6 курс / Клинические и лабораторные анализы / Лабораторная_диагностика_туберкулеза_Ерохин_В_В_ред_

Тема 6.5. Подготовка отчетов о деятельности лаборатории:

•отчет лаборатории: обязанности персонала, нагрузки, объемы выполненных лабораторных процедур, сравнительные характеристики, правила подготовки.

Тема 6.6. Оценка деятельности лаборатории и курация:

•оценка деятельности лабораторий;

•стандартизованные форм оценки деятельности лабораторий;

•функциональные обязанности сотрудников лаборатории;

•взаимодействие специалистов лабораторий и клинических подразделений;

•план курации: задачи и цели, формы курации и периодичность;

•обмен опытом курации лабораторий и территорий.

Модуль 7. Гены микобактерий и микобактерий туберкулезного комплекса

Тема 7.1. Введение. Актуальность использования молекулярногенетических методов исследования во фтизиатрии:

•особенности эпидемиологических показателей по туберкулезу в РФ на современном этапе, проблема повышения выявления ЛУ МБТ;

•сокращение сроков микробиологической диагностики туберкулеза;

•совершенствование идентификации микобактерий до вида и штамма.

Тема 7.2. Геномная организация микобактерий туберкулезного комплекса:

•структура генома микобактерий;

•классификация генов;

•альтерации в геноме и делеционное картирование.

Тема 7.3. Основные гены патогенности микобактерий:

•гены клеточной секреции и функции оболочки;

•гены ферментов, вовлеченных в общий клеточный метаболизм;

•гены белков – регуляторов транскрипции.

Тема 7.4. Генетические основы персистенции микобактерий в макроорганизме:

•основные гены микобактерий, ответственные за проникновение и внутриклеточное существование;

УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА

УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА

•альтернативные пути метаболизма МБТ при персистенции в макроорганизме.

Тема 7.5. Особенности генетики НТМБ:

•структурные гены;

•вставочные последовательности;

•видоспецифические различия в геноме НТМБ.

Модуль 8. Молекулярные методы в кластерном анализе микобактерий туберкулеза

Тема 8.1. Мишени в геноме микобактерий, применяемые для кластерного анализа:

•вставочные последовательности;

•повторяющиеся последовательности;

•спейсорные последовательности в DR-локусе;

•однонуклеотидные мутации.

Тема 8.2. Глобальные филогенетические группы микобактерий туберкулезного комплекса:

•представление о филогении микобактерий туберкулезного комплекса;

•три принципиальные генетические группы МБТ;

•основные линии МБТ.

Тема 8.3. Основные кластерные группы микобактерий туберкулеза:

•кластеризация МБТ с использованием методов молекулярной эпидемиологии;

•W-Beijing кластер МБТ;

•другие кластерные группы МБТ;

•встречаемость МБТ разных кластеров в мире.

Тема 8.4. Молекулярная эпидемиология туберкулеза в России:

•кластерный анализ популяции МБТ, циркулирующей в регионах РФ с использованием сполиготипирования;

•кластерный анализ по ПДРФ IS6110;

•генотипирование МБТ, выделенных на территории РФ, методом VNTR и MIRU-VNTR.

Тема 8.5. Применение методов молекулярной эпидемиологии для решения клинических задач:

• генотипирование микобактерий в процессе химиотерапии;

МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

Модуль 10. Молекулярно-генетическая идентификация микобактерий

Тема 10.1. Основные мишени и методы, позволяющие дифференцировать МТК от НТМБ:

•IS6110;

•MPT64.

Тема 10.2. Методы, позволяющие дифференцировать виды микобактерий внутри туберкулезного комплекса:

•сполиготипирование;

•ДНК-стриповая технология;

•ПЦР – тест-системы.

Тема 10.3. Молекулярные мишени, позволяющие проводить видовую дифференциацию НТМБ:

•вставочные последовательности;

•структурные гены;

•филогенетическое родство и таксономическая классификация микобактерий на основе секвенирования генов-мишеней.

