- •1. Геномы основных групп организмов: размеры, число генов и их организация. Взаимосвязь организации генома со сложностью организма и особенностями базовых молекулярно-биологических процессов.
- •2. Организация хромосом различных организмов.
- •7. Вилка репликации днк: ферменты и их свойства.
- •8. Стадии репликации.
- •9. Механизм репликации у e.Coli.
- •10. Особенности репликации у эукариот. Ori у дрожжей, их структурно-функциональная организация. Принципы контроля инициации репликации днк эукариот.
- •11. Синтез теломер.
- •12. Повреждения днк в клетке.
- •13. Прямая репарация оснований.
- •14.Механизмы эксцизионной репарации днк (эксцизия нуклеотидов, оснований).
- •15. Репарация ошибок репликации днк (мисмэтч репарация).
- •17.Роль рекомбинационных процессов в репарации повреждений днк. Арест, реверсия и рестарт репликационной вилки.
- •19.Основные типы мобильных генетических элементов эукариот: структура, гены и их продукты.
- •20.Механизм транспозиции ретровирусоподобных ретротранспозонов.
- •21. Общая, или гомологичная, рекомбинация.
- •22.Рекомбинация у бактерий.
- •24.Сайтспецифическая рекомбинация. Молекулярный механизм действия рекомбиназ. Интеграция фага 1 Типы хромосомных перестроек,mосуществляемых при сайтспецифической рекомбинации.
- •26.Промотор прокариот и механизм его распознавания рнк-полимеразой. Альтернативные s-факторы(этого калла нет, но есть не s факторы а сигма, что и описаны ниже). Стадии транскрипционного цикла.
- •27.Промоторы эукариот: размеры, положение, структура и механизм
- •28.Регуляция процесса транскрипции прокариот. Лактозный и триптофановый опероны. Про опероны (изучите как они работают в различных ситуациях, здесь такого нет!!!!)
- •29. Нематричный синтез рнк.
- •30. Информационная рнк, ее структура и функциональные участки, различия у про-и эукариот. Модификация 5'- и 3'-концов транскриптов и ее значение.
- •31. Интроны. Особенности структуры и механизмы сплайсинга. Аутосплайсинг.
- •32. Сплайсинг пре-тРнк.
- •34. Транс-сплайсинг и альтернативный сплайсинг: механизмы, роль, распространение, примеры.
- •35. Процессинг тРнк
- •37. Транспортные рнк: первичная, вторичная и третичная структура, роль модифицированных нуклеотидов.
- •38. Аминоацилирование тРнк. Аминоацил-тРнк-синтетазы, их структура и механизм действия. Специфичность аминоацилирования, механизмы ее контроля.
- •41. Последовательность событий при инициации трансляции эукариот. Белковые факторы, взаимодействующие с рибосомой и с мРнк.
- •42. Механизм элонгации полипептидной цепи в процессе трансляции.
- •44. Ингибиторы синтеза белка
- •45. Молекулярные шапероны семейства Hsp60. Рабочий цикл шаперонина GroEls
- •46. Классы генов теплового шока у b. Subtilis. Рабочий цикл шаперонного комплекса DnaKj-GrpE
- •47. Деградация белка: атф-зависимые протеазы прокариот и 26s-протеасома эукариот. Насчет атф-зависимые протеазы не точно!!!
- •48. Механизм распознавания аномальных белков. Система убиквитинирования белков эукариот
- •49. Секреция белков прокариот: Sec-аппарат и сигнальный пептид (лекция)
- •50. Принципы распределения белков по компартментам клетки эукариот.
- •51. Транспорт белков в митохондрии и хлоропласты, контроль локализации белков внутри этих органелл.
- •52. Устройство и принципы действия бактериальных систем секреции белков.
- •53. Котрансляционная транслокация белка в полость эндоплазматического ретикулума. Srp-частица и ее рецептор.
- •54. Механизм транспорта белков через ядерные поры.
- •5 5. Структура белков-регуляторов транскрипции и механизм их взаимодействия с днк.
- •56. Сенсорные механизмы бактерий. Двухкомпонентные регуляторные системы: принцип действия и примеры. Сигнальные каскады у бактерий.
- •59. Сенсорные механизмы эукариот. Общие принципы детекции и передачи сигнала. Сигнальный путь jak-stat.
- •60.Типы рецепторных протеинкиназ. Механизмы их активации и дальнейшей передачи сигнала. Контроль специфичности сигнализации. Сигнальный путь Ras/mapk в клетка млекопитающих.
- •61.Регуляция экспрессии генов на уровне организации днк. Регуляция активности генов обусловленная метилированием днк
- •62.Регуляция экспрессии генов на уровне транскрипции. Ответ говно выучить надо когда выйчишь лактозный и триптофановый оперон
- •63.Регуляция экспрессии генов на уровне созревания рнк. Регуляция экспрессии генов на уровне трансляции.
