- •А.С. Спирин
- •Участие белкового фактора элонгации в связывании аминоацил-тРНК
- •Рабочий элонгационный цикл транслирующей рибосомы
- •Конформационный переход белка EF-Tu при связывании ГТФ: взаимный поворот, слипание и фиксация доменов
- •Фактор элонгации EF-Tu (EF1A):
- •Тройственный комплекс Aa-tRNA • EF-Tu• GTP
- •Связывание тройственного комплекса Aa-tRNA • EF-Tu• GTP с рибосомой: А/Т позиция Аа-тРНК
- •EF-Tu-промотируемое связывание аминоацил-тРНК с А-участком рибосомы
- •Белок EF-Tu (EF1) как молекулярная машина челночного типа
- •Рабочий цикл транслирующей рибосомы как молекулярной машины конвейерного типа
- •Рабочий цикл транслирующей рибосомы
- •Транслирующая рибосома осуществляет два сопряженных процесса молекулярного транспорта:
- •Рибосома как молекулярная машина:
- •ОБЩИЕ ПРИНЦИПЫ ФУНКЦИОНИРОВАНИЯ РИБОСОМ
- •Крупно-блочная подвижность рибосомы и концепция смыкания-размыкания
- •КОНЦЕПЦИЯ СМЫКАНИЯ – РАЗМЫКАНИЯ СТРУКТУРНЫХ БЛОКОВ
- •Фактор элонгации EF-Tu (EF1A):
- •Рабочий цикл сканирующего 43S рибосомного комплекса как молекулярной машины конвейерного типа
- •Смыкание – размыкание аминоацил-тРНК-связывающего участка рибосомной 30S субъединицы
- •Model of translating ribosome based on mutual mobility of ribosomal subunits
- •Поворот малой рибосомной субъединицы относительно большой, сопровождающий размыкание межсубъединичного канала
- •Демонстрация попеременного смыкания-размыкания транслирующей рибосомы (данные smFRET)
- •Подвижные блоки и наблюдаемые подвижки в рибосоме:
- •Основные подвижные блоки рибосомы:
- •ЧТО ДВИЖЕТ МАКРОМОЛЕКУЛАМИ И ИХ ЧАСТЯМИ?
- •Рабочий цикл транслирующей рибосомы в отсутствие факторов элонгации?
- •Катализ кодон-зависимого связывания аминоацил-тРНК и транслокации факторами элонгации EF-Tu и EF-G с ГТФ
- •Кодон-зависимое связывание аминоацил-тРНК без фактора элонгации EF-Tu с ГТФ
- •Кодон-зависимое связывание аминоацил-тРНК
- •Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции
- •Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции:
- •ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
- •ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
- •ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
- •Транспептидация –
- •Транспептидация и миграция между двумя неустойчивыми состояниями
- •Транслокация в терминах механизма «храповика с собачкой»
- •Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции: translocation of tRNAs shift of mRNA
- •Plausible scenario of the factor-free elongation cycle
- •Последовательность событий в ходе EF-G-зависимой транслокации
- •EF-Tu-промотируемое связывание аминоацил-тРНК c А-участком рибосомы: последовательность событий
- •Конец лекции
- •Рибосома как молекулярная машина
- •Конформационная подвижность рибосомы – это тепловые флуктуации структурных модулей рибосомы.
- •Транслирующая рибосома как молекулярная машина - основные принципы:
- •Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции
- •Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции
- •EF-Tu-промотируемое связывание аминоацил-тРНК c А-участком рибосомы: последовательность событий
- •Plausible scenario of the factor-free elongation cycle
- •Scenario of the factor-free elongation cycle in terms of locking-unlocking concept
- •Spontaneous translocation (IIIb → IV transition)
- •Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции
- •Последовательность событий в ходе EF-G-зависимой транслокации
- •ЧТО ДВИЖЕТ МАКРОМОЛЕКУЛАМИ И ИХ ЧАСТЯМИ?
