1) Безударные гласные в корне; 2) сомнительные согласные в корне; 3) непроизносимые согласные.

      Для приставок - правописание гласных и согласных в приставках, кроме приставок на 3/С и ПРЕ/ПРИ; двойные согласные на стыке приставки и корня. Для суффиксов - гласные и согласные в суффиксах существительных, прилагательных и причастий - кроме после шипящих и Н/НН; согласные на конце слова. Для окончаний - гласные в падежных окончаниях прилагательных и существительных.

      Морфологический принцип есть следствие изменения звуковой системы русского слова; в частности, АКАНЬЕ, падение редуцированных. Оно является следствием реального существования в сознании смыслового членения речи на морфемы. Интересно, что когда этимология слова для нас затемнена, мы стремимся писать фонетически, а не морфологически - то есть когда нам не важна смысловая структура слова; ср. ЗДЕСЬ, ГДЕ, ЕСЛИ. Потеря прямой соотнесённости с производящим словом («деэтимологизация») также приводит к переходу от морфологического написания к фонетическому (СВАДЬБА - но СВАТ; ср. МОЛОТЬБА - МОЛОТИТЬ).

      Труднее дело обстоит с написаниями после шипящих. Видимо, морфологическим является Ы после Ц и И после Ч или Щ в окончаниях, но не И после Ж и Ш. Морфологическим можно признать наличие И в суффиксах после Ж, Ш, Ч, Щ - типа МЕДИЦИНА. ЁТ после Ж и Ш в окончаниях глагола соотносится с ЁТ типа НЕСЁТ (как и в причастиях на ЁНН). Видимо, не попадут сюда ЧА/ЩА и ЧУ/ЩУ, и ЖИ/ШИ в корнях, аналогично с орфограммой О и Е в корнях после шипящих и Ц.

      Но в русском языке существуют и нарушения морфологического принципа, связанные с деэтимологизацией или иными причинами. Теоретически возможны два типа нарушений - в пользу фонетических написаний и в пользу традиционных написаний.

      ФОНЕТИЧЕСКИЕ НАПИСАНИЯ.

      Фонетический принцип орфографии, в отличие от морфологического, предполагает отражение на письме не фонематической мены, а именно фонетических чередований. То есть при последовательном фонетическом принципе мы должны писать ВАДА и ЗУП - «пиши, как слышишь». По сути, это отражение на письме не только сильных позиций фонем, но и слабых. Это отступление не диктуется системой языка: звуки, отражаемые этим принципом, могут писаться и по морфологическому принципу (ср. сербский - ИЗПИТЬ). Причём они не мотивированы и в достаточной степени произвольны; трудно понять. Почему НАД- везде единообразна, а ИЗ- - зависит от позиции перед согласным.

      А) Приставки с конечным С-/3- (кроме самой С-). В.Ф. Иванова делает примечание, что и он - непоследователен. Слова типа БЕЗЖАЛОСТНЫЙ и БЕСШАБАШНЫЙ нужно писать с приставками БЕЖ- и БЕШ-. Значит,

      фонетичность имеет предел: показывается только ассимиляция по звонкости / глухости, но не по месту образования. Аналогично БЕЗВКУСНЫЙ перед глухо звучащим В - правило отражает диктат буквы по отношению к реальному фонетическому звучанию.

      В) РАЗ/РОЗ...

      Г) И в начале корня переходит в Ы после приставок на согласную: ИГРА -ПОДЫГРАТЬ. У этого правила тоже есть исключения - СВЕРХ и МЕЖ, которые запрещают переход И в Ы из-за запрета в системе языка на сочетания ЖЫ и ХЫ. После иноязычных приставок на согласный И сохраняется для того, чтобы пишущий мог точнее осознать корень. Здесь фонетический принцип сменяется морфологическим.

      Д) О и Е в суффиксах и окончаниях прилагательных, существительных и наречий после шипящих. И здесь на фонетику накладывается традиция -нарушения слогового принципа графики.

      Е)Отдельные асистемные явления: РАС/С/СОРИТЬСЯ, ВАН/Н/НАЯ, КРИСТАЛ/Л/ЬНЫЙ, ФИН/Н/СКИЙ, КОЛОН/Н/КА.

