5 курс / Психиатрия и наркология для детей и взрослых (доп.) / КЛИНИЧЕСКАЯ_ПСИХОФАРМАКОГЕНЕТИКА

ние от избыточного сета маркеров, что, в свою очередь, привело к производству высокопроизводительных платформ генотипирования, в которых сотни тысяч ОНВ могут быть одновременно изучены для поиска ассоциации с развитием определенного фенотипа. В последние годы в области генетики человека стали доминировать GWAS, позволяющие с новой, значительно более высокой, скоростью определять возможные новые ассоциации. Например, только в 2007, консорциум Wellcome Trust Case Control впервые успешно применил GWAS технологию для идентификации многочисленных новых локусов генов, сцепленных с определенными фенотипами

для семи важных комплексных заболеваний (The Welcome Trust Case Control Consortium, 2007). А уже в 2011 году каталог Национального института исследований генома человека (National Human Genome Research Institute), публикующий GWAS (www.genome.gov/GWAStudies) оценил, что доказано приблизительно 1319 сильных ассоциаций для превалирующих генетических вариантов для 221 заболевания и определенных физиологических состояний с достоверным порогом для GWAS (р ≤ 5х10-8, оценка после нормирования на число независимых мажорных аллельных вариантов среди индивидуумов европейского происхождения).

Только за несколько последних лет, как GWAS стали доступными в практике научных исследований, понимание этиологии процессов, провоцирующих развитие тех или иных физиологических состояний, поднялось на совершенно новый уровень. Это, несомненно, привело к новому витку внедрения генетических знаний в клиническую практику. Одна из главных причин, с другой стороны, лимитирующих трансляционный потенциал GWAS, то, что проводимые на настоящее время работы базируются на поиске ассоциаций с мажорными аллельными вариантами, которые неизменно оказывают умеренный или небольшой эффект на формирование всего комплекса характеристик (целостный фенотип). Прямое клиническое приложение результатов, полученных в ходе GWAS, дополнительно осложняется, методическими трудностями определения точных причинных вариантов (характеристика непрямого ассоциативного картирования), несмотря на существование рав-

новесий в изменениях, связанных с увеличением работ на разнообразных популяциях, делающих возможным межэтническое картирование. Появляющиеся работы, исследующие взаимодействия между генетическими факторами риска и окружающей средой, могут, вероятно, помочь сформировать подходы к управлению физиологическими мультифакториальными фенотипами. По всей видимости, со стартом новой эры следующего поколения ассоциативных исследований, поле интересов сдвинет фокус на изучение низкочастотных и редких вариантов, что должно произвести значительный эффект, так как минорные аллельные варианты могут быть более пенетрантны, и их роль может быть более удобна для интерпретации [23].

В настоящее время, широкогеномный обзор мажорных аллельных вариантов сопровождается данными, объясняющими биологию физиологических фенотипов на новом уровне. Прямое клиническое значение внедрения результатов

широкогеномных исследований, как и их непрямой трансляционный потенциал – значителен. Особенно хочется подчеркнуть актуальность внедрения результатов GWAS особенностей метаболизма ЛС в медицинскую практику.

Аспекты, требующие внимания при проведении GWAS:

1. Популяционная стратификация

При GWAS вопрос о популяционной стратификации (неоднородном составе популяций) возникает, если в основе возникновения популяции лежало интенсивное смешивание нескольких различных родовых популяций с различными превалирующими чертами (характеристиками) и различной популяционной частотой распределения ОНВ. Широко используется подход для оценки наличия популяционной стратификации основанный на вычислении λ (λGC) геномного контроля, которая определяется как медиана χ2 (с одной степенью свободы) ассоциативного статистического пересечения ОНВ разделенная на теоретическую медиану в случае недействительного распределения. Значения λGC ~ 1отражают отсутствие стратификации, тогда как λGC> 1, говорят о стратификации или других популяционных аномалиях, таких как нетрадиционная структура семей, близкородственные связи или другие отклонения. Для коррекции стратификации используются некоторые методы, по которым делают вывод о генетическом происхождении, такие как главный компонентный анализ или структурная ассоциация.

