- •1. Геномы основных групп организмов: размеры, число генов и их организация. Взаимосвязь организации генома со сложностью организма и особенностями базовых молекулярно-биологических процессов.
- •2. Организация хромосом различных организмов.
- •7. Вилка репликации днк: ферменты и их свойства.
- •8. Стадии репликации.
- •9. Механизм репликации у e.Coli.
- •10. Особенности репликации у эукариот. Ori у дрожжей, их структурно-функциональная организация. Принципы контроля инициации репликации днк эукариот.
- •11. Синтез теломер.
- •12. Повреждения днк в клетке.
- •13. Прямая репарация оснований.
- •14.Механизмы эксцизионной репарации днк (эксцизия нуклеотидов, оснований).
- •15. Репарация ошибок репликации днк (мисмэтч репарация).
- •17.Роль рекомбинационных процессов в репарации повреждений днк. Арест, реверсия и рестарт репликационной вилки.
- •19.Основные типы мобильных генетических элементов эукариот: структура, гены и их продукты.
- •20.Механизм транспозиции ретровирусоподобных ретротранспозонов.
- •21. Общая, или гомологичная, рекомбинация.
- •22.Рекомбинация у бактерий.
- •24.Сайтспецифическая рекомбинация. Молекулярный механизм действия рекомбиназ. Интеграция фага 1 Типы хромосомных перестроек,mосуществляемых при сайтспецифической рекомбинации.
- •26.Промотор прокариот и механизм его распознавания рнк-полимеразой. Альтернативные s-факторы(этого калла нет, но есть не s факторы а сигма, что и описаны ниже). Стадии транскрипционного цикла.
- •27.Промоторы эукариот: размеры, положение, структура и механизм
- •28.Регуляция процесса транскрипции прокариот. Лактозный и триптофановый опероны. Про опероны (изучите как они работают в различных ситуациях, здесь такого нет!!!!)
- •29. Нематричный синтез рнк.
- •30. Информационная рнк, ее структура и функциональные участки, различия у про-и эукариот. Модификация 5'- и 3'-концов транскриптов и ее значение.
- •31. Интроны. Особенности структуры и механизмы сплайсинга. Аутосплайсинг.
- •32. Сплайсинг пре-тРнк.
- •34. Транс-сплайсинг и альтернативный сплайсинг: механизмы, роль, распространение, примеры.
- •35. Процессинг тРнк
- •37. Транспортные рнк: первичная, вторичная и третичная структура, роль модифицированных нуклеотидов.
- •38. Аминоацилирование тРнк. Аминоацил-тРнк-синтетазы, их структура и механизм действия. Специфичность аминоацилирования, механизмы ее контроля.
- •41. Последовательность событий при инициации трансляции эукариот. Белковые факторы, взаимодействующие с рибосомой и с мРнк.
- •42. Механизм элонгации полипептидной цепи в процессе трансляции.
- •44. Ингибиторы синтеза белка
- •45. Молекулярные шапероны семейства Hsp60. Рабочий цикл шаперонина GroEls
- •46. Классы генов теплового шока у b. Subtilis. Рабочий цикл шаперонного комплекса DnaKj-GrpE
- •47. Деградация белка: атф-зависимые протеазы прокариот и 26s-протеасома эукариот. Насчет атф-зависимые протеазы не точно!!!
- •48. Механизм распознавания аномальных белков. Система убиквитинирования белков эукариот
- •49. Секреция белков прокариот: Sec-аппарат и сигнальный пептид (лекция)
- •50. Принципы распределения белков по компартментам клетки эукариот.
- •51. Транспорт белков в митохондрии и хлоропласты, контроль локализации белков внутри этих органелл.
- •52. Устройство и принципы действия бактериальных систем секреции белков.
- •53. Котрансляционная транслокация белка в полость эндоплазматического ретикулума. Srp-частица и ее рецептор.
- •54. Механизм транспорта белков через ядерные поры.
- •5 5. Структура белков-регуляторов транскрипции и механизм их взаимодействия с днк.
- •56. Сенсорные механизмы бактерий. Двухкомпонентные регуляторные системы: принцип действия и примеры. Сигнальные каскады у бактерий.
- •59. Сенсорные механизмы эукариот. Общие принципы детекции и передачи сигнала. Сигнальный путь jak-stat.
- •60.Типы рецепторных протеинкиназ. Механизмы их активации и дальнейшей передачи сигнала. Контроль специфичности сигнализации. Сигнальный путь Ras/mapk в клетка млекопитающих.
- •61.Регуляция экспрессии генов на уровне организации днк. Регуляция активности генов обусловленная метилированием днк
- •62.Регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции. Ответ говно выучить надо когда выйчишь лактозный и триптофановый оперон
- •63.Регуляция экспрессии генов на уровне созревания рнк. Регуляция экспрессии генов на уровне трансляции.
- •Редактирование рнк
59. Сенсорные механизмы эукариот. Общие принципы детекции и передачи сигнала. Сигнальный путь jak-stat.
Сенсорные механизмы эукариот являются важной частью клеточного ответа на различные стимулы из окружающей среды. Они позволяют клетке реагировать на изменения внешней среды и внутренние сигналы, обеспечивая адаптацию и выживание организма.
В качестве компонентов сигнальных путей эукариот выступают:
1) Рецептор, воспринимающий экстраклеточный сигнал и запускающий каскадный сигнальный механизм внутри клетки.
2) G-белки − особые сигнальные молекулы, обладающие GTPазной активностью.
