У животных, вирусов и растений

У вирусов

Рис. 19. Блок-схема типов репликации полинуклеотидов

Как это ни странно, оптимальное функционирование некоторых генетических программ зависит от специфических перестроек (изменений) в ДНК. С другой стороны, многие перестройки генома не запрограммированы. И любое изменение структуры наследственного материала может привести к непредсказуемым и тяжёлым последствиям.

Резюмируя вышеизложенное, перечислим основные свойства наследственного материала и назовём элементы и механизмы (в скобках), ответственные за их реализацию в фенотипе.

1. Способность кодировать информацию (генетический код).

2. Способность воспроизводить информацию (репликация).

3. Способность реализовать информацию (трансляция).

4. Способность правильно сохранять информацию (репарация).

5. Способность передавать информацию (транскрипция).

6. Способность изменять информацию (мутация и генетическая рекомбинация).

Следует подчеркнуть, что процессы, лежащие в основе реализации вышеперечисленных свойств, функционируют не изолированно друг от друга. Находясь в одном или близких компартментах (отделах) клетки, имея иногда один и тот же субстрат и схожие принципы реализации, эти механизмы иногда не только дополняют друг друга (например, механизмы репликации одинаково необходи-

36

мы для сохранения и воспроизведения информации), но и находятся в тесном взаимодействии. Выключение любого из них сразу же нарушит нормальную жизнедеятельность организма.

Резюме. Матричный принцип переноса информации заключается в синтезе на молекуле, которая несёт информацию, другой молекулы, в структуре которой воспроизводится информация. Основными свойствами наследственного материала являются:

1. Способность кодировать информацию (генетический код).

2. Способность воспроизводить информацию (репликация).

3. Способность реализовать информацию (трансляция).

4. Способность правильно сохранять информацию (репарация).

5. Способность передавать информацию (транскрипция).

6. Способность изменять информацию (мутация и генетическая рекомбинация).

3. Генетический код. Его свойства

Ранее мы подчёркивали, что нуклеотиды имеют важную для формирования жизни на Земле особенность – при наличии в растворе одной полинуклеотидной цепочки спонтанно происходит процесс образования второй (параллельной) цепочки на основании комплементарного соединения родственных нуклеотидов. Одинаковое число нуклеотидов в обеих цепочках и их химическое родство является непременным условием для осуществления такого рода реакций. Однако при синтезе белка, когда информация с иРНК реализуется в структуру белка, никакой речи о соблюдении принципа комплементарности идти не может. Это связано с тем, что в иРНК и в синтезированном белке различно не только число мономеров, но и, что особенно важно, отсутствует структурное сходство между ними (с одной стороны нуклеотиды, с другой аминокислоты). Понятно, что в этом случае возникает необходимость создания нового принципа точного перевода информации с полинуклеотида в структуру полипептида. В эволюции такой принцип был создан и в его основу был заложен генетический код.

Генетический код – это система записи наследственной информации в молекулах нуклеиновых кислот, основанная на определённом чередовании последовательностей нуклеотидов в ДНК или РНК, образующих кодоны, соответствующие аминокислотам в белке.

Генетический код имеет несколько свойств:

а. Триплетность.

б. Вырожденность или избыточность.

в. Однозначность.

г. Полярность.

д. Неперекрываемость.

е. Коллинеарность.

ж. Универсальность.

Следует отметить, что некоторые авторы предлагают ещё и другие свойства кода, связанные с химическими особенностями входящих в код нуклеотидов или с частотой встречаемости отдельных аминокислот в белках организма и т.д. Однако они вытекают из вышеперечисленных, поэтому мы их и рассмотрим.

37

а. Триплетность.

Генетический код, как и многие сложно организованные системы имеет наименьшую структурную и наименьшую функциональную единицу. Триплет – наименьшая структурная единица генетического кода. Состоит она из трёх нуклеотидов. Кодон – наименьшая функциональная единица генетического кода. Как правило, кодонами называют триплеты иРНК. В генетическом коде кодон выполняет несколько функций. Во-первых, главная его функция заключается в том, что он кодирует местоположение определенной аминокислоты в полипептиде. Во-вторых, кодон может не кодировать аминокислоту, но в этом случае он выполняет другую функцию (см. далее). Как видно из определения, триплет – это понятие, которое характеризует элементарную структурную единицу генетического кода (три нуклеотида). Кодон – характеризует элементарную смысловую (функциональную единицу кода – три нуклеотида определяют присоединение к полипептидной цепочке одной аминокислоты.

