1.Структурная организация ферментов

Ферменты – это глобулярные белки, состоящие из одной или нескольких полипептидных цепей, организованных в 3-х мерную структуру.

По химическому строению различают простые (однокомпонентные) ферменты (состоят только из аминокислот) и сложные двукомпонентные ферменты (имеющие небелковую часть - кофактор).

Кофакторы – это вещества, способствующие действию ферментов, или необходимые для его осуществления. Роль кофактора в основном сводится к следующему:

• изменение третичной структуры белка и создание комплементарности между ферментом и субстратом, стабилизация молекулы фермента в пространстве;

• непосредственное участие в реакции в качестве еще одного субстрата.

Кофакторы делят, хотя и достаточно условно, на коферменты и простетические группы.

Добавочную группу, прочно связанную, не отделяемую от белковой части, называют простетической группой; в отличие от этого добавочную группу, легко отделяющуюся от апофермента и способную к самостоятельному существованию, обычно именуют коферментом.

Химическая природа важнейших коферментов была выяснена в 30-е годы нашего столетия благодаря трудам О. Варбурга, Р. Куна, П. Каррера и др. Оказалось, что роль коферментов в двухкомпонентных ферментах играют большинство витаминов (Е, К, Q, В₁, В₂, В₆ В₁₂, Н и др.) или соединений, построенных с участием витаминов (коэнзим А, НАД+ и т. п.). Кроме того, функцию коферментов выполняют такие соединения, как НS-глутатион, многочисленная группа нуклеотидов и их производных, производные некоторых моносахаридов, ряд других веществ.

Характерной особенностью двухкомпонентных ферментов является то, что ни белковая часть, ни добавочная группа в отдельности не обладают заметной каталитической активностью. Только их комплекс проявляет ферментативные свойства. При этом белок резко повышает каталитическую активность добавочной группы, присущую ей в свободном состоянии в очень малой степени; добавочная же группа стабилизирует белковую часть и делает ее менее уязвимой к денатурирующим агентам.

В апоферменте есть участок, характеризующийся специфической структурой, избирательно связывающий кофермент. Это так называемый кофермент связывающий домен; его структура у различных апоферментов, соединяющихся с одним и тем же коферментом, очень сходна.

Каждый кофермент имеет определенную структуру, что делает его специфичным для определенного типа реакций (табл.1).

В процессе катализа реакции в контакт с субстратом вступает не вся молекула фермента, а определенный ее участок, который называется активным центром. Эта зона молекулы не состоит из последовательности аминокислот, а формируется при формировании третичной структуры белковой молекулы.

Активный центр — это относительно небольшой участок, расположенный в узком гидрофобном углублении (щели) поверхности молекулы фермента, непосредственно участвующий в связывании, удержании субстрата и катализе.

В активном центре различают две зоны: центр связывания (или субстратсвязывающий участок), ответственный за присоединение и удержание субстрата, и каталитический центр, отвечающий за химическое превращение субстрата (рис. 1). Необходимо понимать, что в реальных ферментах субстратный центр может совпадать (или перекрываться) с каталитическим центром. Более того, каталитический центр может окончательно формироваться в момент присоединения субстрата. Поэтому часто говорят об активном центре фермента, представляющем сочетание первого и второго.

Таблица 1

Как уже указывалось, сложные ферменты в каталитическом центре имеют участок или домен для связывания кофактора.

Помимо активного центра ряд ферментов снабжен регуляторным центром. С этой зоной фермента взаимодействуют эффекторы, влияющие на его каталитическую активность.

Ферментативные эффекторы - вещества, изменяющие скорость ферментативного катализа. Среди них различают ингибиторы - замедляющие скорость реакции и активаторы - ускоряющие ферментативную реакцию.

Важнейшие аминокислотные остатки в активном центре лизоцима

Рис. 1