Практическая часть
- •1.2.1 Построение молекул c использованием библиотек редактора GaussView
- •1.2.2. Примеры задания конфигурации молекул в редакторе GaussView
- •Вопросы
- •Лабораторная работа №2 «Численное моделирование электронной структуры молекул с использованием пакета Gaussian03»
- •2.1 Теоретическая часть
- •2.1.1 Основные методы расчета молекулярных структур
- •2.1.2 Неэмпирические методы расчета
- •2.1.2.1 Метод Хартри-Фока
- •2.1.2.2 Метод теории функционала плотности
- •2.1.3 Основные квантово- механические базисы
- •2.2 Практическая часть
- •2.2.1 Использование Gaussian Calculation Setup для установки параметров расчетов
- •2.2.2 Контрольный пример. Расчет характеристик молекулы кислорода o2
- •2.2.2.1 Визуализация электронной структуры атома кислорода
- •2.2.2.2 Зависимость полной энергии двух атомов кислорода от расстояния между ними
- •2.2.2.3 Расчет равновесного расстояния молекулы кислорода
- •Лабораторная работа №3 «Молекулярное строение и электронная структура молекулы фуллерена с60»
- •3.1 Теоретическая часть
- •3.1.1 Молекулярное строение фуллеренов c60
- •3.1.2 Получение фуллеренов
- •3.1.3 Свойства фуллеренов
- •3.1.4 Применение фуллеренов
- •3.1.5 Фуллериты
- •3.1.6 Электронная структура фуллеренов с60
- •3.2 Практическая часть
- •3.2.1 Электронная структура молекулы фуллерена с60
- •Вопросы
- •Лабораторная работа №4 «ик- спектр изолированной молекулы фуллерена с60»
- •4.1 Теоретическая часть
- •4.1.2 Колебательный спектр двухатомной молекулы
- •4.1.3 Колебания многоатомных молекул
- •4.2 Практическая часть
- •4.2.1 Расчет нормальных колебательных мод в Gaussian
- •4.2.2 Расчет структуры и колебательного спектра молекулы воды
- •Вопросы:
- •Лабораторная работа №5 «ик- спектр молекулы фуллерена с60 в растворах»
- •5.1 Теоретическая часть
- •5.1.1 Типы растворов
- •5.1.2 Растворимость фуллеренов
- •5.2 Практическая часть
- •5.2.1 Учет эффектов сольватации при расчетах в Gaussian03
- •Вопросы:
- •Литература
- •Глоссарий терминов.
- •Приложение 1. Панель меню и панель команд редактора GaussView.
- •Приложение 2. Настройки параметров расчетов Gaussian03.
- •Приложение 3. Справочная информация о неорганических молекулах
- •Приложение 4. Справочная информация об органических молекулах
- •Приложение 5. Правила оформления лабораторных работ
2.2.2.3 Расчет равновесного расстояния молекулы кислорода
В большинстве задач не обязательно знать зависимость полной энергии многоатомной системы от расстояния между их ядрами. Достаточно рассчитать равновесные расстояния r0, углы и характеристики молекулярной структуры в основном состоянии. Процедура определения равновесных значений расстояний и углов называется оптимизацией.
Проведем процесс оптимизации молекулы кислорода O2. Создаем новое окно, в таблице элементов выбираем кислород с двумя ненасыщенными связями и переносим его в созданное окно. Наводим указатель мыши на двойную связь и нажимаем еще раз левой кнопкой.
Выбираем тип расчетов – оптимизация, метод – Хартри-Фока в базисе STO-3G, во вкладке Title указываем имя файла, например «O2_HF_STO-3G.gjf», Spin- триплет. Нажимаем Submit, при сохранении файла для удобства лучше указывать то же имя файла, что и во вкладке Title.
После завершения вычислений открываем файл O2_HF_STO-3G.log и измеряем расстояние между атомами используя команду Modify Bond . Проведем оптимизации методами DFT и HF с различными базисами в триплетном и синглетном состоянии молекулы. Результаты вычислений сведены в таблицу 2.1:
Табл.2.1 Результаты расчетов длины связи молекулы кислорода в синглетном и триплетном состояниях методами Хартри-Фока и DFT.
Расчетный метод |
RO=O в синглетном состоянии, Å |
RO=O в триплетном состоянии, Å |
HF, STO-3G |
1.222 |
1.217 |
HF, 3-21G |
1.242 |
1.240 |
HF, 6-31G |
1.193 |
1.195 |
DFT, B3LYP, STO-3G |
1.290 |
1.285 |
DFT, B3LYP, 3-21G |
1.305 |
1.301 |
DFT, B3LYP, 6-31G |
1.258 |
1.255 |
DFT, 6-31*(d)G |
1.216 |
1.215 |
Сравнивая значения длин связей, приведенных в табл. 2.1, можно заметить, что RO=O молекулы O2 в триплетном состоянии меньше, чем в синглетном. Это говорит о том, что энергия связи в первом случае выше.
Задание 3. Сравнить значения полных энергий молекулы О2 в синглетном и триплетном состояниях, полученных в результате оптимизации. Использовать методы, представленные в табл.2.1
Образование устойчивой молекулы возможно только в том случае, если энергия образованной молекулы меньше энергий изолированных атомов ее составляющих, чему, например, соответствует минимум на зависимости полной энергии системы из двух атомов кислорода от расстояния между ними (рис.2.6). В неэмпирических расчетах разность полных энергий изолированных атомов и полной энергии молекулы, образованной из этих атомов есть энергия связи молекулы. Для молекулы кислорода, например, получаем:
(2.13)
Etot(O) – полная энергия изолированного атома кислорода,
Etot(O2) – полная энергия молекулы кислорода.
Часто используют приведенные значения энергии связи, т.е. энергия, приходящаяся на один атом и выражается в a.u./атом или эВ/атом.
Задание 4. Определить энергию связи молекулы O2 в синглетном и триплетном состояниях, рассчитанных методами Хартри-Фока и DFT (табл.2.1). Значение полной энергии атома кислорода рассчитать самостоятельно.
Задание 5. Построить зависимость полной энергии двух атомов углерода от расстояния между ними методом DFT B3LYP 6-31(d)G в синглетном и триплетном состоянии .
Форма отчетности:
В электронном виде, в соответствии общим требованиям (см. приложение). 1. Представить таблицу с результатами расчетов методами Хартри-Фока и DFT длины связи между атомами в молекуле кислорода в триплетном состоянии.
2. Представить значения полной энергии молекулы кислорода в синглетном и триплетном состояниях. Выполнить визуализацию АО кислорода.
При сдаче работы необходимо знать ответы на вопросы лабораторной работы №2.
Вопросы:
Основные методы расчета структур молекул, кластеров и конденсированных сред.
Идея метода Хартри-Фока. Общий вид гамильтониана системы.
Теоремы Хоэнберга-Кона. Полная энергия системы взаимодействующих электронов.
Приближения метода DFT. Сравнение методов Хартри-Фока и DFT для расчета молекулярных структур.
Понятие квантово-механического базиса. Типы базисных функций.
Основные типы квантово-механических базисов гауссовых базисных функций.
Основные характеристики молекул.
Предложите принцип выбора метода и базиса при расчете характеристик молекулярных структур.