      ВЫВОДЫ: во-первых, ни одного последовательно проводимого фонетического правила нет, так как они нарушают систему; во-вторых, не являются фонетическими опорные написания ДОМ, СТРАНА, так как в них вообще нет орфограмм.

      ТРАДИЦИОННЫЙ ПРИНЦИП.

      Для его понимания необходимо развести фонетические и исторические чередования. Фонетические чередования действуют по законам современной системы языка и не знают исключений. Это чередования звуков, вариантов фонем. В пределах одной фонемы и не передаются на письме. Исторические чередования когда-то были живыми, но сейчас не отвечают закономерностям системы - то есть это чередование разных фонем. Соотношение фонетических и исторических чередований - соотношение синхронии и диахронии в фонологии. Иногда традиционные написания поэтому называют фонемно-традиционными написаниями. Иногда, чтобы подчеркнуть их этимологический характер, их называют (правда. Не все из них) этимологическими написаниями: A)   Все   непроверяемые   написания   согласных       (в   том  числе непроизносимых) и гласных в заимствованных словах. Б) Написания, регулируемые этимологически или традицией - ЖИ/ШИ... B) Написания,   регулируемые   не   фонологическими   правилами,   а морфонологией    (чередования    гласных    в    корне    слова),    семантикой (РАВН/РОВН), грамматикой ( -ШЬ).

      ИСТОРИЯ ГРАФИКИ И ОРФОГРАФИИ: ОБЩАЯ ТЕОРИЯ. Графика, орфография и пунктуация в диахронии складываются разными путями. Графика - рождается одновременно с письменной речью, поскольку есть её необходимый атрибут. Орфография же складывается в исторические периоды, когда цивилизация осознаёт необходимость кодификации, унификации написания в целях оптимального использования письменного языка в социуме. Она складывается, когда в умах людей зарождается представление о НОРМЕ. Едва ли можно говорить об орфографии в период новгородских берестяных грамот или надписей на фестских дисках. Лишь расширение и дифференциация социальной структуры общества привело к пониманию, что одно о то же звучание, записанное по-разному, затрудняет понимание, поскольку непосредственно говорящего рядом нет. Поэтому уже в Древнем Египте можно говорить об орфографии (не говоря уже об изначально «орфографически» ориентированном санскрите и других языках того же типа - старославянский, койнэ, золотая латынь...). Это так же зависит и от типа письменности: иероглифическая письменность направлена на передачу концепта, идеи, а не на фонематический облик слова - значит, в ней роль орфографии меньше, чем в слоговой или буквенной. Применительно к русскому языку, наверно, можно говорить о стихийной орфографии древних рукописей как о тенденции, хотя сами ошибки писцов, драгоценные для историков, всё же свидетельствуют об отсутствии орфографии в строгом смысле. Она начинается с осознанием обществом необходимости в единообразии написания и с кодификационной работой специально подготовленных людей - для нас это 18 век.

      Пунктуация же оформляется в известной мере независимо от орфографии, поскольку её назначение - несколько иное (см. выше). В частности, трудно говорить о пунктуации «Слова о полку Игореве» - это одно предложение с точки зрения современной пунктуации. Членение письменной речи может вообще иметь разные задачи: во главу угла кладётся интонационная «разбивка», как в китайском, отчасти в английском, логическая, как в японском (внеязыковые) или всё же синтаксическая (собственно языковая), как в современном русском. Вообще рождение европейской пунктуации - это средние века: именно тогда и начали «расставлять точки и запятые» в канонических греческих и латинских текстах, изначально таковых почти не имевших. Наша русская пунктуация складывается на базе европейской. Кстати, сами знаки препинания существовали гораздо раньше 19 века, но их расстановка не подвергалась строгим предписаниям и не осуждалась. В рукописях Пушкина питерец С. Лурье обнаружил массу орфографических и пунктуационных ошибок. Зная чуткий и совершенный языковой вкус и чутьё Пушкина, можно предположить, что его рукописи отразили не собственную безграмотность поэта, но общий «разброд и шатание» в сфере орфографических/пунктуационных норм и правил того времени.

      В целом орфография и пунктуация суть явления лишь современного периода цивилизации, когда крайне повысились требования к точности и единообразию передаваемой информации в силу неведомого прежде усложнения и сильной дифференциации форм общественной и духовной жизни.