Іконостас

В ХІ ст. під час будівництва Собору вівтар був відокремлений від загального приміщення лише невисокою передвівтарною огорожею, виготовленою з мармуру.

Перший іконостас був виготовлений та встановлений під час перебудови Собору Митрополитом Петром Могилою у 1637–1638 роках.

Під час великої перебудови XVIII зміни в бік бароко торкнулися і інтер'єру Собору. Виконаний у цьому стилі дерев'яний позолочений іконостас був виготовлений в 1747 році українськими майстрами і є чудовим взірцем різьблення по дереву та станкового живопису. Іконостас мав 3 яруси, з яких до цього часу зберігся тільки нижній, оскільки в 1935–1937 роках більшовики зруйнували та спалили вісім барокових іконостасів, бічних вівтарів та верхні яруси головного вівтаря.

Окремою цінністю в іконостасі були виготовлені із срібла та позолочені царські врата, виготовлені відомими київськими золотарями Петром Волохом, Іоанном Завадовським та Петром Тараном у 1747–1750 роках.

Врата простояли в Соборі 184 роки, аж до 1934 року, коли більшовики розпорядилися розрізати їх на шматки (що б легше було винести з Собору та переплавити) та відправити в резервний фонд дорогоцінних металів.

Випадково кілька фрагментів воріт 1977 році знайшли у запасниках Києво-Печерської лаври, де в сталінські роки було розміщене т.зв. Музейне містечко. Туди зі всієї України звозили конфісковані церковні цінності, які в основному переплавляли на метал.

Вдалося з'ясувати, що уцілілі частини врат потрапили туди з резервного фонду дорогоцінних металів у 40-і роки минулого століття. Інші, ймовірно, були переплавлені.

В радянські роки реставрувати врата не вдалося, бо Москва не дала дозволу на купівлю 2,2 кг срібла необхідних на реставрацію вцілілих частин.

Зараз царські ворота відреставровані, їх повернули на своє колишнє місце.

Некрополь

Софія Київська з давніх часів слугувала усипальницею князів і вищого духовенства. Некрополь Св. Софії, що містив десятки поховань як у соборі, так і на його подвір'ї, є найдавнішим і охоплює найдовший за часом існування період в історії України (1054–1995). Більшість імен тих, хто похований у Софійському некрополі, невідома, однак ідентифіковані поховання свідчать про те, що тут знайшли притулок видатні діячі національної історії.

І — давня зовнішня північна галерея; І а — східна частина давньоруського паракліса, що входив до складу усипальні Ярослава; каплиця-усипальня Володимира часів Петра (Могили); І б — західна частина паракліса; І а, б — Благовіщенський вівтар (з кінця XVII ст.); вівтар Св. Іоанна Предтечі (з першої чверті XIX ст.); І в — вівтар на честь Собору Св. Іоанна Предтечі (з кінця XVII ст.); Стрітенський вівтар (з першої чверті XIX ст.); II — давня внутрішня північна галерея; Володимирський вівтар (з часів Петра (Могили)); II а — давня каплиця-усипальня Ярослава; II б — давня усипальня Всеволодовичів; III — Георгіївський вівтар; IV — вівтар Св. Апостола Петра; V — центральна нава; VI — вівтар Святих Якима та Анни; VII — Михайлівський вівтар; VIII — давня внутрішня південна галерея; вівтар Святих Антонія і Феодосія (з кінця XVII ст.); IX — давня зовнішня південна галерея; IX а — каплиця-усипальня Св. Макарія часів Петра (Могили); IX а, б — Успінський вівтар (з кінця XVII ст.); IX б — склеп XVIII ст. з похованнями Митрополитів; IX в — вівтар Дванадцяти Апостолів — капелла Івана Мазепи (з кінця XVII ст.); X — давня внутрішня західна галерея; XI — давня зовнішня західна галерея; XI а — хрестильня кінця XI — початку XII ст., вбудована в галерею; XI б — нартекс, побудований наприкінці XIX ст. на місці зруйнованої галереї.

1 — саркофаг Ярослава Мудрого; 2 — саркофаг Володимира Мономаха; 3 — первісне місце раки Св. Макарія; 4 — поховання Сильвестра (Косова); 5 — поховання Гедеона (Святополка Четвертинського); 6 — вхід до Митрополичого склепу XVIII ст.

У склепі XVIII ст. поховані Митрополити: 7 — Рафаїл (Заборовський); 8 — Арсеній (Могилянський); 9 — Гавриїл (Кременецький); 10 — Самуїл (Миславський); 11 — Ієрофей (Малицький); 12 — Серапіон (Александровський);

Поховання вищого духовенства XIX ст. у зовнішній північній галереї: 13 — о. Іоанн Леванда; 14 — Митрополит Євгеній (Болховітінов); 15 — Митрополит Платон (Городецький).