2. Репликация получаемых результатов Важно при GWAS следить за воспроизвод-

ством получаемых результатов, часто, достоверные результаты, полученные на образцах в

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1.Lander E.S., Linton L.M., Birren B., Nusbaum C., Zody M.C., Baldwin J. et al. Initial sequencing and analysis of the human genome // Nature. 2001 Feb; 409(6822): 860-921. DOI: 10.1038/35057062

2.Баранов В.С. Генетический паспорт – основа индивидуальной и предиктивной медицины. СПб: Издательство Н-Л. 2009. 528 с.

3.Hart J.R., Johnson M.D., Barton J.K. Single-nucleotide polymorphism discovery by targeted DNA photo cleavage

//PNAS. 2004. 39(101): 14040-14044. DOI: 10.1073/ pnas.0406169101

4. Kehrer-Sawatzki H, Cooper D N. Sequencing the Human Genome: Novel Insights into its Structure and Function // Nature. 2008. 429: 365-368. DOI: 10.1002/9780470015902.a0001899.pub3

5.Jimenez J.P., Botto A., Herrera L., Leighton C., Rossi J.L., Quevedo Y. et al. Psychotherapy and Genetic Neuroscience: An Emerging Dialog // Front Genet. 2018 Jul;

9:257. DOI: 10.3389/fgene.2018.00257

6.Sachidanandam R., Weissman D., Schmidt S.C.,

ходе одного GWAS, не повторяются в других аналогичных независимых исследованиях. Для оценки воспроизводства результатов используют следующий подход: разделяют образцы на когорты, одну когорту образцов используют в качестве анализируемой, другую – в качестве контрольной. Если результаты, полученные по двум когортам согласуются, говорят о воспроизводимости данных. Вероятно, результаты могут не воспроизводиться из-за ложноположительных результатов в наборе анализируемых данных, маленьком объеме образцов в наборе данных, выбранных в качестве контроля или других фальсифицирующих факторов, таких как популяционная стратификация. Если результаты не воспроизводятся, необходимо проводить контроль всех составляющих.

Другой путь подтверждения результатов ассоциативных исследований – сравнение с результатами, полученными ранее при исследовании ассоциаций на уровне кандидатных генов или при других GWAS. Если в ходе исследования встречаются ОНВ не анализируемые ранее, предлагается сравнивать результаты по ним с данными International Hap map project (www.hapmap.org).

3. Размер анализируемых данных Маленькая выборка анализируемых данных

может как приводить к ложным результатам, так и скрывать возможные достоверные отличия.

Тысячи GWAS исследований публикуются различными научными группами в течение года. Национальный Институт Исследования Человеческого Генома в США собирает информацию о GWAS из разных публикаций в одну общую базу данных, которая доступна всем по адресу http:// www.genome.gov/gwastudies/.

Kakol J.M., Stein L.D., Marth G. et al. A map of human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms // Nature. 2001 Feb; 409(6822): 928-33. DOI: 10.1038/35057149

7.Gardner R.S., Wahba A.J., Basilio C., Miller R.S., Lengyel P., Speyer J.F. Synthetic polynucleotides and the amino acid code. VII // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1962 Dec. 15;

48:2087-94. DOI:10.1073/pnas.48.12.2087

8.Gilbert W. Why genes in pieces? // Nature. 1978 Feb 9; 271(5645): 501. DOI: 10.1038/271501a0

9.Kotsopoulos J., Tworoger S.S., De Vivo I., Hankinson S.E., Hunter D.J., Willett W.C., Chen W.Y. +331G/A variant in the progesterone receptor gene, postmenopausal hormone use and risk of breast cancer // Int J Cancer. 2009 Oct 1; 125(7): 1685-91. DOI: 10.1002/ijc.24477

10.Butler M.G. Pharmacogenetics and Psychiatric Care: A review and commentary // J Ment Health Clin Psychol. 2018. 2(2): 17-24. DOI: 10.29245/2578-2959/2018/2.1120

11.Campion D.P., Dowell F.J. Translating Pharmacogenetics and Pharmacogenomics to the Clinic: Progress in Hu-

41

man and Veterinary Medicine // Front Vet Sci. 2019 Feb 11; 6:

22.DOI: 10.3389/fvets.2019.00022

12.Swen J.J., Huizinga T.W., Gelderblom H., de Vries E.G., Assendelft W.J., Kirchheiner J., Guchelaar H.J.