- •Редактирование рнк
41. Последовательность событий при инициации трансляции эукариот. Белковые факторы, взаимодействующие с рибосомой и с мРнк.
Инициирующими аминоацил-тРНК у эукариот является метионил-тРНК (мет-тРНК).
У эукариот для инициации синтеза белка используется специальная инициирующая мет-тРНКмет.
Инициация трансляции начинается с присоединения к малой субъединице рибосомы иРНК и первой аминоацил-тРНК, антикодон которой комплементарен инициирующему кодону АУГ. Комплементарное взаимодействие актикодона инициирующей аминоацил-тРНК с инициирующим кодоном АУГ (у бактерий таким кодоном иногда является ГУГ) определяет правильную рамку считывания полинуклеотидной последовательности иРНК
После образования комплекса, состоящего из малой субъединицы рибосомы, иРНК и тРНК, к нему присоединяется большая субъединица рибосомы. В результате образуется инициирующий комплекс, в котором выделяют 2 центра: Р-центр (пептидильный) и А-центр (аминоацильный). В Р-центре находится инициирующая аминоацил-тРНК, а А-центр свободен
Инициация трансляции у эукариот обеспечивается большим числом факторов инициации. Среди них выделяют собственно факторы инициации, обозначаемые eIF1 – eIF5. Факторы eIF1 – eIF3 в комплексе с дополнительными факторами (eIF-2B и eIF-S) обеспечивают присоединение инициирующей аминоацил-тРНК и иРНК к субъединицам рибосомы. Факторы IF4, eIF5 и некоторые дополнительные факторы осуществляют подготовку иРНК к инициации трансляции.
Последовательность стадий:
1. Присоединение аминоацил-тРНК к малой субъединице рибосомы(необходим фактор eIF2 и энергия ГТФ);
2. Присоединение мРНК к малой субъединице рибосомы (при помощи КЭП);
3. Присоединение большой субъединицы
42. Механизм элонгации полипептидной цепи в процессе трансляции.
В процессе элонгации происходит наращивание полипептидной цепи.
Н а первом этапе элонгации с А-центром связывается следующая аминоацил-тРНК, антикодон которой комплементарен следующему триплету. Далее происходит перенос аминокислотного остатка с фмет-тРНКфмет на аминогруппу аминокислотного остатка следующий аминоацил-тРНК, связанной с А-центром. В результате возникает первая пептидная связь и образуется дипетидил-тРНК. Реакция образования пептидной связи в процессе трансляции получила название пептидилтрансферазной реакции.
Далее рибосома перемещается на один кодон в направлении от 5’- к 3’-концу иРНК. Инициирующая тРНК покидает рибосому. Дипептидил-тРНК перемещается из А-центра в Р-центр. При этом А-центр освобождается, здесь оказывается следующий триплет. Теперь рибосома готова к новому циклу элонгации. Дипептид с дипептидил-тРНК переносится на следующую аминоацил-тРНК, находящуюся в А-центре, что приводит к образованию трипептидил-тРНК. Последняя вступает в следующий цикл элонгации. Рассмотренные циклы продолжаются до тех пор, пока рибосома не достигнет терминирующих кодонов.
В элонгации трансляции у прокариот участвуют белковые факторы EF-Tu, EF-Ts и EF-G. Фактор EF-Tu, образуя комплекс с ГТФ, взаимодействует с аминоацил-тРНК. Образовавшийся тройной комплекс соединяется с рибосомой. Далее происходит гидролиз ГТФ и комплекс EF-Tu-ГДФ покидает рибосому. Фактор EF-Ts ответственен за восстановление комплекса EF-Tu-ГТФ из EF-Tu-ГДФ. Фактор EF-G обеспечивает перемещение (транслокацию) иРНК относительно рибосомы.
У эукариот в элонгации участвуют два фактора eEF-1 и eEF-2, являющиеся аналогами факторов прокариот EF-Tu и EF-G.
43. Терминация трансляции: терминирующие кодоны, белковые факторы терминации, механизм гидролиза пептидил-тРНК и диссоциации трансляционного комплекса (лекция+инет)
Как только в А-центре окажется один из терминирующих кодонов: УАГ, УГА, УАА, наступает терминация белкового синтеза: происходит гидролитическое отщепление полипептида от тРНК, тРНК отделяется от рибосомы, рибосома диссоциирует на субъединицы. В этом процессе участвуют специфические белки – факторы терминации. У бактерий они обозначаются как RF-1, RF-2 и RF-3. Указанные факторы связываются с терминирующим кодоном, как только он окажется в пределах А-центра рибосомы, и запускают процесс терминации синтеза белка. У эукариот в терминации трансляции участвует один фактор – R, его функция аналогична функции факторов терминации бактерий.