5 курс / ОЗИЗО Общественное здоровье и здравоохранение / Однонуклеотидные_полиморфизмы_в_прогнозировании_развития
.pdf31
репарации ДНК, вызывая нарушение регуляции сигнального пути ATM/p53, тем самым влияя на прогрессирование опухоли РМЖ [59]. Выявлена корреляция между мутацией CC и экспрессией ОНП CDH1 в сайте rs587783047. Анализ общей и бессобытийной выживаемости показал, что снижение экспрессии ATM
и, наоборот, повышенная экспрессия CDH1 пагубно влияет на прогноз пациентов.
Некоторые исследователи полагали, что rs88931 (MAP3K1) сильно коррелировал с отдаленной выживаемостью без признаков заболевания (DDFS), DFS и OS рака молочной железы, положительного по рецепторам гормонов [124].
T. Yahata, W. Shao, H. Endoh и др. (2015) подтвердили, что гомозиготные аллели rs2046210 показали худшую безрецидивную выживаемость [195]. A. Hein, B. Rack, L. Li и др. (2017) [108] показали, что rs2981582 (FGFR2), rs889312 (MAP3K1) и rs3803662 (TOX3) не влияли на общую выживаемость и выживаемость без прогрессирования у пациентов с раком груди. Аналогичный результат был отмечен в текущем исследовании, но роль rs3803662 в прогнозе пациентов с раком груди в популяции хань редко анализировалась. В нашем исследовании изучались генетические факторы, связанные с прогнозом пациентов с раком груди у женщин в провинции Хэнань с помощью ОНП
(генетический маркер третьего поколения), которые имеют региональные и этнические различия. Мы определили, что ОНП rs10069690 (TERT), rs2046210
(6q25.1), rs2981582 (FGFR2) и rs889312 (MAP3K1) не были связаны с DFS, а rs3803662 (TOX3 / TNRC9), были связаны с DFS. Генотип GG rs3803662 (TOX3 / TNRC9) был связан с худшим прогнозом и увеличивал рецидивный риск рака груди почти в три раза [92].
В то же время в сочетании с результатами предыдущих исследований [106]
ген TOX3 играет определенную роль в возникновении и развитии рака груди у женщин китайской популяции. Сообщалось, что ген TOX3 в злокачественных опухолях в основном участвует в процессе транскрипции [82, 195, 198].
Исследования рака груди показали, что TOX3 является антионкогеном [75] и
больше экспрессируется в опухолях протоков [102]. Эти исследования
32
подтвердили роль TOX3 в развитии рака груди, но вопрос о том, как он регулируется сложен и неизвестен [75, 102, 197].
В последнее время с постоянным развитием биоинформатики появилось большое количество многофункциональных программ для биоинформатики,
которые значительно ускорили интеграцию и использование существующих биомедицинских данных. Исследования в области биоинформатики помогают нам найти наиболее разумные и эффективные методы или подходы для лечения и профилактики заболеваний [88, 181, 182]. Для анализа TOX3 использовались инструменты биоинформатики, такие как GO, KEGG и байесовские сети. С
помощью анализа GO было выявлено, что TOX3/TNRC9 выполняет три функции:
молекулярная функция, клеточный компонент и биологический процесс. Анализ
KEGG показал, что IGF-IGF1R-PI3K-Akt-mTOR-S6K был наилучшим возможным путем для дифференцировки клеток рака молочной железы, а ER-TOX3/TNRC9
был оценен как основной путь для выживания опухолевых клеток с помощью байесовских сетей. Эти результаты обеспечивают теоретическую основу для таргетной терапии рака груди, а также закладывают теоретическую основу для изучения механизмов действия гена TOX3 при раке груди.