Translating pharmacogenomics: challenges on the road to the clinic // PLoS Med. 2007 Aug; 4(8): e209. DOI: 10.1371/ journal.pmed.0040209

13.Bishop J.R. Pharmacogenetics // Handb Clin Neurol. 2018; 147: 59-73. DOI: 10.1016/B978-0-444-63233- 3.00006-3

14.Caudle K.E., Dunnenberger H.M., Freimuth R.R., Peterson J.F., Burlison J.D., Whirl-Carrillo M. et al. Standardizing terms for clinical pharmacogenetic test results: consensus terms from the Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) // Genet Med. 2017 Feb; 19(2): 215-223. DOI: 10.1038/gim.2016.87.

15.Lakiotaki K., Kanterakis A., Kartsaki E., Katsila T., Patrinos G.P., Potamias G. Exploring public genomics data for population pharmacogenomics // PLOS ONE. 2017. 12(8): e0182138. DOI: 10.1371/journal.pone.0182138

16.Caudle K.E., Gammal R.S., Whirl-Carrillo M., Hoffman J.M., Relling M.V., Klein T.E. Evidence and resources to implement Pharmacogenetic Knowledge for Precision Medicine // Am J Health Syst Pharm. 2016. 73(23): 1977-1985. DOI: 10.2146/ajhp150977

17.Kalinin A.A., Higgins G.A., Reamaroon N., Soroushmehr S., Allyn-Feuer A., Dinov I.D. et al. Deep learning in pharmacogenomics: from gene regulation to patient stratification // Pharmacogenomics. 2018 May; 19(7): 629-650. DOI: 10.2217/pgs-2018-0008

18.Kennedy M.J. Personalized medicines – are pharmacists ready for the challenge? // Integr Pharm Res Pract. 2018 Sep 25; 7: 113-123. DOI: 10.2147/IPRP.S133083

19.Chaudhary K., Poirion O.B., Lu L., Garmire L.X. Deep Leaning based multi-omics integration robustly predicts survival in liver cancer // Clin Cancer Res. 2018. 24(6): 12481259. DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-17-0853

20.Manolio T.A. Genomewide association studies and assessment of the risk of disease // N Engl J Med. 2010 Jul 8; 363(2): 166-76. DOI: 10.1056/NEJMra0905980;

21.Середенин С.Б. Лекции по фармакогенетике. Медицинское информационное агентство. 2004. 304 с.

22.Насырова Р.Ф., Иванов М.В., Незнанов Н.Г. Введение в психофармакогенетику. СПб. Издательский центр СПб НИПНИ им. В.М. Бехтерева. 2015. 272 с.

23.Clarke G.M., Anderson C.A., Pettersson F.H., Cardon L.R., Morris A.P., Zondervan K.T. Basic statistical analysis in genetic case-control studies // Nat Protoc. 2011 Feb; 6(2): 121-33. DOI: 10.1038/nprot.2010.182.

Исследователи нередко уделяют недостаточно внимания вопросам научной терминологии и связанной с ней научной номенклатуры. Поэтому скоропалительная и во многом хаотичная незрелаятерминология и несистематизированная номенклатура должны время от времени подвергаться инвентаризации и пересмотру.В частности, такова ситуация с терминологией и номенклатурой последовательностей ДНК, РНК и белков.Коллективы ведущих экспертов в области генетики, геномики и медициныпод эгидойОбщества по изучению вариаций генома человека (Human Genome Variation Society, HGVS), проекта «Вариом человека» (HumanVariomeProject, HVP), организации «Геном человека» (HumanGenomeOrganisation, HUGO) провели (и продолжают) большуюмноголетнюю работу в этом направлении, и ее результаты в виде рекомендаций представлены на сайте Общества, который постоянно обновляется [1], и в публикациях den Dunnenи соавт. [2,3,4]. Для продвижения рекомендаций была инициирована страница в Facebook, где на регулярной основе обсуждаются животрепещущие вопросы по этой теме[5].

