А.С. Спирин
Молекулярная биология:
Лекция 7.
Фактор элонгации EF1 (EF-Tu) как молекулярная машина челночного типа.
Транслирующая рибосома как молекулярная машина конвейерного типа.
25 марта 2015 г.
Участие белкового фактора элонгации в связывании аминоацил-тРНК
Рабочий элонгационный цикл транслирующей рибосомы
Конформационный переход белка EF-Tu при связывании ГТФ: взаимный поворот, слипание и фиксация доменов (смыкание)
+ GTP
From red to blue = from N- to С-end
From M. Kjeldgaard, P. Nissen, S. Thirup and J. Nyborg (1993) The crystal structure of elongation factor EF-Tu from Thermus aquaticus in the GTP conformation. Structure 1: 35-50.
Фактор элонгации EF-Tu (EF1A):
Конформационный переход из разомкнутого (открытого) в сомкнутое (закрытое) состояние при связывании ГТФ
ГТФ
ГДФ
Тройственный комплекс Aa-tRNA • EF-Tu• GTP
tRNA
3 2
1
EF-Tu (EF1A)
Связывание тройственного комплекса Aa-tRNA • EF-Tu• GTP с рибосомой: А/Т позиция Аа-тРНК
30S
|
|
A P |
mRNA |
|
EF-Tu |
|
|
|
|
|
|
L7/L12 |
1 |
|
L1 |
|
|
||
|
|
|
L10
a p
50S
T.M. Schmeing, R.M. Voorhees, A.C. Kelley, Y.-G. Gao, F.V. Murphy, J.R. Weir and V. Ramakrishnan (2009) The crystal structure of the ribosome bound to EF-Tu and aminoacyl-tRNA. Science 326, 688-694. PDB code 2wrn, 2wro.
EF-Tu-промотируемое связывание аминоацил-тРНК с А-участком рибосомы
Aa-tRNA٠ |
EF-Tu٠GDP |
EF-Tu٠GTP |
Р/р |
А/Т, Р/р |
Pi |
А/a, Р/р |
|
Белок EF-Tu (EF1) как молекулярная машина челночного типа
|
Aa-tRNA |
EF-Tu٠GTP |
|
|
|
GDP |
|
٠ |
٠ |
GTP |
|
EF-Tu٠GDP |
|||
Aa-tRNA EF-Tu GTP |
|||
Aa-tRNA٠EF-Tu٠GTP EF-Tu٠GDP
Р/р |
А/Т, Р/р |
Pi |
А/a, Р/р |
|
