Современная_генетическая_диагностика

Использование Fish в онкологии Идентификации амплификации гена HER-2 при раке молочной железы

Многоцветная флуоресцентная in situ гибридизация 24-цветный FISH (материалы фирмы

“MetaSystems GmbH”)

Для их мечения вполне достаточно 5 флуорохромов. Хромосом специфические ДНК библиотеки метятся уникальными комбинациями трех флуорохромов. В результате флуоресцентной in situ гибридизации каждой хромосоме человека соответствует свой псевдоцвет.

a – метафазная пластинка;

b – pаскладка хромосом;

с – aнализ транслокации 8-й и 11-й хромосом человека

Молекулярно-генетические методы

-определение крупных перестроек методами блотгибридизации и использованием ДНК-зондов

-выявление крупных и мелких делеций с помощью ПЦР и гель-электрофореза

-выявление мутаций в сайтах узнавания рестриктазами с помощью ПЦР-ПДРФ или SSCP

-аллель-специфическая гибридизация (амплификация) с использованием олигонуклеотидов, комплиментраных нормальной и мутантной последовательности ДНК

-детекция конформационного полимофизма одноцепочечной ДНК

-гетеродуплексный анализ

-секвенирование гена или его фрагмента

Конструирование тест-системы для ДНК-диагностики

Поиск последовательности исследуемого гена в базе http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Выбор необходимого участка, конструирование праймеров (используются программы типа Oligos, http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

Отработка условий ПЦР (получение хорошего продукта)

Секвенирование наработанного фрагмента

Интерпретация результатов секвенирования

•http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

•http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Готовая модель для секвенирования

Полимеразная цепная реакция

ПЦР - искусственный процесс многократного копирования (амплификации) специфической последовательности ДНК, осуществляемый in vitro. Копирование ДНК при ПЦР осуществляется специальным ферментом – ДНК-

полимеразой.

ДНК - полимераза, двигаясь по одиночной цепи ДНК (матрице), синтезирует комплементарную ей последовательность ДНК.

ДНК - полимераза не может начать синтез цепи ДНК "с нуля", ей необходима короткая "затравочная" цепь РНК или ДНК, к которой она может начать присоединять нуклеотиды.

Полимеразная цепная реакция

Гель-электрофорез нуклеиновых кислот

фракционирование молекул ДНК или РНК по размеру в гелевом носителе под действием электрического поля

Носители - агароза или полиакриламид (ПААГ) Акриламид СН2=СН-СОNН2

Агароза - фракция природного линейного полисахарида агара ( -D- галактопираноза и ангидро- -L-галактопираноза