Прежде всего авторы призывают и предостерегают: Следуйте данным рекомендациям. В случае, если вы с чем-то не согласны, инициируйте обсуждение. Не пытайтесь использовать свои частные правила, не согласовав со специалистами. Иначе это приведет к путанице.

В отечественной литературе опубликовано краткое изложение обсуждаемой номенклатуры [6].

Терминология. Основные нововведения

Впредь не рекомендуется использовать термины «полиморфизм» и «мутация», поскольку оба они имеют неточные и противоречивые значения и толкования (интерпретации) в научном и бытовом обиходе. Слово «полиморфизм» создает путаницу хотя бы потому, что одни исследователи так называют варианты последовательности, которые не являются причиной болезни, тогда как другие относят его к вариантам, которые встречаются в популяции с частотой 1% и выше.

Если не знаешь названий, то теряется и познание вещей. Карл Линней

Удачные термины могут способствовать развитию науки, а неудачные – тормозить его.

С.В. Гринев

В последнем случае,очевидно,подразумевается, что вариант с (популяционной) частотой ниже 1% – это якобы «мутация», а с частотой выше 1% – это «полиморфизм». Никакие количественные барьеры (границы) не должны фигурировать в подобных определениях, потому что для них нет никаких строго научных аргументов. Выбор популяционной частоты 1% в качестве границы – полнейший и недопустимый произвол. Почему не 0,1% или еще какая-то малая величина?

Мутация есть генетическое наследуемое новообразование,т.е. вариантпоследовательности, который отсутствовал у родительских клеток или организмов.

Генетический полиморфизм есть явление. Заключается оно в наличии (сосуществовании) двух и более различающихся вариантов генов (аллелей) в популяции.

Большинство мутаций являются редкими событиями, происходящими примерно одна на миллион нуклеотидов на геном на поколение (генерацию). Поэтому очевидно, что некорректно называть аллель мутацией только на том основании, что ее популяционная частота низка (ниже 1%), это ничем не оправданный и вводящий в недоразумение произвол.

Мутации являются материалом для генетического полиморфизма, который является результатом их закрепления в последующих поколениях уже в виде аллелей с самыми различными популяционными частотами. Очевидно, что некорректно словом «полиморфизм» обозначать (один)вариант последовательности ДНК и тем более употреблять его во множественном числе («полиморфизмы»). См., например, Karkiи соавт. (2015) [7].

В медицинской генетике (геномике) слово «мутация» используют неоднозначно: для обозначения как «изменения», так и «изменения, вызывающего болезнь». Кроме того, «мутация» несет негативную коннотацию, тогда как термин «вариант», по крайней мерев беседах врачей с пациентами,несет скорее положительный смысл, дедраматизируя последствия многих, в значительной степени недостаточно охарактеризованных генетических изменений.

Поэтому HGVSрекомендует использовать только нейтральные термины, такие как «вариант», «изменение» и «альтерация» (variant, change, alteration).

Общие рекомендации

Все варианты следует описывать на самом базовом уровне – уровне ДНК. Описания на уровне РНК и/или белка можно приводить дополнительно. Описания должны четко указывать, было ли изменение определено экспериментально или оно выведено теоретически путем прогнозирования последствий в описаниях скобок на уровне РНК/белка: следует описывать изменения, наблюдаемые на этом уровне (РНК/белок), а не пытаться включить какие-либо знания об изменении на уровне ДНК(рис. 1).

Рекомендации по описанию вариантов

последовательностей ДНК

Во избежание неопределенности при описании вариантов последовательностей ДНК не используйте слова «мутация», «полиморфизм», «патогенный», SNP.Используйте более нейтральные термины.

Вариант последовательности:

• SNV – однонуклеотидный вариант (а не SNP – однонуклеотидный полиморфизм, «снип»).

• CNV – вариант числа копий.