- •Принципы работы молекулярных машин
- •МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАШИНЫ
- •Молекулярные машины конвейерного типа
- •СТРУКТУРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАШИН (по сравнению с механическими макро-машинами)
- •ОСОБЕННОСТИ PАБОТЫ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАШИН
- •Главный вопрос:
- •Как в условиях интенсивных беспорядочных толчков обеспечивается упорядоченная работа безынерционной машины, лишенной точной
- •Как в условиях интенсивных беспорядочных толчков обеспечивается упорядоченная работа безинерционной машины, лишенной точной
- •Как в условиях интенсивных беспорядочных толчков обеспечивается упорядоченная работа безинерционной машины, лишенной точной
- •Фейнмановский храповик с собачкой
- •Что требуется для того, чтобы диффузионное блуждание вдоль направляющей нити
- •A car bombarded by giant hailstones,
- •DRIVING WITHOUT ENGINE
- •Молекулярный «храповик с собачкой» (molecular ratchet-and-pawl mechanism)
- •Принципы работы молекулярных машин конвейерного типа
- •Молекулярный «храповик с собачкой» (molecular ratchet-and-pawl mechanism)
- •Транслокация в терминах энергетического пути реакции
- •Ректификация броуновского движения:
- •Принципы работы молекулярных машин конвейерного типа
- •Транслирующая рибосома как молекулярная машина конвейерного типа
- •Расположение субстратных молекул аминоацил-тРНК (А/а) и пептидил-тРНК (Р/р)
- •Конец лекции
- •Резервные слайды
- •Feynman’s ratchet-and-pawl mechanism
- •Что определяет направленность перемещения макромолекулярного комплекса или
- •СТРУКТУРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАШИН (по сравнению с механическими макро-машинами)
- •Тепловое броуновское движение является той «движущей силой», которая побуждает макромолекулярный комплекс
- •Что является «движущей силой» (“motive force”), которая побуждает макромолекулярный комплекс или его структурные
- •Участие белкового фактора элонгации в связывании аминоацил-тРНК
- •Последовательность событий в ходе EF-G-зависимой транслокации
- •Model of translating ribosome based on mutual mobility of ribosomal subunits
ОСОБЕННОСТИ PАБОТЫ МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАШИН
(по сравнению с работой механических макро-машин)
(3) Вовлечение в тепловое броуновское движение:
бомбардировка машины молекулами и частицами среды и собственные тепловые флуктуации частей машины.
Таким образом, тепловое броуновское движение постоянно «тормошит» машину и ее подвижные модули, модули дрожат и флуктуируют,
и машина в целом беспорядочно дергается и крутится.
Следовательно, любой упорядоченной работе молекулярной машины противостоит мощное воздействие беспорядочных тепловых импульсов.
.
Главный вопрос:
Как в условиях интенсивных беспорядочных толчков обеспечивается упорядоченная работа безынерционной машины, лишенной точной механики?
Как в условиях интенсивных беспорядочных толчков обеспечивается упорядоченная работа безынерционной машины, лишенной точной механики?
В противоположность механическим макромашинам, молекулярные машины, как правило, не используют внешнюю энергию
для того, чтобы толкать или тянуть перемещаемый комплекс в определенном направлении.
Как в условиях интенсивных беспорядочных толчков обеспечивается упорядоченная работа безинерционной машины, лишенной точной механики?
В противоположность механическим макромашинам, молекулярные машины, как правило, не используют внешнюю энергию
для того чтобы либо толкать, либо тянуть перемещаемый комплекс в определенном направлении.
Для них и не нужно специального источника движения – их и так постоянно тормошит и двигает в разных направлениях
броуновское движение, т.е. двигательных импульсов имеется с избытком и так.
Как в условиях интенсивных беспорядочных толчков обеспечивается упорядоченная работа безинерционной машины, лишенной точной механики?
В противоположность механическим макромашинам, молекулярные машины не используют внешнюю энергию для того, чтобы либо толкать, либо тянуть перемещаемый комплекс
в определенном направлении.
Для них и не нужно специального источника движения – их и так постоянно тормошит и двигает в разных направлениях
броуновское движение, т.е. двигательных импульсов имеется с избытком и так.
Специфика всех молекулярных машин состоит в том, что они «умеют» использовать броуновское движение
в качестве двигательных импульсов для направленного перемещения!
Фейнмановский храповик с собачкой
Беспорядочная бомбардировка (броуновское движение частиц среды) может приводить к направленному движению:
молекулы газа, ударяющие по лопастям пропеллера, заставляют храповик поворачиваться, но подпружиненная собачка позволяет лишь поворот против часовой стрелки, запрещая обратный поворот.
Что требуется для того, чтобы диффузионное блуждание вдоль направляющей нити
превратить в однонаправленное движение?
Для того чтобы обеспечить однонаправленность движения, можно использовать механизм отбора тепловых движений, разрешающий движение в одном направлении
и запрещающий движение в обратном направлении («демон» Максвелла, «храповик с собачкой» Фейнмана, «ректификация броуновского движения»).
(Демон Максвелла или собачка Фейнмана реализуемы только при их подпитке энергией).
A car bombarded by giant hailstones,
or a hypothetical nano-car under Brownian motion conditions
Random oscillation back and forth
DRIVING WITHOUT ENGINE
Молекулярный «храповик с собачкой» (molecular ratchet-and-pawl mechanism)
Роль храповика с собачкой могут играть энерго-зависимые стерические помехи сзади движущейся частицы.