В исследовании W. Wang, P. Yuan, D. Yu и др. (2016), посвященном трижды негативному раку молочной железы (TNBC), являющемуся подтипом рака молочной железы с неблагоприятным прогнозом и высокой гетерогенностью,
была показана роль определения однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) в
прогнозе течения трижды негативного рака молочной железы. Авторами были проанализированы ОНП базы данных (NextBio, Ensembl, NCBI и MirSNP),
выделены 111 однонуклеотидных полиморфизмов, ассоциированных с неблагоприятным прогнозом. По результатам исследования SNР rs1054135 в гене белка 4-го белка жировых кислот adipocyte (FABP4) является предиктором рецидива заболевания. G-аллель rs1054135 ассоциировалась со снижением риска прогрессирования заболевания и длительной выживаемость без признаков болезни [190].
Рекомендовано к покупке и изучению сайтом МедУнивер - https://meduniver.com/
33
Доступ к генам-кандидатам показал, что средний риск развития рака молочной железы характерен для редких мутаций в генах, участвующих в репарации ДНК (PALB2, BRIP1, CHEK2, ATM и RAD50). Глобальная ассоциация по исследованию генома (GWAS) определила низкий процент полиморфизма ОНП по восприимчивости к раку молочной железы внутри генов, а также в хромосомных локусах без известного гена (LSP1, TOX3, FGFR2, TGFB1, MAP3K1, 2q35 и 8q) [53].
Наследственный рак молочной железы, вызванный мутациями, встречается у евреев-ашкенази. Эти мутации, составляют 80,0-90,0% наследственного рака молочной железы и случаев рака яичников в этой этнической группе. Эти ОНП включают 185delAG и 5382insC в гене BRCA1 и 6174delT в BRCA2 [58,45].
Недавний метаанализ по оценкам женщин с 185delAG или 5382insC показал, что мутация BRCA1 имеет приблизительно 60,0% риска развития рака молочной железы в возрасте 70 лет, для женщин с мутацией 6174delT BRCA2 риск развития рака молочной железы оценивается в 50,0% в возрасте 70 лет. Эти мутации увеличивают риск развития рака грудной железы у мужчин. Риск рака грудной железы оценивается в 6,9% в возрасте 80 лет для мужчин с мутацией BRCA2.
В работе R.E. Johnson S.L. Yu, S. Prakash, L. Prakash (2007) изучили 1037
потенциально функциональных ОНП у 437 женщин с двусторонним первичным раком молочных желез и 2463 контрольных больных. Их результаты показали,
что двадцать пять из этих ОНП в BRCA1, BRCA2, ATM, TP53 и гены CHEK2
были ассоциированы с развитием рака молочной железы. Однонуклеотидные полимофризмы, которые имели аллель риска для рака молочной железы,
включали ОНП гена BRCA1 (rs1799950, rs4986850, rs22279945, rs16942 и rs1799966), ОНП гена BRCA2 (rs766173, rs144848, rs4987117, rs1799954, rs11571746, rs11571747, rs4987047, rs11571833 и rs1801426), ОНП гена АТМ
(rs3218707, rs4987945, rs4986761, rs3218695, rs1800056, rs1800057, rs3092856, rs1800058 и rs1801673), ОНП гена CHEK2 (rs1787991) и ОНП гена TP53
(rs1042522) [117].
34
A. Cox, A.M. Dunning, M. Garcia-Closas и др. (2007) [76] выделили девять ОНП, ассоциированных с раком молочной железы. Авторами представлены доказательства для CASP8 D302H (rs1045485) с коэффициентами развития 0,89 и 0,74 для гетерозигот и редких гомозигот. Для TGFB1 L10P (rs1982073) с
коэффициентами 1,07 и 1,16 для гетерозигот и редких гомозигот соответственно
[76].
S.N. Stacey, A. Manolescu, P. Sulem и др. (2007) [176] генотипировали приблизительно 300 000 ОНП у 1600 исландцев с раком молочной железы. Было сообщено о связи rs13387042 в хромосоме 2q35 и rs3803662 на хромосоме 16q12 с
раком молочной железы.
В2009 г. были доложены результаты исследования S. Ahmed, G. Thomas, M. Ghoussaini и др. (2009) [53], в котором было проведено изучение ассоциации локусов восприимчивости и рака молочной железы в два этапа. 37 012 и 40 069
случая из 33 исследований CGEMS в коллаборации с Ассоциацией по изучению рака молочной железы доказали восприимчивость 3p (rs4973768) и 17q
(rs6504950), связанных с раком молочной железы.