• Вариант, несвязанный с заболеванием (а не «полиморфизм»).

• Вариант, связанный с заболеванием (а не «мутация»).

Основные требования к номенклатуре

Она должна быть:

• стабильной;

• осмысленной;

• запоминающейся;

• недвусмысленной.

Основные термины и понятия

Аллель – вариант последовательности в одной хромосоме.

Замена – изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью один нуклеотид заменяется другим нуклеотидом.

Делеция – изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью удалены (отсутствуют) один или несколько нуклеотидов.

Инверсия – изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью более чем один нуклеотид, заменяющие исходную последовательность являются обращенным (перевернутым) дополнением (комплементом) к исходной последовательности.

Дупликация– изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью копия одного или нескольких нуклеотидов добавлена непосредственно к 3’-позиции исходной копии этой последовательности. По определению, термин дупликация можно использовать только тогда, когда дополнительная копия является прямым 3’-фланкированием оригинальной копии («тандемная дупликация»).

Инвертированная дупликация описывается как инсерция (g.234_235ins123_234inv), а не как дупликация.

Из всех возможных описаний данному изменению произвольно назначается максимально возможная 3’-позиция (3’-правило).

Конверсия – изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью фрагмент нуклеотидной последовательности заменяется на последовательность из других мест генома.

Инсерция – изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью вставлены один или несколько нуклеотидов и вставка не является копией последовательности, прилегающей непосредственно к 5’-положению

Делеция-инсерция (индел, делин) – изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью один или несколько нуклеотидов заменяются на один или несколько других нуклеотидов и которое не является заменой, инверсией или конверсией.

Комплексное изменение – изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью наблюдаетсяряд изменений, которые не могут быть описаны как один из базовых типов вариантов (замена, делеция, дупликация, инсерция, конверсия, или повтор).

Рекомендации по белкам

Экстенсия(расширение) – изменение белковой последовательности, при котором аминокислотная последовательность на N- или С-конце расширяется (удлиняется) на одну или несколько аминокислот.

Фреймшифт – изменение последовательности на участке между инициирующим кодоном и терминирующим стоп-кодоном, при котором по сравнению с референсной последовательностью происходит сдвиг рамки считывания.

Повторяющаяся последовательность (повтор) – последовательность, в которой по сравнению с референсной последовательностью сегмент, состоящий из одного или нескольких нуклеотидов (повторяющаяся единица), повторен (присутствует) несколько раз один за другим.

Другие варианты

Химерный–появление у одного человека двух или более клеточных популяций, полученных из дивергированныхзигот, с чередующимися последовательностями.

Мозаичный–появление у одного человека двух или более клеточных популяций, полученных из одной зиготы, с различными последовательностями.

Без изменений–последовательность, которая была проанализирована, но ни один вариант не был обнаружен.

Рекомендации по РНК

Вариант сплайсинга

Сплайсинг–изменение последовательности, при котором по сравнению с референсной последовательностью видоизменен (преобразован, извращен, перестроен) нормальный паттерн сплайсинга РНК.

Референсные последовательности – файл (архив) последовательностей, который используется в качестве референсного для описания вариантов, присутствующих в анализируемой последовательности.

Референсная последовательность ДНК

В качестве референсных принимаются только утвержденные форматы последовательности ДНК из общедоступных баз данных в NCBI или EBI: NC_ # (например, NC_000023.10), LRG_

# (например, LRG_199, LRG_199t1), NG_ # (например, NG_012232.1), NM_ # (например, NM_004006.2), NR_ # (например, NR_002196.1) и NP_ # (например, NP_003997.1).

При диагностических применениях можно дополнительно использовать локусную геномную последовательность из базы данных LRG (LocusReferenceGenomicsequence)например LRG_199 (http://www.lrgsequence.org/). Не следует использовать неутвержденные (ожидающие рассмотрения – “pending”) LRG, поскольку они могут измениться до утверждения.