Элементарную структурную единицу вначале расшифровали теоретически, а затем её существование подтвердили экспериментально. И действительно, 20 аминокислот невозможно закодировать одним или двумя нуклеотидами, т.к. последних всего 4. Три нуклеотида из четырёх дают 4³ = 64 варианта, что с избытком перекрывает число имеющихся у живых организмов аминокислот (табл. 1).

Представленные в таблице 64 сочетания нуклеотидов имеют две особенности. Во-первых, из 64 вариантов триплетов только 61 являются кодонами и кодируют какую-либо аминокислоту, их называют смысловые кодоны. Три триплета не кодируют аминокислот, а являются стоп-сигналами, обозначающими окончание трансляции. Таких триплетов три – УАА, УАГ, УГА, их ещё называют «бессмысленные» (нонсенс кодоны). В результате мутации, которая связана с заменой в триплете одного нуклеотида на другой, из смыслового кодона может возникнуть бессмысленный кодон. Такой тип мутации называют нонсенс-мутация. Если такой стоп-сигнал сформировался внутри гена (в его информативной части), то при синтезе белка в этом месте процесс будет постоянно прерываться – синтезироваться будет только первая (до стоп-сигнала) часть белка. У человека с такой патологией будет ощущаться нехватка белка и возникнут симптомы, связанные с этой нехваткой. Например, такого рода мутация выявлена в гене, кодирующем бета-цепь гемоглобина. Синтезируется укороченная неактивная цепь гемоглобина, которая быстро разрушается. В результате формируется молекула гемоглобина, лишённая бета-цепи. Понятно, что такая молекула вряд ли будет полноценно выполнять свои обязанности. Возникает тяжёлое заболевание, развивающееся по типу гемолитической анемии (бета-ноль талассемия, от греческого слова «таласа» – Средиземное море, где эта болезнь была впервые обнаружена). Механизм действия стоп-кодонов отличается от механизма действия смысловых кодонов. Это следует из того, что для всех кодонов, кодирующих аминокислоты, найдены соответствующие тРНК. Для нонсенс-кодонов тРНК не найдены. Следовательно, в процессе остановки синтеза белка тРНК не принимает участие.

38

Таблица. Кодоны информационной РНК

и соответствующие им аминокислоты

О с н о в а н и е к о д о н а
первое	второе	третье
		У	Ц	А	Г
У	У	Фен	Фен	Лей	Лей
	Ц	Сер	Сер	Сер	Сер
	А	Тир	Тир	Нонсенс	Нонсенс
	Г	Цис	Цис	Нонсенс	Три
Ц	У	Лей	Лей	Лей	Лей
	Ц	Про	Про	Про	Про
	А	Гис	Гис	ГлуNH2	ГлуNH2
	Г	Арг	Арг	Арг	Арг
А	У	Илей	Илей	Илей	Мет
	Ц	Тре	Тре	Тре	Тре
	А	АспNH2	АспNH2	Лиз	Лиз
	Г	Сер	Сер	Арг	Арг
Г	У	Вал	Вал	Вал	Вал
	Ц	Ала	Ала	Ала	Ала
	А	Асп	Асп	Глу	Глу
	Г	Гли	Гли	Гли	Гли

Кодон АУГ (у бактерий иногда ГУГ) не только кодируют аминокислоту метионин и валин, но и является инициатором трансляции.

б. Вырожденность или избыточность.

61 из 64 триплетов кодируют 20 аминокислот. Такое трёхразовое превышение числа триплетов над количеством аминокислот позволяет предположить, что в переносе информации могут быть использованы два варианта кодирования. Во-первых, не все 64 кодона могут быть задействованы в кодировании 20 аминокислот, а только 20 и, во-вторых, аминокислоты могут кодироваться несколькими кодонами. Исследования показали, что природа использовала последний вариант.

