БИОИНЖЕНЕРИЯ
.pdfLCR, ligase cycling
reaction
ВИЗУАЛИЗАЦИЯ ПРОЦЕССА ДОСТАВКИ РЕКОМБИНАНТНЫХ ДНК
Флуоресцентные метки
•Флуоресценция – это излучение света веществом, которое поглотило свет.
•Излучаемый свет имеет большую длину волны, чем поглощённый свет.
•Сливание флуоресцентного белка с другим белком обычно не влияет на флуоресценцию первого.
Основное применение флуоресцентных белков:
Путем изменения интенсивности флуоресценции определять
уровень экспрессии (сила или специфичность промотора)
Сливая с интересующим белком, визуализировать его
локализацию
Основное применение флуоресцентных белков
•Fusion tagging – присоединение флуоресцентного белка к N или C концу белка, для его пространственной и временной визуализации
•Transcription Reporter – размещение гена флуоресцентного белка по исследуемый промотор с целью определения эффективности его работы
•Förster resonance energy transfer (FRET) – используется для изучения взаимодействия двух белков. Для этого к каждому из белков пришиваются флуоресцентные белки с перекрывающимися спектрами поглощения\испускания света.
•Split EGFP – используются для изучения взаимодействия двух белков. Для этого к каждому пришивается по половине флуоресцентного белка, который начинает светится, когда половины соединяются.
•Cell marking/selection – ген, кодирующий флуоресцентный белок, вставляется в плазмиду (как под отдельным промотором, так и через 2A сайт или IRES), для маркирования процесса попадания плазмиды к клетку
•Fluorescence-activated cell sorting (FACS) – флуоресцентная цитометрия,
основанная на разделении популяции клеток по наличию флуоресцентного белка
•Purification – использование флуоресцентного белка в качестве эпитопа для очистки белка
Классификация флуоресцентных белков по спектру эмиссии
Цвет |
Спектр |
|
|
Blue |
424 - 467 nm |
|
|
Cyan |
474 - 492 nm |
|
|
Green |
499 - 519 nm |
|
|
Yellow |
524 - 538 nm |
|
|
Orange |
559 - 572 nm |
|
|
Red |
574 - 610 nm |
|
|
Far-Red |
625 - 659 nm |
|
|
Infra-Red |
≥ 670 nm |
|
|
Плазмидные таги (tags)
Направление белка в клеточные
компартменты
ЗАДАНИЕ
Линейную молекулу ДНК длиной 11250 пн обрабатывают отдельно рестриктазами А и В. Фрагменты разделяют электрофорезом.
Фермент А разрезал ДНК на 4 фрагмента размером 4725, 3150, 2250 и 1125 пн. Обработка рестриктазой В дала 3 фрагмента: 5625, 2925 и 2700 пн.
Для определения расположения сайтов рестрикции этих ферментов на следующем этапе применяют процедуру двойного расщепления – обрабатывают ДНК двумя рестриктазами. Обработка изучаемого фрагмента одновременно двумя рестриктазами дала 6 фрагментов:
4275, 2250, 1800, 1350, 1125, 450 пн.
Нарисуйте физическую карту линейной молекулы ДНК, обозначив длину фрагментов между сайтами узнавания рестриктаз в том порядке, в котором они реально располагаются.
Дополнительная информация:
Обработка каждого из 4-х А-фрагментов рестриктазой В дает следующую картину
4725 - 4275 и 450
3150 - 1800 и 1350
2250 - 2250 (изменений нет)
1125 - 1125 (изменений нет)
Обработка каждого из 3-х В-фрагментов рестриктазой А дает следующую картину
5625 - 4275 и 1350
2925 - 1800 и 1125
2700 - 2250 и 450