Спецификации к конкретному аннотированному сегменту референсной последовательности могут быть даны в круглых скобках. Например, референсная последовательность NG_012232.1 (NM_004006.2) указывает, что описываемый вариант основан на референсной последовательности кодирующей ДНК NM_004006.2, аннотированной в NG_012232.1.

Идентификатор файла референсной последовательности должен содержать как регистрационный номер, так и номер версии. Например: NG_012232.1. Референсные последовательности LRG не содержат номер версии (например, LRG_199).

Символ «:» (двоеточие) используется в качестве разделителя между идентификатором файла референсной последовательности (accession. version number) и фактическим описанием варианта, например: NC_000011.9: g.12345611G>А. Рекомендуется использовать референснуюгеномную последовательность, основанную на текущей сборке генома, например NC_000023.10 (для Homo sapiens хромосомы X, сборка GRCh37/ hg19).

Референсные геномные последовательности включают также митохондриальную последовательность, последовательности хлоропластов, плазмидную последовательность, вирусную и т.д.

Используйте официальные символы генов. В качестве референсной последовательности используйте последовательность, полностью покрывающую геном, и наиболее длинный транскрипт, преимущественно LRG. Например,LRG_123. Указывайте номер доступной версии, например e.g. NM_012654.3.

Референсная геномная последовательность должна включать все известные экзоны и охватывать все известные транскрипты. Для облегчения описания вариантов в непосредственных фланкирующих областях гена (например, в области промотора) она должна содержать несколько тысяч пар нуклеотидов (т.п.н., «килобаз») с 5’-конца вверх по течению (рекомендуется 5 т.п.н.) и с 3’-конца вниз по течению (рекомендуется 2 т.п.н.). Когда полная референсная последовательность генома недоступна, следует использовать кодирующую референсную последовательность ДНК.

Используйте префиксы (с точками) для указания типа референсной последовательности. Указывайте тип референсной последовательности. Каждый специфический символ следует использовать только для одной цели (табл. 1).

45

Нумерация остатков

Нумерация остатков (нуклеотидов или аминокислот) по отношению к референсной последовательности должна следовать утвержденной схеме. Начинать следует с 1. В геномной ДНК 1 – первый нуклеотид в архиве (файле). В кодирующей ДНК номер 1 дается нуклеотиду А инициирующего кодона ATG(рис. 1). Для интронов следует сверяться с геномной референсной последовательностью.

3’-правило: при описании любого изменения из всех возможных положений в референсной последовательности произвольно выбирается 3’-положение.3’-правило применяется ко всем описаниям данного варианта (геном, ген, транскрипт и белок).3’-правило применяется также при описании изменений в повторениях (продлениях) одиночных остатков и в тандемных повторах (нуклеотидных или аминокислотных). Например, изменение TTT на TT описывается как g.3del (а не g.1del или g.2del). Это является следствием применения 3’-правила к предсказанной дупликации. Исключение:делеция или дупликация в области стыковки (слияния) экзона с экзоном при использовании c., r. или n.

Когда ген расположен на минусовой цепи, местоположение варианта нуклеотида может отличаться при описании на основе геномной или кодирующей эталонной последовательности ДНК. Согласно 3’-правилу NC_000023.10: g.2019099del описывает мононуклеотидную делецию Т в гене DMD. На противоположной цепи NC_000023.10: g.2019099 привязан к нуклеотиду NR_002196.2: n.7. Однако, применяя 3’-правило на основе кодирующей эталонной последовательности ДНК, этот вариант следует описывать как NR_002196.2: n.7del (с привязкой к NC_000023.10: g.20190955).

Очевидно, что в научных текстах на русском языке не следует использовать кириллицу для обозначе-

ния нуклеотидных и аминокислотных остатков.

Референсная последовательность РНК

Предпочтительной референсной последовательностью РНК является LRG [9].

Когда на основе геномной референсной последовательности сообщается о вариантах с использованием префикса «r», следует указать используемый вариант транскрипта. Для LRG аннотированный вариант транскрипта обозначается описывается как t1, например LRG_199t1:r.11u>g. Для референсных последовательностей NC_ или NG_ используемый аннотированный транскрипт указывается непосредственно в скобках послерегистрационного номера, и номера версии. Например, NC_000023.10(NM_004006.2): r.357_358ins357 + 1_357 + 12 илиNG_012232.1(NM_004006.2): r.357_358ins357+1_357+12.

