- •Что такое генетическая трансформация? Какие способы трансформации бактериальных клеток существуют?
- •Какими свойствами обладают компетентные клетки и для чего они используются?
- •Опишите структуру экспрессионной плазмиды. За какие функции отвечает каждый из ее участков?
- •Что такое бактериальный оперон? Опишите структуру и принцип работы арабинозного оперона.
- •Что такое селективный скрининг? Для чего его применяют?
- •Для чего добавляют антибиотик и арабинозу в агар для выращивания клеток, трансформированных плазмидой pGlo? Какие признаки мы можем наблюдать при таком выращивании?
- •Как рассчитать эффективность трансформации? От чего она зависит?
- •Какие организмы используются в биотехнологии в качестве клеток-хозяев для биосинтеза белка?
- •Что такое рекомбинантные белки и как их получают?
- •Какими свойствами должен обладать экспрессионный бактериальный штамм для успешной экспрессии генов белков?
- •Какие вещества и в каких случаях используют для регуляции экспрессии гена целевого белка в бактериальных экспрессионных системах?
- •Для чего нужна регуляция экспрессии гена и каким образом она осуществляется?
- •Что такое иптг? Что происходит в трансформированных клетках после его добавления в питательную среду?
- •В каких отделах клетки и в какой форме может осуществляться накопление белка при экспрессии гена?
- •Ген экспрессируемого в е.Coli белка находится под промотором рнк полимеразы фага т7. Какие гены должны присутствовать в клетке-хозяине, чтобы экспрессия была эффективной?
- •В каких условиях производится культивирование трансформированных клеток е.Coli bl21?
- •Какие преимущества и недостатки получения целевого белка в растворимой форме при экспрессии его гена в бактериальной культуре?
- •Что такое “тельца включения”? Какие преимущества и недостатки они дают при выделении рекомбинантных белков?
- •Какими растворами промывают “тельца включения” для подготовки к очистке? Для чего используется каждый этап промывки?
- •Какие методы используют для разрушения бактериальных клеток?
- •Какие существуют виды хроматографии по механизму разделения веществ? Каковы особенности каждого вида?
- •Как происходит разделение веществ при ионообменной и аффинной хроматографиях?
- •Какие вещества мешают определению концентрации белка колориметрическими методами и каким образом можно от них избавиться?
- •Опишите принцип определения концентрации белка по Лоури.
- •Какими способами осуществляют денатурацию белков при проведении электрофореза?
- •Какие подложки используют для проведения электрофореза и какие преимущества и недостатки они имеют?
- •Что такое полиакриламидный гель? Как он формируется?
- •Из каких участков состоит пааг для разделения белков и для чего служит каждый из них?
- •Для чего в состав пааг и разделяемых образцов вводят дсн?
- •Какими методами осуществляют визуализацию разделенных с помощью электрофореза молекул?
Какие методы используют для разрушения бактериальных клеток?
Химические:
-обработка щелочью (дешево, изменение pH, после обработки щелочью не остается практически ни одной жизнеспособной клетки);
-органическими растворителями (дешево и легко, применяют для выделения ферментов из дрожжей, но требуется дополнительные тестирования, чтобы продукт не денатурировал);
-детергентами (детергенты дороги, в большинстве случаев в их присутствии белки денатурируют, а кроме того, они могут загрязнять конечный продукт).
Биологические:
Лизис (гидролиз клеточных стенок)
-Грамположительных бактерий (лизоцимом яичного белка);
-Грамотрицательных бактерий (лизоцимом и этилендиаминтетрауксусной кислотой (ЭДТА));
-Дрожжей (одним или несколькими ферментами: β-1,3-глюканазы, β-1,6-глюканазы, манназы и хитиназы).
Ферментативная обработка (с применением рекомбинантных микроорганизмов для промышленного синтеза ферментов)
Физические
-немеханическими (например, с помощью осмотического шока или быстрого многократного замораживания и оттаивания), (но обычно многие клетки остаются неповрежденными);
-механическими (высокоэффективный метод)
обработкой ультразвуком (клетки разрушаются под действием гидродинамических сил), (при малых объемах);
с помощью шаровой мельницы (при больших объемах используют), (Большинство клеток разрушается под действием сдвиговых напряжений, возникающих в результате быстрого движения шариков);
гомогенизации под давлением (концентрированную клеточную суспензию продавливают через небольшое отверстие под высоким давлением, а затем давление резко сбрасывают, происходит лизис);
соударения (клеточную суспензию большой вязкости направляют под давлением на неподвижную поверхность или навстречу потоку другой суспензии).
Какие существуют виды хроматографии по механизму разделения веществ? Каковы особенности каждого вида?
-Распределительная – распределение в неподвижных жидких фазах (экстракция)
-Ионообменная – на разной способности веществ к ионному обмену
-Адсорбционная – основана на различии в адсорбируемости веществ твердым сорбентом
-Эксклюзионная (молекулярно-ситовая) – на различии в размерах и формах молекул разделяемых веществ
-Аффинная - на специфических взаимодействиях, характерных для некоторых биологических и биохимических процессов (например, антитело и антиген, гормон и рецептор и др.).
-Осадочная – основанная на образовании отличающихся по растворимости осадков разделяемых веществ с сорбентом
Как происходит разделение веществ при ионообменной и аффинной хроматографиях?
Ионообменная хроматография позволяет разделить молекулы, основываясь на ионных взаимодействиях. Неподвижная фаза имеет заряженные функциональные группы, которые взаимодействуют с анализируемыми ионизированными молекулами противоположного заряда. Этот вариант хроматографии классифицируется на два типа — катионную и анионную ионообменную хроматографию. Суть в том, что только положительно заряженные белки проходят сквозь колонку, а остальные остаются в ней. При изменении pH среды меняются заряды, и исходя из заряда выходят разные белки в зависимости от их суммарного заряда (аминокислотного).
Аффинная хроматография — разновидность лигандной хроматографии. В основе последней лежит реакция взаимодействия разделяемых примесей с лигандом, связанным с инертным носителем. В случае аффинной хроматографии в роли примесей выступают биологически активные вещества (белки, ферменты), вступающие с лигандом (тоже, как правило, органическим) в специфическое биохимическое взаимодействие. Например: антитело-антиген, гормон-рецептор, фермент-субстрат, гуанин-цитозин и тд.. Именно высокая специфичность подобного взаимодействия обусловливает высокую эффективность аффинной хроматографии и её широкое (по сравнению с другими видами лигандной хроматографии) распространение. Суть в том, что она использует структурные особенности белков для разделения. Преимущества – высокая степень очистки, недостатки – загрязнение лигандом.