Его предпочтение очевидно. Если бы из 64 вариантов триплетов в кодировании аминокислот участвовало только 20, то 44 триплета (из 64) оставались бы не кодирующими, т.е. бессмысленными (нонсенс-кодонами). Ранее мы указывали насколько опасно для жизнедеятельности клетки превращение кодирующего триплета в результате мутации в нонсенс-кодон – это существенно нарушает нормальную работу РНК-полимеразы, приводя в конечном итоге к развитию заболеваний. В настоящее время в нашем геноме три кодона являются бессмысленными, а теперь представьте, что было бы, если число нонсенс- кодонов увеличилось примерно в 15 раз. Понятно, что в такой ситуации переход нормальных кодонов в нонсенс-кодоны в результате мутаций будет неизмеримо выше.

39

Код, при котором одна аминокислота кодируется несколькими триплетами, называется вырожденным или избыточным. Почти каждой аминокислоте соответствует несколько кодонов. Так, аминокислота лейцин может кодироваться шестью триплетами – УУА, УУГ, ЦУУ, ЦУЦ, ЦУА, ЦУГ. Валин кодируется четырьмя триплетами, фенилаланин – двумя и только триптофан и метионин кодируются одним кодоном. Свойство, которое связано с записью одной и той же информации разными символами, носит название вырожденность.

Число кодонов, предназначенных для одной аминокислоты, хорошо коррелирует с частотой встречаемости аминокислоты в белках.

И это, скорее всего, не случайно. Чем больше частота встречаемости аминокислоты в белке, тем чаще представлен кодон этой аминокислоты в геноме, тем выше вероятность его повреждения мутагенными факторами. Поэтому понятно, что мутировавший кодон имеет больше шансов кодировать ту же аминокислоту при высокой его вырожденности. С этих позиций вырожденность генетического кода является механизмом, защищающим геном человека от повреждений.

Необходимо отметить, что термин вырожденность используется в молекулярной генетике и в другом смысле. Так основная часть информации в кодоне приходится на первые два нуклеотида, основание в третьем положении кодона оказывается малосущественным. Этот феномен называют “вырожденностью третьего основания”. Последняя особенность сводит до минимума эффект мутаций. Например, известно, что основной функцией эритроцитов крови является перенос кислорода от лёгких к тканям и углекислого газа от тканей к лёгким. Осуществляет эту функцию дыхательный пигмент – гемоглобин, который заполняет всю цитоплазму эритроцита. Состоит он из белковой части – глобина, который кодируется соответствующим геном. Кроме белка в молекулу гемоглобина входит гем, содержащий железо. Мутации в глобиновых генах приводят к появлению различных вариантов гемоглобинов. Чаще всего мутации связаны с заменой одного нуклеотида на другой и появлением в гене нового кодона, который может кодировать новую аминокислоту в полипептидной цепи гемоглобина. В триплете в результате мутации может быть заменён любой нуклеотид – первый, второй или третий.

Известно несколько сотен мутаций, затрагивающих целостность генов гло- бина. Около 400 из них связаны с заменой единичных нуклеотидов в гене и соответствующей аминокислотной заменой в полипептиде. Из них только 100 замен приводят к нестабильности гемоглобина и различного рода заболеваниям от лёгких до очень тяжёлых. 300 (примерно 75%) мутаций-замен не влияют на функцию гемоглобина и не приводят к патологии. Одной из причин этого является упомянутая выше “вырожденность третьего основания”, когда замена третьего нуклеотида в триплете, кодирующем серин, лейцин, пролин, аргинин и некоторые другие аминокислоты приводит к появлению кодона-синонима, кодирующего ту же аминокислоту. Фенотипически такая мутация не проявится. В от-личие от этого любая замена первого или второго нуклеотида в триплетприводит к появлению нового варианта гемоглобина. Но и в этом случае тяжёлых феноти-

40

пических нарушений может и не быть. Причиной этому является замена аминокислоты в гемоглобине на другую, сходную с первой по физико-химическим свойствам. Например, если аминокислота, обладающая гидрофильными свойствами, заменена на другую аминокислоту, но с такими же свойствами.

