В целом кроссинговер представляет собой один из регулярных генетических процессов, контролируемых многими генами как непосредственно, так и через физиологическое состояние мейотических или митотических клеток.

Благодаря сцепленному наследованию удачные сочетания аллелей оказываются относительно устойчивыми. В результате образуются группы генов, каждая из которых функционирует как единый суперген, контролирующий несколько признаков.

В то же время, в ходе кроссинговера возникают рекомбинации – т.е. новые комбинации аллелей. Таким образом, кроссинговер повышает комбинативную изменчивость организмов.

Стадия пахитены наступает к концу конъюгации и характеризуется гаплоидным числом утолщенных и укороченных бивалентов. На стадии пахитены можно видеть ядрышки, прикрепленные к определенным участкам хромосом в области вторичных перетяжек.

В конце стадии пахитены появляется продольная щель, и на стадиии диплотены гомологичные хромосомы почти расходятся друг от друга. На этой стадии каждая хромосома состоит из двух хроматид, которые сцеплены в некоторых участках. Эти сцепления называются хиазмами. Каждый бивалент содержит две или три хиазмы, хотя длинные хромосомы могут иметь их больше, чем короткие.

В стадию диакинеза хиазмы начинают смещаться к концам хроматид и постепенно исчезать. Биваленты смещаются в экваториальную плоскость. Ядерная мембрана и ядрышки растворяются, формируется веретено деление, заканчивается профаза I.

Во время метафазы I хромосомы располагаются в экваториальной области, образуя метафазную пластинку. Нити веретена направляются только к одному полюсу, прикрепляются к центромерам каждого бивалента. Гомологичные хромосомы отделяются друг от друга и растягиваются к разным полюсам. В редуцированный гаплоидный набор попадает по одной гомологичной хромосоме из каждого бивалента.

Анафаза I характеризуется окончательным разделением гомологичных хромосом. Нити веретена оттягивают по паре хроматид к противоположным полюсам клетки. Хромосомы разделяются на два гаплоидных набора, попадающих в дочерние клетки.

После завершения перемещения гомологичных центромер к противоположным полюсам начинается короткая по времени телофаза I, что означает завершение первого деления мейоза.