Взяв клинику в свои руки и желая поставить ее так, чтобы она могла совершенно отвечать современным требованиям изучения клинической медицины, Боткин немедленно устроил при ней лабораторию для того, чтобы дать самое широкое применение клиническому опыту как в видах более совершенного образования молодежи, так и для разработки множества еще не исследованных наукою вопросов, беспрестанно возникавших в нем самом при преподавании. Это было нововведение, какое до Боткина не имела ни одна европейская клиника. Вторым его делом было учреждение при клинике амбулатории— приема приходящих больных два раза в неделю, достигшего вскоре огромных размеров и послужившего новой, дополнительной школой для практического образования будущих врачей, а для Боткина — источником новых наблюдений. Только что закончив с лекцией и с обходом палатных больных, он переходил в амбулаторию, где его ассистенты и помощники из студентов обследовали больных и в сомнительных случаях обращались к нему за разъяснением или проверкой, причем он часто должен был прочитывать чуть не целые лекции по поводу этих случайных, но поучительных в каком-нибудь отношении больных.

Боткин на обходе в клинике, 1980-е

В первые же десять лет из его клиники вышла целая фаланга молодых профессоров, занявших места клиницистов в провинциальных университетах: Виноградов — в Казани, Покровский — в Киеве, Лашкевич — в Харькове, Попов — в Варшаве, не говоря уже о том, что в самой академии большая часть клиник перешла в руки его бывших ассистентов. Такими были Манассеин, Чудновский, Полотебнов, Пруссак, Успенский, Кошлаков и другие. Все они составили так называемую “боткинскую школу” и, усвоив метод боткинского тщательного, разностороннего исследования больных, а также приучившись к лабораторным исследованиям, с большим или меньшим успехом самостоятельно развивали выводы экспериментальной медицины дальше и продолжали начатое Боткиным дело — поддерживать медицинское образование в России на уровне современной европейской науки.

Боткин на приеме в амбулатории

«Когда же наконец придёт время, что не нужно будет плакать о том, что день сделан не из 40 часов? Ведь если бы ещё страдал деньголюбием, честолюбием, славолюбием — клянусь честью, что плюю на всё, что может успокоить припадки этих человеческих болезней… тружусь как последний подёнщик. Лето всё ухнуло в составлении рефератов, в подготовке к лекциям да в приёмах больных, что

прикажешь делать?» - писал Боткин в одном из своих писем Н.А.Белоголовому

интересных клинических наблюдений, одно из которых демонстрирует, что при прохождении камня через желчные протоки верхние и нижние конечности холодеют, кожа груди становится горячей, и температура в подмышечной впадине повышается до 40°С.

В 1865 году С. П. Боткин выступил инициатором создания эпидемиологического общества, целью которого была борьба с распространением эпидемических заболеваний. Общество было малочисленным, но деятельным, его печатным органом был «Эпидемический листок». В рамках работы общества Боткин изучал эпидемию чумы, холеры, тифов, натуральной оспы, дифтерии и скарлатины. Наблюдая заболевания печени, протекающие с высокой температурой, С. П. Боткин впервые описал болезнь, которую до него считали желудочно- кишечным катаром с механической задержкой жёлчи. Заболевание это проявлялось не только желтухой, но и увеличением селезёнки, иногда заболеванием почек. Болезнь, как указывал С. П. Боткин, тянется несколько недель, в дальнейшем может привести к тяжелейшему осложнению — циррозу печени. Отыскивая причины болезни, С. П. Боткин пришёл к выводу, что источником заражения служат загрязнённые пищевые продукты. Этот вид катаральной желтухи он отнес к инфекционным болезням, что и было подтверждено в дальнейшем (болезнь Боткина, вирусный гепатит А).

Боткин стоял у истоков женского медицинского образования в России. В 1874 году он организовал школу фельдшериц, а в 1876 году — «Женские врачебные курсы». В 1866 году Боткин был назначен членом Медицинского совета министерства внутренних дел. Активная жизненная позиция, интерес к общественной деятельности позволили врачебной общественности избрать С. П. Боткина в 1878 году председателем Общества русских врачей, которым он руководил до кончины. Одновременно с этим он являлся членом главного управления Общества попечения о раненых и больных воинах, гласным Петербургской думы и заместителем председателя Комиссии общественного здравия Санкт-Петербурга. Известность и врачебный талант сыграли своё дело, и С. П. Боткин стал первым в истории этническим русским лейб-медиком семьи самого императора (до этого этнически русские лейб-медики были лечащими врачами только других членов императорской фамилии). С. П. Боткин положил начало санитарным организациям в Санкт-Петербурге. С первых лет существования Александровской барачной больницы становится её попечителем по врачебной части (отсюда и название, употребляемое в Санкт-Петербурге — Боткинские бараки - ныне клиническая инфекционная больница им. С. П. Боткина). Во многом именно благодаря деятельности С. П. Боткина появилась первая санитарная карета, как прообраз будущей "Скорой помощи«.

Боткинская больница в первоначальном барачном стиле. Открыта в апреле 1882 года