Гемоглобин состоит из железопорфириновой группы гема (к ней и присоединяются молекулы кислорода и углекислоты) и белка — глобина. Гемоглобин взрослого человека (НвА) содержит две идентичные -цепи и две -цепи. Молекула -цепи содержит 141 аминокислотный остаток, -цепочка — 146, - и -цепи различаются по многим аминокислотным остаткам. Аминокислотная последовательность каждой глобиновой цепи кодируется своим собственным геном. Ген, кодирующий -цепь, располагается в коротком плече 16 хромосомы, -ген — в коротком плече 11 хромосомы. Замена в гене, кодирующем -цепь гемоглобина, первого или второго нуклеотида практически всегда приводит к появлению в белке новых аминокислот, нарушению функций гемоглобина и тяжёлым последствиям для больного. Например, замена “Ц” в одном из триплетов ЦАУ (гистидин) на “У” — приведёт к появлению нового триплета УАУ, кодирующего другую аминокислоту — тирозин. Фенотипически это проявится в тяжёлом заболевании. Аналогичная замена в 63 положении -цепи полипептида гистидина на тирозин приведёт к дестабилизации гемоглобина. Развивается заболевание метгемоглобинемия. Замена в результате мутации глутаминовой кислоты на валин в 6-м положении -цепи является причиной тяжелейшего заболевания — серповидно-клеточной анемии. Не будем продолжать печальный список. Отметим только, что при замене первых двух нуклеотидов может появиться аминокислота, по физико-химическим свойствам похожая на прежнюю. Так, замена 2-го нуклеотида в одном из триплетов, кодирующих глутаминовую кислоту (ГАА), в -цепи на “У” приводит к появлению нового триплета (ГУА), кодирующего валин, а замена первого нуклеотида на “А” формирует триплет ААА, кодирующий аминокислоту лизин. Глутаминовая кислота и лизин сходны по физико-химическим свойствам — они обе гидрофильны. Валин — гидрофобная аминокислота. Поэтому, замена гидрофильной глутаминовой кислоты на гидрофобный валин значительно меняет свойства гемоглобина, что, в конечном итоге, приводит к развитию серповидно-клеточной анемии, замена же гидро- фильной глутаминовой кислоты на гидрофильный лизин в меньшей степени меняет функцию гемоглобина — у больных возникает легкая форма малокровия.

В результате замены третьего основания новый триплет может кодировать ту же аминокислоту, что и прежний. Например, если в триплете ЦАУ урацил был заменён на цитозин и возник триплет ЦАЦ, то практически никаких фенотипических изменений у человека выявлено не будет. Это понятно, так как оба триплета кодируют одну и туже аминокислоту – гистидин.

В заключении уместно подчеркнуть, что вырожденность генетического кода и вырожденность третьего основания с общебиологических позиций являются защитными механизмами, которые заложены в эволюции в уникальной струк- туре ДНК и РНК.

41

в. Однозначность.

Каждый триплет (кроме бессмысленных) кодирует только одну аминокислоту. Таким образом, в направлении кодон – аминокислота генетический код однозначен, в направлении аминокислота – кодон – неоднозначен (вырожден).

Однозначен

Кодон Аминокислота

Вырожден

И в этом случае необходимость однозначности в генетическом коде очевидна. При другом варианте при трансляции одного и того же кодона в белковую цепочку встраивались бы разные аминокислоты, и в итоге формировались бы белки с различной первичной структурой и разной функцией. Метаболизм клетки перешёл бы в режим работы «один ген – несколько полипептидов». Понятно, что в такой ситуации регулирующая функция генов была бы полностью утрачена.

г. Полярность.

Считывание информации с ДНК и с иРНК происходит только в одном направлении. Полярность имеет важное значение для определения структур высшего порядка (вторичной, третичной и т.д.). Известно, что структуры низшего порядка определяют структуры более высокого порядка. Вторичная структура и структуры более высокого порядка формируются сразу же, как только синтезированная цепочка РНК отходит от молекулы ДНК, или цепочка полипептида отходит от рибосомы. В то время когда свободный конец РНК или полипептида приобретает третичную структуру, другой конец цепочки ещё продолжает синтезироваться на ДНК (если транскрибируется РНК) или рибосоме (если транслируется полипептид). Поэтому однонаправленный процесс считывания информации (при синтезе РНК и белка) имеет существенное значение не только для определения последовательности нуклеотидов или аминокислот в синтезируемом веществе, но и для жёсткой детерминации вторичной, третичной и пр. структур.

д. Неперекрываемость.

