Структура белков

Конформация белков- пространственная структура за счет внутримолекулярных взаимодействий

Информация в первичной последовательности аминокислот

Первичная структура

Первичная структура- Это линейная последовательность аминокислотных остатков в полипептидной цепи индивидуальная для определённого белка

Синтез: ДНК-мРНК-Рибосома- первичная структура белка

Связи: Пептидные связи и дисульфидные мостики

Методы изучения первичной структуры белка:

Определение АК состава белка:

Кислотный гидролиз- НСl 6 mol/L 110 C 24ч (глутамин и аспарагин -> глутаминовая и аспарагиновая к-ты)

Разделение путем ионообменной хроматографии:

Закачка: катионообменная смола (SO3- et Na+), кислая среда PH 3,0, АКы (в виде катионов тк PH 3,0)

Высобождение: вымывание (элюирование): > ионная сила NaCl и PH (для каждой АК индивидуальна)=> ослабевает заряд и связь с катионообменной смолой

Количественный анализ полученных фракций: отдельные фракции +нингидрин = красно-фиолетовое окрашиваение (интенсивность зависит от количесва), которое определяет количество АК по спектрофотометрическому методу измерения света (автоматизирован- АК анализатор)

Определение АК последовательности

1. ФИТЦ связывася с N концевой АК => ослабевт пептидная связь -> гидролизуют избирательно -> ФИТЦ-АК1-> индификация хроматографическими методами Автоматизирован- секвенатор (10-20 АК)

2. Перекрывающиеся фрагметы (описаны ниже)

Большие последовательности расщепляют:

1. Ферментативное по специфическим участкам - Трипсин (пептидные связи карбоксо групп аргинина и лизина

2. Химическое по специфическим участкам: бромциан (пептидыне связи карбоксо группы метионина)

Вторичная структура

Вторичная структура- пространственная(!)структура в р-те взаимодействия между функциональными группами в составе пептидного остова

Связи: водородные, ионные и гидрофобные

А-спираль

1. Пептидный остов в виде спирали (водородные связи О карбоксо и N аминогрупп)

2. 3.6 АК остатка на 1 виток

3. Водородные связи слабые но их много (спираль стянута), уменьшена длина

4. Гидрофильных группы пептидного остова (!!!) мало тк уходят на водородные связи=> <гидрофильность

5. После разрыва длина увеличивается

6. Радикалы на наружной поверхности направлены в стороны и не обр водородных связей

Нарушение а-спирали

1. Пролин- нет вращения и нет атома водрода (нет водородной связи) и влечет изгиб или петлю

2. Близко расположенные одинаково заряженные радикалы

3. Близко расположенные объемные радикалы

Б-структура:

1. Водородные связи между пептидными связями (расположены параллельно)

Одной (которая делает изгиб) или Несколькими

2. В виде гормошки

3. Межцепочные и внутрицепочные

4. Параллельные (NN et CC) и антипараллельные (NC)

Нерегулярные вторичные структуры:

1. Беспорядочные клубки

2. Менее упорядочены, но в каждом индивидуальной белке фикс конформация

Содержание разных типов вторичных структур в белках:

1. А (миоглобии гемоглобин)

2. А и б

3. Б

4. Незначительное количство регулярных структур

Третичная структура белков

Третичная структура белков- трехмерная пространственная структура за счет взаимодействия между радикалами аминокислот (могут располагаться на большом расстоянии дод)

Образуется благодаря: изгибам полипептидной цепи в участках содержащих пролин, дикарбоновые и диаминовые к-ты

Связи: