Lection03

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

Принятых расширений для файлов обоих форматов пока что нет, но наиболее часто используемые следующие:

.gb, .genbank, .fas, .fasta, .fs

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

Рассмотрим пример полуения данные генетических последовательстей рода Ctenotus (Ктетонус) род ящериц из смейства сцинковые.

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

Рис. 2. Ctenotus (Ктетонус)

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

Ðèñ. 3. GenBank

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

Перейдем по ссылке Entrez Nucleotide

В главном поисковом окне введем (*12S*) AND Ctenotus[Organism] и нажмем кнопку Search.

Мы указали, что хотим искать все записи, у которых в поле Organism стоит слово Ctenotus, а в любых других полях должно быть указано 12S это название митохондриального гена,

который нам потребуется для дальнейшего анализа.

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

Митохондрия энергетическая станция клетки; основная функция окисление органических соединений и использование освобождающейся при их распаде энергии в синтезе молекул АТФ, который происходит за сч¼т движения электрона по электронно-транспортной цепи белков внутренней мембраны.

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

АТФ аденозинтрифосфат нуклеотид, основная роль которого состоит в том, что он является универсальным источником энергии для всех биохимических процессов, протекающих в живых системах.

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

Ðèñ. 4. Entrez Nucleotide

Лекция 3. Банки биологических данных и форматы данных

В результате поиска мы получим записи из базы данных. Наиболее важная информация для нас следующая:

название вида,

название гена и то, как именно он секвенирован (полностью или нет),

длина гена,

accession ID уникальный идентификатор записи в базе.