W. Zheng, J. Long, Y.T. Gao и др. (2009) [200] осуществили национальное исследование GWAS с целью выявления вариантов риска для рака молочной железы среди китайских женщин. Проанализированы 607728 ОНП в 1505
случаях. Было сообщено, что ОНП rs2046210 на 6q25.1, расположенный вверху гена, кодирующего эстрогеновый рецептор α, проявили сильную ассоциацию с
раком молочной железы.
G. Thomas, K. Jacobs, P. Kraft и др. (2009) [180] в 2010 г. определили два новых ОНП, ассоциированных с раком молочной железы, после трехэтапного исследования GWAS в 9770 случаях исследовательской группы и 10799
контрольной. Первый ОНП на хромосоме 1p11.2 (rs11249433), а второй - на хромосоме 14q24.1 (rs999737). Они также сообщили об ассоциации с локусами на
хромосоме 5p12, 2q35, 8q24, 10q26, 5q11.2 и 16q12.1 [74].
На основании вышеизложенного была сформулирована цель в рамках
исследования: определение однонуклеотидных полиморфизмов,
Рекомендовано к покупке и изучению сайтом МедУнивер - https://meduniver.com/
35
ассоциированных с риском развития раком молочной железы и неблагоприятным прогнозом течения заболевания.
Таким образом представленные данные свидетельствуют, что некоторые генетические факторы тесно связаны с риском развития и прогнозом течения рака молочной железы в различных популяциях. Отличия в полученных результатах могут быть связаны с расовыми различиями. Основная цель GWAS (GenomeWide Association Studies Полногено́мный по́иск ассоциа́ций) исследования -
получить информацию по взаимодействию между генами и выявить общие или частичные характеристики этих взаимодействий, связанных с жизненными процессами. Понимание механизмов жизнедеятельности на молекулярном уровне способствует изучению функций клеток и жизненных процессов, что дает направления для изучения причин болезней человека.
36
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Общая характеристика исследования
Диссертационная работа выполнена на кафедре хирургии, акушерства и гинекологии КФУ Министерства науки и высшего образования России на базе государственного коммунального предприятия на праве хозяйственного ведения «Многопрофильный медицинская центр» акимата г. Астана и Республиканского государственного предприятия «Больница Медицинского центра Управления делами Президента Республики Казахстан» на праве хозяйственного ведения в
2017-2019 годы.
Основу выборки составили 200 пациенток с установленным диагнозом рак молочной железы, состоящие на учете в «Многопрофильный медицинская центр» акимата г. Астана и 216 условно здоровых женщин, обратившиеся в организации первичной медико – санитарной помощи г. Астана, не имеющие онкологического заболевания в анамнезе.
Проведение исследовательской работы было одобрено локальной этической комиссии по биоэтике Республиканского государственного предприятия «Больница Медицинского центра Управления делами президента Республики Казахстан» на праве хозяйственного ведения от 28.08.2017 №3.
Критерии включения:
Основная группа – 200 пациенток с диагнозом рак молочной железы
казахской популяции.
Возраст ≥ 18 лет.
Морфологически подтвержденный диагноз рак молочной железы с результатами иммуно-гистохимического исследования.
Общее состояние по Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG):
Статус не более 2
Ожидаемая продолжительность жизни более 24 недель.
Рекомендовано к покупке и изучению сайтом МедУнивер - https://meduniver.com/
37
Отсутствие любых психологических, семейных, социологических или географических условий, потенциально препятствующих проведению исследования согласно протоколу и плану наблюдения.
Подписанное письменное информированное согласие.
Критерии не включения:
Отсутствие морфологической верификации диагноза.
Невозможность получения информированного согласия.
Отказ пациента от участия в исследовании.
Уязвимые группы населения.
Контрольная группа – 216 условно здоровых женщин казахской
популяции.
Критерии включения:
Возраст ≥ 18 лет.
Отсутствие любых психологических, семейных, социологических или географических условий, потенциально препятствующих проведению исследования согласно протоколу и плану наблюдения.
