- •Часть1.
- •5 Семестр.
- •19 Занятий по 2 академических часа. Заключительные практические занятия: 7, 13, 19 занятие № 1
- •Последовательный процесс поиска модели
- •Литература
- •Дополнительная литература
- •Рекомендуемая дополнительная литература для самостоятельной работы
- •Занятие № 2
- •Литература
- •Дополнительная литература
- •Рекомендуемая дополнительная литература для самостоятельной работы
- •Занятие № 3
- •Литература
- •Рекомендуемая дополнительная литература для самостоятельной работы
- •Занятие № 4
- •Литература
- •Занятие № 5
- •Литература
- •Занятие № 6
- •Литература
- •Занятие № 7
- •Занятие № 8
- •Литература
- •Занятие № 9
- •Литература
- •Занятие № 10
- •Литература
- •Занятие № 11
- •Литература
- •Занятие № 12
- •Правила, используемые при интерпретации спектров ямр
- •Литература
- •Занятие № 13
- •Занятие № 14-15
- •Открытая ферментативная система с субстратным угнетением
- •Колебания в ферментативных системах Литература
- •Занятие № 16
- •Литература
- •Занятие № 17
- •Термодинамическая вероятность и энтропия
- •Внутренняя энергия и теплосодержание
- •Концентрации натрия и потенциалы внутри и вне клетки (гигантский аксон кальмара в морской воде)
- •Литература
- •Занятие № 18
- •Часть2.
- •6 Семестр.
- •19 Занятий по 3 академических часа. Заключительные практические занятия: 13, 17 занятие № 1 (лабораторная работа)
- •Литература
- •Занятие № 2 (лабораторная работа)
- •Литература
- •Занятие № 3 (лабораторная работа)
- •Литература
- •Занятие № 4 (лабораторная работа)
- •Литература
- •Занятие № 5 (лабораторная работа)
- •Литература
- •Занятие № 6
- •Литература
- •Занятие № 7
- •Литература
- •Занятие № 8
- •Литература
- •Занятие № 9
- •Литература
- •Занятие № 10
- •Литература
- •Занятие № 11
- •Литература
- •Занятие № 12
- •Литература
- •Занятие № 13
- •Занятие № 14
- •Литература
- •Занятие № 15
- •Литература
- •Занятие № 16
- •Литература
- •Занятие № 17
- •Часть3.
- •7 Семестр.
- •18 Занятий по 3,5 академических часа. Заключительные практические занятия: 10, 18 занятие № 1
- •Литература
- •Занятие № 2
- •Литература
- •Занятие № 3
- •Литература
- •Занятие № 4
- •Литература
- •Занятие № 5
- •Литература
- •Занятие № 6
- •Литература
- •Занятие № 7
- •Литература
- •Занятие № 8
- •Литература
- •Занятие № 9
- •Литература
- •Занятие № 10
- •Занятие № 11
- •Литература
- •Занятие № 12
- •Литература
- •Занятие № 13
- •Литература
- •Занятие № 14
- •Литература
- •Занятие № 15
- •Литература
- •Занятие № 16
- •Литература
- •Занятие № 17
- •Литература
- •Занятие № 18
Литература
-
Фершт Э. Структура и механизм действия ферментов.- М., 1980, стр. 109-129, (глава 3), стр. 252-271, (глава 8)
-
Рубин А.Б. Лекции по биофизике. Лекция 3. Кинетика ферментативных реакций
Занятие № 6
ТЕМА: Ферментативный катализ. Аллостерические эффекты. Кооперативность
Цель: Изучить механизмы аллостерической регуляции в олигомерных белках
Молекулы многих белков состоят из субъединиц и имеют несколько центров связывания лигандов. В ряде случаев кривые связывания лигандов не следуют уравнению Михаэлиса-Ментен, а имеют сигмоидный характер. Такие кривые характерны для случая кооперативного связывания лигандов белками, имеющими несколько центров связывания в белковом олигомере.
Вопросы для рассмотрения на занятии:
-
Аллостерические эффекты и кооперативность.
-
Механизм аллостерической регуляции.
-
Модели кооперативности.
-
Количественный анализ кооперативности.
-
Модели ферментативных процессов.
-
Термодинамика ферментативного катализа.
-
Модели ферментативного катализа. Проблема снижения активационного барьера.
-
Конформационно-релаксационная концепция ферментативного катализа.
Самостоятельная работа
-
Стационарные состояния. Критерии устойчивости стационарного состояния.
-
Критерии устойчивости стационарных состояний для функций двух переменных (модель Лотки). Понятие об «узле», «фокусе», «седле».
-
Критерии устойчивости стационарных состояний вблизи состояния термодинамического равновесия. Соотношения Онзагера.
-
Критерии устойчивости стационарных состояний вблизи состояния термодинамического равновесия. Теорема Пригожина.
Контрольная работа:
-
Механизм реакций при термодинамическом равновесии фермент-субстратного комплекса и свободных фермента и субстрата. Уравнение: смысл параметров.
-
Кинетика реакций в условиях стационарности. Уравнение: смысл параметров.
-
Кинетика реакций с образованием промежуточных соединений.
-
Графические представления уравнения Михаэлиса-Ментен. Недостатки и достоинства.
-
Механизм конкурентного ингибирования.
-
Механизм неконкурентного, бесконкурентного и смешанного ингибирования.
-
Непродуктивное связывание.
-
Специфичности при конкурирующих субстратах.
-
Равновесие в ферментативных реакциях и в растворе.
-
Влияние избытка субстрата.
-
Суицидальные субстраты.
-
Неупорядоченный и упорядоченный последовательный механизм. Механизм Теорела –Чанса.
-
Механизм с замещением фермента.
-
Механизм аллостерической регуляции.
-
Модели кооперативности.
-
Количественный анализ кооперативности.
-
Термодинамика ферментативного катализа.
-
Модели ферментативного катализа. Проблема снижения активационного барьера.
-
Конформационно-релаксационная концепция ферментативного катализа.
-
Стационарные состояния. Критерии устойчивости стационарного состояния.
-
Критерии устойчивости стационарных состояний для функций двух переменных (модель Лотки). Понятие об «узле», «фокусе», «седле».
-
Критерии устойчивости стационарных состояний вблизи состояния термодинамического равновесия. Соотношения Онзагера.
-
Критерии устойчивости стационарных состояний вблизи состояния термодинамического равновесия. Теорема Пригожина.