Лекция_2_БИ_М_2014

Локальные базы данных для растений

SolEST база данных:

«one-stop shop» подход для изучения транскриптома

Solanaceae.

Почему Solanaceae?

Включает очень различающиеся роды:

§Овощи (томат, картофель, перец и баклажан)

§Коммерчески важные растения (табак)

§Декоративные растения (петуния)

Некоторые виды – модельные объекты для изучения разнообразных процессов

Геном ни одного члена семейства не секвенирован

EST (Expressed Sequence Tags) –

фрагменты экспрессирующихся последовательностей

§Представляют собой части работающих (экспрессирующихся) генов

§Не содержат интронов

§Не требуют полного секвенирования

SolEST

SolEST включает:

§EST из диких и 14 культурных видов Solanaceae

§Две коллекции EST из Rubiaceae (род Coffea)

§Всего: 925 708 последовательностей

Позволит:

§Значительно облегчить аннотирование генома;

§Ускорит полное секвенирование генома томата и картофеля.

§Улучшить понимание генома Solanaceae

EST базы данных позволяют:

§Детектировать полноразмерные транскрипты и потенциальный альтернативный сплайсинг

§Определение паттернов экспрессии

§Ассоциировать метаболические и сигнальные путей

§Разрабатывать SSR маркеры

PRGdb: база данных генов устойчивости растений

PRGdb – доступная открытая база данных, которая представляет собой первый биоинформативный ресурс, обеспечивающий всеобъемлющий обзор о генов устойчивости растений.

В настоящее время база данных включает:

•16000 известных и предполагаемых R- генов

•115 болезнетворных микроорганизмов

•192 вида растений

•Ссылки на сайты с полезной биологической

информацией

PRG - база данных предназначенная, идентификации и изучения генов растений, вовлеченных в процесс сопротивления болезни. Данные множества ресурсов сети и литературы хранятся в нескольких секциях, создавая объединенный ресурс знаний с акцентом на характеристику R-генов и их классификацию. База данных связана с уже существующими базами данных.

Данные PRG накоплены в базе данных MySQL и находятся в свободном доступе через веб-интерфейс по адресу: http://www.prgdb.org.

Дизайн веб-сайта PRG призван обеспечить исследователей растений дружественным инструментом для нахождения соответствующей информации в полном каталоге R-генов.

Исследователи, могут найти нужную информацию с помощью комбинации контрольных ключей, таких как название R- гена, названия Avr-гена, вида растения, вида патогена и названия болезни