-гетеротримерные («большие»);
-«малые».
3) Вторичные мессенджеры − низкомолекулярные органические соединения или ионы, способные обеспечивать дальнейшую передачу сигнала путем аллостерической регуляции.
Общие принципы детекции и передачи сигнала включают в себя:
1. Рецепторы: Клеточные рецепторы играют ключевую роль в детекции сигналов (Детектирование сигналов – это избирательное выделение сенсорным нейроном того или иного признака раздражителя, имеющего поведенческое значение). Они могут быть мембранными белками, причастными к передаче внешних сигналов внутрь клетки, или внутриклеточными рецепторами, способными связываться с молекулярными сигналами внутри клетки.
2. Трансдукция сигнала: После связывания с рецептором, сигнал должен быть передан внутрь клетки. Это может происходить через различные механизмы, включая активацию ферментов, изменение конформации белков, активацию вторичных мессенджеров и т.д.
3. Интеграция сигнала: Клетка может интегрировать несколько сигналов, поступающих одновременно, и принимать решение об ответе на основе этих сигналов.
4. Клеточный ответ: В результате детекции и передачи сигнала клетка производит специфический ответ, который может включать изменение метаболизма, генетическую экспрессию, цитоскелет и другие клеточные процессы.
Примеры сенсорных механизмов и их передачи сигнала включают в себя рецепторы для гормонов, рецепторы для внешних сигналов (например, факторы роста или цитокины), механорецепторы, рецепторы для света, вкуса и запаха, а также рецепторы для тепла и холода. Каждый из этих механизмов имеет специфические характеристики и способы передачи сигнала, но они все следуют общим принципам детекции и передачи сигнала в клетке.
JAK/STAT путь представляет собой относительно простой и консервативный каксад реакций, осуществляющих передачу сигнала у многоклеточных животных. После связывания лиганда рецепторы димеризуются и активируют молекулы JAK-киназы.. JAK-киназы также фосфорилируют субъединицы рецептора по остаткам тирозина. Далее комплекс “JAK–рецептор” фосфорилирует основную мишень – транскрипционные факторы STAT. Фосфорилированные молекулы STAT димеризуются и транспортируются в ядро, где связываются с соответствующими регуляторными последовательностями генов и запускают их транскрипцию
60.Типы рецепторных протеинкиназ. Механизмы их активации и дальнейшей передачи сигнала. Контроль специфичности сигнализации. Сигнальный путь Ras/mapk в клетка млекопитающих.
Рецепторные протеинкиназы (RPK) - это тип рецепторов, представляющих собой ферменты, которые имеют способность каталитически фосфорилировать другие белки. Они играют важную роль в передаче сигнала извне клетки и регуляции различных клеточных процессов, таких как рост, пролиферация, дифференциация и выживание клеток.
Серин-треониновые протеинкиназы фосфорилируют гидроксильную группу в остатках серина или треонина.
Тирозиновые протеинкиназы — ферменты, которые переносят фосфатную группу от АТФ на остаток аминокислоты тирозина в белке.
Механизм активации и дальнейшей передачи сигнала RPК обычно включает следующие этапы:
1. Лигандосвязывание: Лиганд, такой как гормон или фактор роста, связывается со внешним доменом RPK и вызывает конформационные изменения, которые активируют каталитический домен фермента.
2. Трансфосфорилирование: Активированный RPK фосфорилирует себя (автофосфорилируется) на тирозиновых остатках.
3. Активация трансдукции: Фосфорилированный RPK служит как сайт связывания для различных фосфорил-адаптерных белков, которые могут активировать различные пути сигнализации, включая каскады митоген-активированных протеинкиназ (MAPK) и фосфатидил-инозитол-3-киназу (PI3K).
4. Сигнальная каскада: Активированные трансдукторы позволяют дальнейшую фосфорилировку и активацию целевых белков, что приводит к клеточному ответу, такому как активация генов или изменение метаболизма.
Контроль специфичности сигнализации RPК может быть осуществлен через несколько механизмов, таких как:
- Регулирование экспрессии рецепторов на поверхности клеток.
- Регулирование доступности лигандов для связывания с рецепторами.
- Модуляция активности ферментных центров RPK и их взаимодействия с другими белками.
- Регулирование активности трансдукторов и фосфатаз, которые участвуют в передаче сигнала.
Процесс активации сигнального пути Ras/MAPK начинается с воздействия внешних сигналов, таких как факторы роста, на клеточные рецепторы. Когда фактор роста связывается с рецептором на клеточной мембране, происходит активация рецептора, что приводит к активации белкового комплекса, включая рецептор и Ras-ассоциированный гуанилат-экспрессирующий белок. В результате этого Ras активируется, переходя из неактивного состояния, связанного с гуанин-дифосфатом (GDP), в активное состояние, связанное с гуанин-трифосфатом (GTP).
Активированный Ras затем активирует каскад Митоген-активированной протеинкиназы (MAPK), который включает несколько последовательных ферментных реакций. MAPK каскад состоит из трех ключевых ферментов: MAPK (также известной как ERK), MAPK-киназа (MAPKK, или MEK) и MAPKK-киназа (MAPKKK, или Raf). Активированный Ras активирует Raf, которая, в свою очередь, активирует MAPKK (MEK), и MEK затем фосфорилирует и активирует MAPK (ERK). Активированный ERK переходит в ядро клетки, где фосфорилирует различные транскрипционные факторы, что в свою очередь регулирует экспрессию генов, включенных в клеточный рост и пролиферацию.