Код может быть перекрывающимся и неперекрывающимся. У большинства организмов код неперекрывающийся. Перекрывающийся код найден у некоторых фагов.Сущность неперекрывающегося кода заключается в том, что нуклеотид одного кодона не может быть одновременно нуклеотидом другого кодона. Если бы код был перекрывающимся, то последовательность из семи нуклеотидов (ГЦУГЦУГ) могла кодировать не две аминокислоты (аланин-аланин) (рис.20,А), как в случае с неперекрывающимся кодом, а три (если общим является один нуклеотид) (рис. 20, Б) или пять (если общими являются два нуклеотида) (рис.20, В). В последних двух случаях мутация любого нуклеотида привела бы к нарушению в последовательности двух, трёх и т.д. аминокислот. Однако установлено, что мутация одного нуклеотида всегда нарушает включение в полипептид одной аминокислоты. Это довод в пользу того, что код не перекрывается.

42

Поясним это на рисунке 20. Жирными линиями показаны триплеты, кодирующие аминокислоты в случае неперекрывающегося и перекрывающегося кода. Эксперименты однозначно показали, что генетический код является неперекрывающимся. Не вдаваясь в детали эксперимента, отметим, что если заменить в последовательности нуклеотидов (см. рис.20) третий нуклеотид У (отмечен звёздочкой) на какой-либо другой, то:

1. При неперекрывающемся коде контролируемый этой последовательностью белок имел бы замену одной (первой) аминокислоты (отмечена звёздочками).

2. При перекрывающемся коде в варианте Б произошла бы замена в двух (первой и второй) аминокислотах (отмечены звёздочками). При варианте В замена коснулась бы трёх аминокислот (отмечены звёздочками).

Однако многочисленные опыты показали, что при нарушении одного нуклеотида в ДНК, нарушения в белке всегда касаются только одной аминокислоты, что характерно для неперекрывающегося кода. Неперекрываемость генетического кода связана ещё с одним свойством – считывание информации начинается с определённой точки – сигнала инициации. Таким сигналом инициации в иРНК является кодон АУГ, кодирующий метионин.

* * *

ГЦУГЦУГ ГЦУГЦУГ ГЦУГЦУГ

ГЦУ ГЦУ ГЦУ УГЦ ЦУГ ГЦУ ЦУГ УГЦ ГЦУ ЦУГ

*** *** *** *** *** ***

Аланин – Аланин Ала – Цис – Лей Ала – Лей – Лей – Ала – Лей

А Б В

Неперекрывающийся код Перекрывающийся код

Рис. 20. Схема, объясняющая наличие в геноме неперекрывающегося кода (объяснение в тексте)

е. Коллинеарность.

Порядок считывания кода – линейный, т.е. характеризуется совпадением порядка расположения кодонов в иРНК с порядком кодируемых ими аминокислот в синтезирующемся белке.

ж. Универсальность.

Код един для всех организмов, живущих на Земле. Прямое доказательство универсальности генетического кода было получено при сравнении последовательностей ДНК с соответствующими белковыми последовательностями.

Оказалось, что во всех бактериальных и эукариотических геномах используются одни и те же наборы кодовых значений. Есть и исключения, но их не много.

Первые исключения из универсальности генетического кода были обнаружены в митохондриях некоторых видов животных. Это касалось кодона тер- минатора УГА, который читался так же как кодон УГГ, кодирующий аминокислоту триптофан. Были найдены и другие более редкие отклонения от универсальности.

Резюме. Генетический код – это система записи наследственной информации в молекулах нуклеиновых кислот, основанная на определённом чередовании последовательностей нуклеотидов в ДНК или РНК, образующих кодоны, соответствующие аминокислотам в белке. Генетический код имеет несколько свойств:

1. Триплетность. Триплет состоит из трёх нуклеотидов. 61 кодон –смысловые, т.е. кодируют какую-либо аминокислоту, три – бессмысленные, т.е. не кодируют аминокислоты.

2. Вырожденность или избыточность. Одна аминокислота может кодироваться несколькими кодонами.

3. Однозначность. Один кодон кодирует только одну аминокислоту.

4. Полярность. Считывание информации с ДНК и с иРНК происходит только в одном направлении.

5. Неперекрываемость. Генетический код является неперекрывающимся.