Начинается второй этап гугенотских войн 1572-1576 года.

До Варфоломеевской ночи борьба не отличалась особым ожесточением. Сражались две феодальные клики, стремившиеся захватить короля и затем править от его имени. Религиозные разногласия играли лишь незначительную роль. Вплоть до 1572 г. Екатерина Медичи искусно маневрировала между католическим и протестантским дворянскими лагерями, которые ослабляли друг друга взаимной борьбой. Второй этап отличался от первого тем, что движение было направленно уже не к тому что бы «освободить» (т.е. захватить) короля и действовать от его имени. Задача восставших – смена негодной династии. Борьба шла против династии Валуа. Но, ни гугеноты, ни католики не располагали значительными вооруженными силами, что бы захватить или удержать власть, поэтому и те и другие искали поддержки за границей и шли ради этого на прямое предательство жизненных интересов своей родины. Католическая знать поспешила сблизиться с недавним открытым врагом Франции — Испанией. За помощь, оказанную партии Гизов, Филипп II требовал своё «бургундское наследство», т. е. Бургундию, а также Прованс или какую-нибудь другую южную провинцию, например Дофине.

Гугенотская аристократия относилась враждебно к Испании, но зато она искала покровительства у английской королевы Елизаветы, выдававшей себя за бескорыстную защитницу всех протестантов континентальной Европы. Ей обещаны были Кале и суверенитет над Гиенью, что означало бы предоставление Англии важнейших стратегических и экономических позиций во Франции.

Пятая религиозная война (1574–1576). Понимая необходимость консолидации своих сил, гугеноты предприняли шаги по созданию собственной политической организации. В результате съездов в Мило в 1573 и 1574 и в Ниме в 1575 возникла Гугенотская конфедерация – своеобразная федеративная республика на юге Франции со своими органами управления и армией. Перед лицом политического раскола Франции новый французский король Генрих III (1574–1589) начал очередную безуспешную попытку искоренить «ересь». Гугеноты получили крупную финансовую помощь от Англии и большое войско от пфальцграфа Иоанна-Казимира; в феврале 1576 Генрих Наваррский бежал из Лувра и возглавил протестантскую армию. В союз с ним вступил младший брат короля и глава партии «политиков» герцог Франциск Алансонский. После того как протестанты овладели важными крепостями в Ангулеме (Сен-Жан д'Анжели) и в Нормандии (Сен-Ло и Валонь), король издал в Болье в 1576 эдикт, повторивший условия Ла-Рошельского мира. Король согласился на все требования гугенотов. Им была предоставлена свобода вероисповедания повсюду, кроме Парижа и территории королевского дворца, право организовывать свои отделения при судебных палатах. Король согласился признать преступлением убийста во время Варфоломеевской ночи, возвратить конфискованные у гугенотов имения; вдобавок Франциск Алансонский получил Анжу, Турень и Берри, Генрих Наваррский – Гиень, а Луи Конде, сын убитого при Жарнаке Луи Конде, – Пикардию; протестантам было предоставлено дополнительно еще восемь крепостей. В целом внутри Франции образовалась федеративная республика, которая в 1575 году на съезде в Ниме была утверждена. Это означало, что Франция разделилась на два государства.

Создание гугенотами своей республики означало завершение второго этапа гугенотских войн и начало третьего.