Plausible scenario of the factor-free elongation cycle

Конец лекции

Рибосома как молекулярная машина

Главным двигателем рибосомы как транспортной машины конвейерного типа

является пептидил-трансферазный центр.

Топливо – аминоацил-тРНК.

Молекулярная трансмиссия – сопряжение локальных химических изменений

(связывание тРНК – транспептидация – освобождение тРНК) с конформационными изменениями в рибосоме, изменяющими сродство тРНК-связывающих участков к тРНК.

Движитель – тРНК-связывающие участки (А, Р, Е),

чередующиеся изменения сродства которых к тРНК обеспечивают однонаправленные перемещения тРНК

от слабо связанного состояния с сильно связанному состоянию (the weak to strong binding state transitions).

Конформационная подвижность рибосомы – это тепловые флуктуации структурных модулей рибосомы.

Флуктуационная подвижность модулей служит основой функционального рабочего цикла рибосомы

как молекулярной машины.

Транслирующая рибосома как молекулярная машина - основные принципы:

(1)Крупноблочная подвижность машины (макромолекулярного комплекса).

(2)Броуновское движение как единственный источник внутримолекулярных смещений структурных блоков

илигандов (мРНК, тРНК),

а также машины в целом.

(3)Химическая реакция дестабилизация системы в результате изменения сродства блоков машины к лигандам (тРНК, мРНК)

направленные смещения лигандов по принципу «the weak to strong binding state transitions».

Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции

Рабочий (элонгационный) цикл бесфакторной трансляции