- •Перечень сокращений
- •Оглавление
- •Введение
- •Подготовка клинического материала для пцр-диагностики. Подготовка мокроты и мочи для выделения днк
- •Практическое занятие № 1
- •Пцр диагностика. Пробоподготовка
- •Практическое занятие № 2
- •Практическое занятие №3
- •Практическое занятие №4
- •Практическая работа №5
- •Практическая работа №6
- •Пцр в реальном времени
- •Детекция продуктов амплификации.
- •1. Выщепление 5' концевой метки (TaqMan Assay).
- •2. Использование зондов с комплементарными концевыми последовательностями (molecular beacons).
- •3. Применение 2-х зондов с резонансным переносом энергии (LightCycler assay).
- •4. Использование интеркалирующих агентов.
- •Кривые плавления
- •Практическая работа №7
- •Практическая работа №8
- •Пцр в диагностике гепатитов
- •Практическая работа №9
- •Практическая работа № 10
- •Типовые комплектации пцр-лаборатории Комплектация лаборатории №1 Real-time
- •Комплектация лаборатории №2
- •Список литературы
МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ
РЕСПУБЛИКИ КАЗАХСТАН
КАРАГАНДИНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ТЕХНИЧЕСКИЙ
УНИВЕРСИТЕТ
Горный институт
Кафедра Промышленной экологии и химии
А.П.Андреева
ПЦР-анализ
в научно-исследовательских лабораториях
Учебное пособие
Караганда, 2012 год
УДК 601.4:577.2 (07)
ББК 28.04я7
А 65.
РЕЦЕНЗЕНТЫ:
Ивлева Л.П. – доцент кафедры промышленной экологии и химии, Карагандинского государственного технического университета, кандидат биологических наук, доцент
Фазылов С.Д.- заместитель директора по научной работе Института органического синтеза и углехимии РК, доктор химических наук, профессор
ГОО Андреева А.П. ПЦР-анализ в научно-исследовательских лабораториях. –Учебное пособие – Караганда.-2012 год.-ISBN
Аннотация:
Информация, изложенная в учебном пособие будет полезна для врачей-лаборантов клинико-диагностических лабораторий и, поможет избежать некоторых ошибок и трудностей, возникающих на первых этапах организации и работы ПЦР-лаборатории. Представлен краткий теоретический материал по все направлениям ПЦР анализа. Рассмотрены основные методические приемы использующиеся для выделения ДНК, амплификации и детекции результатов исследования.
Учебное пособие рассчитаны для узких специалистов в области ПЦР диагностики, студентов медиков и биотехнологов.
.
© А.П. Андреева, 2012 год
Перечень сокращений
Наименование сокращения |
Полное название сокращения |
ВГС |
Вирусный гепатит С |
ВИЧ (HIV) |
Вирус иммунодефицита человека |
ВК |
Внутренний контрольный образец |
ВОЗ |
Всемирная организация здравоохранения |
ДНК |
Дезоксирибонуклеиновая кислота |
ИБ |
Иммуноблоттинг |
ИППП |
Инфекции передающиеся половым путем |
ИФА |
Иммуноферментный анализ |
мкл |
Микролитры |
mM |
Милимоль |
мл |
Миллилитры |
ОТ-смесь |
Смесь для постановки братной транскрипции |
ОТ-буфера |
Буфер для обратной транскрипции |
ОТ+дНТФ |
Праймеры обратной транскрипции |
ОК |
Отрицательный контрольный образец |
ПЦР |
Полимеразная цепная реакция |
ПК |
Положительный контрольный образец |
п.о. |
Пар оснований |
РНК |
Рибонуклеиновая кислота |
РИФ |
Радиоиммуноферментный анализ |
ЭДТА |
Ethylenediaminetetraacetic acid C10H16N2O8 |
э/ф |
Электрофорез |
CMV |
Цитомегаловирус |
g |
Скорость вращения центрифуги об/мин |
ЕВУ |
Вирус Эпштейна-Барр |
HSV2 |
Генитальный герпес |
HPV |
Папилломавирус |
VZV |
Вирус варицелла зостер |
|
|
Оглавление
|
|
|
|
ВВЕДЕНИЕ |
5 |
|
|
|
|
ЛАБОРАТОРИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА СЕГОДНЯ |
5 |
|
|
|
|
ПОДГОТОВКА КЛИНИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА ДЛЯ ПЦР-ДИАГНОСТИКИ. ПОДГОТОВКА МОКРОТЫ И МОЧИ ДЛЯ ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК |
7 |
|
ПРАКТИЧЕСКОЕ ЗАНЯТИЕ № 1 Тема: Забор и хранение клинических образцов в ПЦР-лаборатории |
10 |
|
|
|
|
ПЦР ДИАГНОСТИКА. ПРОБОПОДГОТОВКА |
12 |
|
ПРАКТИЧЕСКОЕ ЗАНЯТИЕ № 2 Тема: Выделение ДНК из крови |
14 |
|
ПРАКТИЧЕСКОЕ ЗАНЯТИЕ №3 Тема: Выделение ДНК на сорбент из крови |
16 |
|
ПРАКТИЧЕСКОЕ ЗАНЯТИЕ №4 Тема: Выделение ДНК из мочи, секрета простаты, слюны, глазной жидкости |
18 |
|
|
|
|
ПЦР –АМПЛИФИКАЦИЯ |
21 |
|
ПРАКТИЧЕСКАЯ РАБОТА №5 Тема: Аплификация образцов выделенной ДНК |
22 |
|
|
|
|
ПЦР-АМПЛИФИКАЦИЯ С ДНК-ЗОНДАМИ ФЛУОРЕСЦЕНТНО МЕЧЕННЫМИ ДФ-520/560 |
26 |
|
ПРАКТИЧЕСКАЯ РАБОТА №6 Тема: ПЦР-амплификация с ДНК-зондами флуоресцентно меченными ДФ-520/560 |
26 |
|
|
|
|
ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ |
31 |
|
ПРАКТИЧЕСКАЯ РАБОТА №7 Тема: Проведение качественного ПЦР-анализа формат «Real-time» |
35 |
|
|
|
|
ДЕТЕКЦИЯ С ПОМОЩЬЮ ГОРИЗОНТАЛЬНОГО ЭЛЕКТРОФОРЕЗА |
39 |
|
ПРАКТИЧЕСКАЯ РАБОТА №8 Тема: Детекция ДНК методом гель-электрофорез |
40 |
|
|
|
|
ПЦР В ДИАГНОСТИКЕ ГЕПАТИТОВ |
43 |
|
ПРАКТИЧЕСКАЯ РАБОТА №9 Тема: Генотипирование вируса гепатита С |
44 |
|
ПРАКТИЧЕСКАЯ РАБОТА № 10 Тема: Реакция обратной транскрипции |
45 |
|
|
|
|
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ |
48 |
|
|
|
|
Приложение 1 |
51 |