Тема 10.4. Методы, применяемые для видовой идентификации НТМБ:

•ДНК-стриповая технология;

•протеомный анализ методом масс-спектрометрии.

Тема 10.5. Значение молекулярно-генетической идентификации микобактерий для фтизиатрической клиники:

•НТМБ как «маска» ШЛУ ТБ;

•частота выявления НТМБ в клинике с использованием моле- кулярно-генетических методов.

Модуль 11. Молекулярно-генетические основы резистентности микобактерий

Тема 11.1. Гены микобактерий, ответственные за устойчивость к ПТП:

•гены, ответственные за устойчивость к ПТП первого ряда;

•гены, ответственные за устойчивость к некоторым ПТП второго ряда;

•механизмы возникновения лекарственной устойчивости к основным препаратам.

Тема 11.2. Молекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ:

•секвенирование генов МБТ, ответственных за устойчивость к ПТП

•биочиповая технология;

•ДНК-стриповая технология;

•аллель-специфическая ПЦР.

Тема 11.3. Спектр мутаций в геноме МЛУ и ШЛУ штаммов:

•мутации в геноме МБТ с МЛУ и ШЛУ, выделенных от впервые выявленных больных;

•мутации в геноме МБТ с МЛУ и ШЛУ, выделенных от больных с неудачей лечения и с рецидивами.

Тема 11.4. Значение ускоренных методов детекции ЛУ для повышения эффективности лечения ТБ:

•время установления ЛУ МБТ молекулярно-генетическими и традиционными микробиологическими методами;

•эффективность лечения туберкулеза по результатам ускоренного определения лекарственной чувствительности МБТ моле- кулярно-генетическими методами.

Модуль 12. Организация лаборатории молекулярно-генетических методов исследований

Тема 12.1. Задачи лаборатории молекулярно-генетических методов исследований:

•ускоренное выявление МБТ и НТМБ;

•сокращение сроков определения ЛУ;

•точная видовая и штаммовая идентификация микобактерий.

Тема 12.2. План рабочих зон лаборатории молекулярно-гене- тических исследований и рекомендуемый комплект оборудования:

•размещение ПЦР-рабочих зон в условиях баклаборатории;

•рекомендуемый комплект оборудования.

Тема 12.3. Меры по предотвращению контаминации в ПЦР-ла- боратории:

•соблюдение правил работы медперсоналом;

•соблюдения поточности движения биоматериала;

•деконтаминационная обработка оборудования и помещений.

Тема 12.4. Соблюдение правил биобезопасности при работе в лаборатории молекулярно-генетических исследований:

•правила организации безопасной работы лаборатории;

•правила соблюдения личной безопасности.

УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА

МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

Тема 12.5. Контроль качества работы молекулярно-генетиче- ских лабораторий:

•внутренний контроль качества;

•участие в системе внешнего контроля качества (ФСВОК).

Тематический план лекций

1.Этиология и патогенез туберкулеза

2.Эпидемиологическая ситуация по туберкулезу в РФ и мире

3.Характеристика и таксономия микроорганизмов рода Mycobacterium

4.Световая, люминесцентная и LED-микроскопия

5.Организация выявления больных туберкулезом бактериоскопическими методами в учреждения ПМСП

6.Правила сбора, транспортировки, обработки и хранения диагностических материалов

7.Питательные среды: характеристики и правила приготовления

8.Правила посева, культивирования, идентификации и интерпретации результатов

9.Теоретические основы лекарственной устойчивости микобактерий

10.Классические бактериологические методы определения лекарственной чувствительности микобактерий туберкулеза 11.Пробоподготовка, особенности культивирования, выделения

культур и идентификации на автоматизированных и полуавтоматизированных системах

12.Изучение лекарственной чувствительности на автоматизированных и полуавтоматизированных системах

13.Структура и функции микробиологических лабораторий противотуберкулезных учреждений

14.Особенности инфекционного контроля в лабораториях противотуберкулезных учреждений и КДЛ учреждений ПМСП 15.Комплексные технические меры обеспечения биологической

безопасности воздушной среды в лабораториях 16.Введение. Актуальность использования молекулярно-генети-

ческих методов исследования во фтизиатрии.