Нумерация нуклеотидов для референсной последовательности РНК соответствует нумерации ассоциированной кодирующей или некодирующей референсной последовательности ДНК. Например, нуклеотид r.123 относится к c.123 или n.123.

Кодирующая эталонная последовательность ДНК не содержит интронных последовательностей и поэтому не может использоваться для описания вариантов, влияющих на интронные последовательности.Референсная последовательность РНК включает весь транскрипт, исключая поли-А концы.

Референсная белковая последовательность

Предпочтительной референсной последова-

тельностью белка является LRG[9]. Референсная последовательность белка долж-

на точно соответствовать используемой эталонной последовательности ДНК и РНК. Когда на основе геномной эталонной последовательности

сообщается о вариантах с использованием префикса «p.», то следует указывать референсную изоформу белка. Для LRG аннотированная изоформа белка 1 описывается как p1, например, LRG_199p1:p.(Val25Gly).

Референсная последовательность белка должна представлять собой первичный продукт трансляции, а не процессированный зрелый белок, т.е. она должна включать исходный инициирующий метионин, любые сигнальные пептидные последовательности и т.п.

При описании белковых вариантов рекоменду ется использовать трехбуквенный код для амино

кислот. Названия нескольких аминокислот начинаются с одной и той же буквы (Ala, Arg, Asn, Asp начинаются с A;Gln, Glu, Gly с G;Leu, Lys с L;Phe, Pro с P;Thr, Tyr с T). В однобуквенном коде эти буквы используются только один раз, его трудно запомнить, и это часто приводит к ошибкам. Поэтому для аминокислот рекомендуется использовать их трехбуквенные сокращённые названия.

Базовые элементы гена, его продуктов и их названия приведены на рисунке.

Основные используемые символы и операторы

В номенклатуре HGVS каждый символ имеет строгоопределенное значение(табл. 2 и 3).

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Sequence Variant Nomenclature. Varnomen.hgvs. org. http://varnomen.hgvs.org/ Published 2019. Accessed September 8, 2019.

2. den Dunnen J.T., Dalgleish R., Maglott D.R., Hart R.K., Greenblatt M.S., McGowan-Jordan J. et al. HGVS Recommendations for the description of sequence variants: 2016 Update // Hum Mutat. 2016;37(6): 564-9. doi:10.1002/ humu.22981.

3. den Dunnen, J.T. Sequence variant descriptions: HGVS nomenclature and Mutalyzer // Curr. Protoc. Hum. Genet. 2016; 90 (1): 7-13. doi:10.1002/cphg.2.

4. den Dunnen J.T. Describing sequence variants using HGVS nomenclature // Methods Mol Biol. 2017;1492:243-251.doi:10.1007/978-1-4939-6442- 0_17.

5. HGVS. Facebook.com. https://www.facebook.com/ HGVSmutnomen. Published 2019. Accessed September 8, 2019.

6. Пушков А.А., Савостьянов К.В., Никитин А.Г. Краткие рекомендации по подготовке рукописей, содержащих информацию о результатах молекулярно-генетиче- ских исследований // Вопросы современной педиатрии. 2018.№ 17(5).C. 364-366. doi:10.15690/vsp.v17i5.1951.

7. Karki R., Pandya D., Elston R.C., Ferlini C. Defining “mutation” and “polymorphism” in the era of personal genomics // BMC Medical Genomics. 2015; 8(1):37. doi:10.1186/s12920-015-0115-z.

8. Sequence variant descriptions - Community Consultation 002a. Hgvs.org. http://www.hgvs.org/mutnomen/accepted002.html. Published 2019. Accessed September 8, 2019.

9. Genomic Locus Reference Genomic – LRG sequences provide a stable genomic DNA framework for reporting variants with a permanent ID and core content that never changes. Lrg-sequence.org. http://www.lrg-sequence.org/. Published 2019. Accessed September 8, 2019.