- •Понятие «системная биология», различные его трактовки и содержание. Основные направления применения.
- •История развития системной биологии.
- •Основные источники информации, используемой в системной биологии.
- •Моделирование систем – основной подход системной биологии.
- •Определение системы, классификация систем: линейные-нелинейные, живые-неживые.
- •Системный подход в биологии.
- •Биологические системы, их особенности, корпускулярные и жесткие системы, уровни организации живого.
- •Особенности экспериментальных данных в биологии.
- •!!!!!Примеры анализа биологической информации и применения компьютерной техники в биологии. Blast как биоинформатический метод.
- •!!!!!Примеры анализа биологической информации и применения компьютерной техники в биологии. 3d-печать, молекулярное моделирование и CellDesigner.
- •Статистическая, генеральная и выборочные совокупности: их характеристика и основные особенности.
- •Распределения, их виды и характеристики.»!»!»!»!
- •Основные параметры совокупности – средняя арифметическая, ошибка средней, достоверность.Хочу кушац
- •Мера варьирования величин – среднеквадратичное отклонение, коэффициент вариации. Оценка репрезентативности выборки.
- •!!!!!!!!!!!!!!!Виды анализа: дисперсионный, корреляционный, регрессионный, кластерный анализ.
- •Понятие модели, ее возможности и виды. Исторически первые модели в биологии.
- •Модель роста численности популяции – ограниченный рост. Основные предположения, исходные уравнения, конечный результат решения.
- •Критические уровни численности популяции. Колебания численности популяций.
- •Модели взаимодействия двух популяций.
- •Кинетика ферментативных реакций. Основные положения модели.
- •! !!!!!!!!!!!!!!!!Уравнение Михаэлиса-Ментен для наиболее простой реакции. Математическое представление модели.
- •Варианты линеаризации модели Михаэлиса-Ментен. Использование модели для анализа реакции.
- •Ингибирование ферментов.
- •Модель Моно.
- •Устойчивые и неустойчивые состояния системы. Анализ уравнения системы на устойчивость методом Ляпунова.
- •Электрические явления в мембране. Электрические характеристики мембран.
- •Понятие о диффузии.
- •Уравнение электродиффузии Нернста-Планка.
- •Потенциал покоя. Уравнение Гольдмана -Ходжкина -Каца.
- •Модель мембраны как электрической цепи. Основное уравнение для электрофизиологических моделей.
- •Потенциал действия. Механизм генерации и основные фазы.
- •!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!Электрическая схема мембраны в модели Ходжкина-Хаксли.
- •Зависимость проводимости мембраны для натрия и калия от потенциала и времени.!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
- •Условия перехода системы Ходжкина-Хаксли в автоколебательный режим
- •Основные компоненты системы транспорта ионов через мембрану растительной клетки.
Определение системы, классификация систем: линейные-нелинейные, живые-неживые.
Система – это комплекс элементов, находящихся во взаимодействии и единстве (Л. Берталанфи). Отличительной (главной) особенностью системы является ее целостность
Важной характеристикой всех систем является линейность. Все системы можно разделить на линейные и нелинейные. Система называется линейной, если она описывается линейными уравнениями (алгебраическими, дифференциальными, интегральными и т. п.), в противном случае система является нелинейной. Реакция линейной системы на любую комбинацию внешних воздействий равна сумме реакций на каждое из этих воздействий в отдельности.
Дифференциальное уравнение линейно, если неизвестная функция и еѐ производные входят в уравнение в первой степени (и не перемножаются друг с другом).
Линейные функции:
f(х+у) = f(х)+f(у); f(ах)=аf(х).
Большинство сложных систем являются нелинейными и для упрощения анализа систем применяют процедуру линеаризации, при которой нелинейную систему описывают приближенно линейными уравнениями в некоторой (рабочей) области изменения входных переменных.
Тип системы |
Уровень сложности |
Примеры |
Неживые |
статические структуры (остовы) |
кристаллы |
простые динамические структуры с заданным законом поведения |
река, часовой механизм |
|
кибернетические системы с управляемыми циклами обратной связи |
термостат |
|
Живые |
открытые системы с самосохраняемой структурой |
клетки |
живые организмы с низкой способностью воспринимать информацию |
растения |
|
живые организмы с более развитой способностью воспринимать информацию, но не обладающие самосознанием |
животные |
|
системы, характеризующиеся самосознанием, мышлением и нетривиальным поведением |
люди |
|
социальные системы |
организации |
|
трансцендентные системы или системы, лежащие в настоящий момент вне нашего познания |
религия |
Большинство неживых систем являются каузальными, т.е. системами не имеющими внутренне присущей цели. Живые системы относятся к целенаправленным системам, т.е. системам, способным к выбору своего поведения в зависимости от внутренне присущей цели. Неживые системы могут быть охарактеризованы как детерминированные, поведение которых может быть точно предсказано. Живые системы относятся к недетерминированным (стохастическим) системам, поведение которых может быть предсказано лишь с определенной вероятностью.
Системный подход в биологии.
Систему кровообращения как систему в 1616 г. описал Вильям Гарвей. Карл Линней (1707-1778) систематизировал весь растительный и животный мир Земли. Он предложил систему научного наименования растений и животных.
По Берталанфи система – это комплекс взаимодействующих элементов. Элемент – это далее неразложимый компонент системы. Структура – это совокупность устойчивых связей между элементами. Понятие организация характеризует уровень упорядоченности элементов.
Согласно Берталанфи организм как система обладает следующими признаками:
1) Целостность
2) Открытость
3) Динамичность
4) Активность
5) Эквифинальность
Системный подход в биологии позволяет выделить уровни структурной организации материи. В биологии такими уровнями являются органические макромолекулы, клетки, ткани, органы, системы органов, организмы, популяции, биоценозы и биосфера в целом. Каждый уровень изучается соответствующими науками в составе биологии. В тоже время, системы разных уровней взаимосвязаны и не могут быть поняты в отдельности.
Системный подход – это способ организации наших действий, который охватывает любой род деятельности, выявляя закономерности и взаимосвязи с целью их более эффективного использования.
Основные принципы системного подхода:
1) Целостность, позволяющая рассматривать одновременно систему как целое и как подсистему для вышестоящих уровней.
2) Иерархичность строения, то есть наличие множества элементов, расположенных на основе подчинения элементов низшего уровня элементам высшего уровня.
3) Структуризация, позволяющая анализировать элементы системы и их взаимосвязи
4) Множественность, позволяющая использовать множество кибернетических, экономических и математических моделей для описания отдельных элементов и системы в целом.
5) Системность, свойство объекта обладать всеми признаками системы.