Реакция на реформу
Патриарху указывали на самочинность таких действий, и тогда в 1654 году он устраивает собор, на котором в результате давления на участников добивается разрешения провести «книжную справу по древним рукописям греческим и славянским». Однако равнение шло не на старые образцы, а на современную греческую практику. В неделю православия 1656 года в московском Успенском соборе была торжественно провозглашена анафема на тех, кто крестится двумя перстами.
Резкость и процедурная некорректность (так, Никон однажды публично избил, сорвал мантию, а затем без соборного решения единолично лишил кафедры и сослал противника богослужебной реформы епископа Павла Коломенского) проведения реформ вызвала недовольство среди значительной части духовенства и мирян, которое питалось также личной неприязнью к отличавшемуся нетерпимостью и амбициозностью патриарху. После ссылки и гибели Павла Коломенского движение за «старую веру» (старообрядчество) возглавили несколько клириков: протопопы Аввакум, Логгин Муромский и Даниил Костромской, поп Лазарь Романовский, дьякон Фёдор, инок Епифаний, поп Никита Добрынин, по прозвищу Пустосвят и др.
В 1660 году на созванном в Москве Соборе было постановлено лишить Никона архиерейства и даже священства; однако суд не состоялся, так как дело было решено передать на суд восточных патриархов, по совету никоновского монаха-справщика Епифания Славинецкого и архимандрита Полоцкого Богоявленского монастыря Игнатия Иевлевича. Такое же решение вопроса рекомендовал царю впоследствии и бывший епископ Иерусалимской церкви Паисий Лигарид[8], который не принимал явного участия в Соборе, хотя был приглашён патриархами к тайному совещанию и выступал в роли переводчика для восточных патриархов.
Приглашённые ещё в 1662 году патриархи долгое время не находили возможным прибыть в Москву. Наконец, в ноябре 1666 года открылся так называемый Большой Собор с участием двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Оба патриарха на тот момент считались лишёнными кафедр решением Собора в Константинополе, но в Москве известие о том получили уже после суда над Никоном.
Идеологическая база и документы Соборов 1666—1667 годов, важнейшим предметом рассмотрения которых было окончательное осуждение неприемлемых для сторонников «старой веры» «никонианских» богослужебных реформ, разрабатывались учёным монахом «латинского» толка Симеоном Полоцким, Паисием Лигаридом и архимандритом Афонского Иверского монастыря Дионисием, проживавшим в Москве с 1655 по 1669 год.
12 декабря 1666 года состоялось третье, заключительное по делу Никона, заседание Собора в Благовещенской церкви Чудова монастыря. Царь не пришёл на заседание Собора. Никон был лишён не только патриаршего достоинства, но и епископского сана и сослан в Ферапонтов Белозерский монастырь; по смерти Алексея Михайловича был переведён под более жестокий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь
Большой Московский Собор 1667 года, осудив и низложив Никона за самовольное оставление кафедры в 1658, анафематствовал всех противников реформ. В дальнейшем в силу государственной поддержки церковной реформы имя Русской церкви было закреплено исключительно за принявшими решения Соборов 1666 и 1667, а приверженцев богослужебных традиций (староверов) стали называть раскольниками и преследовать.
После смерти царя Алексея Михайловича престол перешёл к его сыну Фёдору Алексеевичу, который сочувствовал Никону. В 1681 году тому, уже тяжело больному, было разрешено вернуться в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, на пути к которому он скончался 17 августа в Николо-Тропинском приходе напротив Ярославля, в устье реки Которосли.Царь Фёдор Алексеевич настоял на отпевании Никона как патриарха, несмотря на протесты патриарха Московского Иоакима.Был погребён в северном приделе (Усекновения главы Иоанна Предтечи) собора Воскресенского Новоиерусалимского монастыря; Фёдор Алексеевич сам со слезами читал над ним Апостол и 17‑ю кафизму и неоднократно целовал его десницу.В 1682 году Фёдор Алексеевич, невзирая на сопротивление патриарха Иоакима и значительные издержки, исходатайствовал у восточных патриархов разрешительные грамоты. В них повелевалось причислить Никона к лику патриархов и поминать в таком звании открыто.