17.Геномная организация микобактерий туберкулезного комплекса.

18.Особенности генетики НТМБ.

19.Мишени в геноме микобактерий, применяемые для кластерного анализа.

20.Глобальные филогенетические группы микобактерий туберкулезного комплекса.

21.Молекулярная эпидемиология туберкулеза в России. 22.Основные мишени в геноме микобактерий, лежащие в основе

молекулярной диагностики.

23.Эффективность использования ПЦР для диагностики туберкулеза в клинике.

24.Основные мишени и методы, позволяющие дифференцировать МТК от НТМБ.

25.Значение молекулярно-генетической идентификации микобактерий для фтизиатрической клиники.

26.Гены микобактерий, ответственные за устойчивость к ПТП. 27.Молекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ. 28.Значение ускоренных методов детекции ЛУ для повышения эф-

фективности лечения ТБ. 29.Задачи лаборатории.

Тематический план практических занятий

1.Световая, люминесцентная и LED-микроскопия

2.Настройка и эксплуатация микроскопов. Вспомогательное лабораторное оборудование

3.Правила посева, культивирования, идентификации и интерпретации результатов

4.Правила разведения препаратов и приготовление питательных сред

5.Пробоподготовка, особенности культивирования, выделения и идентификации культур на автоматизированных и полуавтоматизированных системах

6.Изучение лекарственной чувствительности на автоматизированных и полуавтоматизированных системах

7.Применение методов молекулярной эпидемиологии для решения клинических задач.

8.Методология проведения ПЦР анализа.

9.Разнообразие тест-систем для детекции результатов ПЦР-ана-

лиза.

10.Методы, позволяющие дифференцировать виды микобактерий внутри туберкулезного комплекса.

11.Методы, применяемые для видовой идентификации НТМБ. 12.Молекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ. 13.Соблюдение правил биобезопасности при работе в лаборатории

молекулярно-генетических исследований.

УЧЕБНАЯ ПРОГРАММА

МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

Тематический план семинарских занятий:

1.Обзор микробиологических методов изучения микроорганизмов рода Mycobacterium и их место в диагностике туберкулеза

2.Обеспечение качества микроскопических исследований

3.Учет и отчетность при проведении микроскопических исследований

4.Правила сбора, транспортировки, обработки и хранения диагностических материалов

5.Обеспечение качества культуральных исследований

6.Учет и отчетность при проведении культуральных исследований

7.Правила разведения препаратов и приготовление питательных сред

8.Организация внутреннего контроля качества при постановке тестов лекарственной чувствительности

9.Учет и отчетность при проведении тестов лекарственной чувствительности

10.Основы и принципы организации мониторинга лекарственной чувствительности

11.Пробоподготовка, особенности культивирования, выделения и идентификации культур на автоматизированных и полуавтоматизированных системах

12.Внутренний и внешний контроль качества при проведении исследований на автоматизированных и полуавтоматизированных системах

13.Учет и отчетность при проведении исследований с использованием автоматизированных и полуавтоматизированных систем

14.Калибровка и эксплуатация лабораторного оборудования 15.Подготовка отчетов о деятельности лаборатории 16.Оценка деятельности лаборатории и курация

17.Геномная организация микобактерий туберкулезного комплекса.

18.Основные гены патогенности микобактерий.

19.Генетические основы персистенции микобактерий в макроорганизме.

20.Особенности генетики НТМБ.

21.Основные кластерные группы микобактерий туберкулеза. 22.Молекулярная эпидемиология туберкулеза в России. 23.Применение методов молекулярной эпидемиологии для реше-

ния клинических задач.

24.ПЦР – основа для молекулярно-генетических исследований во фтизиатрии.