Подписанное письменное информированное согласие.
Отсутствие онкологического заболевания любой локализации в анамнезе и на момент включения в исследование.
Критерии не включения:
Невозможность получения информированного согласия.
Отказ пациента от участия в исследовании.
Уязвимые группы населения.
Условия проведения программы.
Исследование проведено в соответствии с «Правилами проведения доклинических исследований, медико-биологических экспериментов и клинических испытаний в Республике Казахстан» с приказом №442 от 25.07.2007, утвержденным Министром Здравоохранения Республики Казахстан (РК). В рамках программы соблюдены требования Госстандарта РК «Надлежащая
38
лабораторная практика. Основные положения» утвержденные Министром индустрии и торговли РК приказами № 557 от 29.12.2006 и №575 от 29.12.2006.
В рамках проведения программы соблюдены этические принципы проведения биомедицинских исследований Республики Казахстан, национального и международных руководств по этике исследований, с участием человека в качестве испытуемого и/или животных. Соблюдены этические принципы Хельсинской Декларации по проведению медицинских исследований с участием человека в качестве субъекта.
Дизайн исследования
Данное исследование является проспективным, сравнительным, диагностическим исследованием. Исследование проведено в 2 этапа:
На 1-м этапе было предусмотрено формирование 2 групп: группа исследования (пациенты с установленным диагнозом РМЖ) и группа контроля (условно здоровые люди).
На 2-м этапе исследования из группы пациентов с установленным диагнозом рака молочной железы сформированы 2 группы:
1)группа неблагоприятного прогноза: трижды негативный / низкодифференцированный рак / возраст на момент установления диагноза менее 50 лет / двустороннее поражение;
2)контрольная группа: прочие пациенты с установленным диагнозом рак молочной железы.
2.2. Характеристика групп исследования
В исследование включены женщины-казашки, идентифицирующие себя по этнической принадлежности к казахской популяции.
На 1-м этапе было предусмотрено формирование 2 групп: группа исследования (пациенты с установленным диагнозом РМЖ) и группа контроля (условно здоровые люди) (рис. 2).
Рекомендовано к покупке и изучению сайтом МедУнивер - https://meduniver.com/
39
Рисунок 2. - Дизайн исследования. Образцы периферической крови получали стандартной пункцией локтевой вены (РМЖ – рак молочной железы, Er – рецептор
эстрогена, Prрецептор прогестерона, Her2new – рецептор человеческого эпидермального фактора роста 2 типа).
40
Группа исследования – пациенты с морфологически подтвержденным раком молочной железы казахской популяции и отобрана из пациентов,
состоящих на учете в онкологическом диспансере г. Астана.
Группа контроля – сформирована из условно здоровых женщин казахской популяции, обращавшиеся в организации первичной медико – санитарной помощи г. Астан, не имеющие онкологического заболевания в анамнезе и давшие согласие на участие в исследовании.
На 2 этапе исследования, из группы пациентов с установленным диагнозом рак молочной железы сформированы 2 группы:
Группа неблагоприятного прогноза: трижды негативный /
низкодифференцированный рак / возраст на момент установления диагноза менее
50 лет / двустороннее поражение.
Контрольная группа: прочие пациенты с установленным диагнозом рак
молочной железы.
2.3. Процедура сбора данных и проведения исследования
Перед включением в исследование, всем потенциальным участниками исследования проводилась процедура информирования участника исследования о целях и задачах исследования, потенциальных рисках, нежелательных явлениях и потенциальной пользе участия в исследовании.
Всеми участниками исследования была подписана форма информированного согласия на участие в исследовании.
Первичный сбор данных осуществлялся после подписания
«Информированного согласия на участие в исследовании» в момент амбулаторного приема врача онколога. Во время визита включения,
осуществлялся сбор анамнестических, клинических данных, а также данных лабораторных и инструментальных методов исследований. В 1-й группе
(пациентки РМЖ) фиксировалась распространенность процесса (RECIST), объем
Рекомендовано к покупке и изучению сайтом МедУнивер - https://meduniver.com/