6 курс / Кардиология / Биохимические_и_генетические_особенности_реализации_патогенности

121

Аутолизин, EC:3.2.1.96

Таблица 23. Перечень цитоплазматических белков, обнаруживаемых в

исходной культуральной жидкости и хроматографических фракциях 4 и

5, обладающих гемолитической активностью

Идентифицируемые белки (Функции гипотетических белков основываясь на генной онтологии)

1-Пирролин-5-карбоксилатдегидрогеназа, EC:1.2.1.88

30S рибосомальный белок S3

50S рибосомальный белок L25

6-фосфоглюконатдегидрогеназа, EC:1.1.1.44

аконитатгидратаза, EC:4.2.1.3

алкил-гидропероксидредуктаза, EC:1.11.1.15

аспартаткиназа, EC:2.7.2.4

аспартил-тРНК-синтетаза, EC:6.1.1.12

АТФ-синтаза F0F1 субъединицы альфа, EC:3.6.3.14

ATP-зависимая протеаза АТФ-связывающая субъединица HslU

субъединица Е2 дегидрогеназы альфа-кетокислот с разветвленной цепью, EC: 1.2.4.4

дигидролипоамид дегидрогеназа, EC: 2.3.1.12

дигидролипоамид-сукцинилтрансфераза, EC: 2.3.1.61

D-лактат дегидрогеназа, EC:1.1.1.28

субъединица А ДНК топоизомеразы IV, EC:5.99.1.-

ДНК –зависимая РНК полимераза субъединица бета (DNA-directed RNA polymerase subunit beta), EC:2.7.7.6

фактор элонгации G

фактор элонгации Tu

формиат - тетрагидрофолат лигаза, EC:6.3.4.3

Рекомендовано к изучению разделом по микробиологии сайта https://meduniver.com/

123

сукцинил-КоА-синтетаза субъединица бета, EC:6.2.1.5

транспозаза ISSha1

тРНК модифицированная ГТФ аза (tRNA modification GTPase), EC:3.6.-.-

При анализе перечней белков, обнаруживаемых в исходной культуральной жидкости изолята SH 527 и хроматографических фракциях 4 и 5,

обладающих гемолитической активностью особо обращает на себя внимание гипотетический белок (SH0168) -предшественник триацилглицерол-липазы

(EC: 3.1.1.3). По данным полногеномного секвенирования этот белок аннотирован у всех исследуемых изолятов S.haemolyticus (SH527, SH39, SH421, SH864-1) (Табл. 18). Причем только АК последовательность триацилглицерол-липазы изолята SH527 на 100% гомологична липазе

SH0168 референсного штамма JCSC1435 (Табл. 19, рис. 22). Был проведен сравнительный анализ АК последовательностей триацилглицерол-липаз исследуемых изолятов, в результате чего, у исследуемых изолятов

S.haemolyticus было обнаружено три различных варианта АК последовательностей, гомологичных триацилглицерол-липазе референсного штамма JCSC1435. Кроме того были проанализированы АК последовательности триацилглицерол-липазы штаммов S.haemolyticus,

полногеномные последовательности которых доступны в базе данных NCBI (n=129). Было показано, что для вида S.haemolyticus характерно наличие 18

различных типов триацилглицерол-липазы. Наиболее широко представленные два типа триацилглицерол-липазы: к первому типу относятся белки идентичные триацилглицерол-липазе референсного штамма

JCSC1435 SH0168 (65/129, 50,4%), в том числе и триацилглицерол-липаза изолята SH527.

Рекомендовано к изучению разделом по микробиологии сайта https://meduniver.com/

Ко второму наиболее распространенному типу триацилглицерол-липаз

(49/129, 38%) относятся триацилглицерол-липазы изолятов SH39, SH421. У

четырех штаммов из 129 штаммов (3%), полнонуклеотидные последовательности которых представлены в базе данных NCBI, были выявлены АК последовательности идентичные триацилглицерол-липазе изолята SH864-1.

На основании АК последовательностей гипотетических триацилглицерол-липаз исследуемых изолятов S.haemolyticus (SH527, SH39, SH421, SH864-1) были получены математические модели, предсказывающие структуру и функции соответствующих гипотетических белков. За основу моделей была взята структура липазы L1 Bacillus stearothermophilus (1ji3),

которая является ближайшим структурным доменом в базе данных

SUPERFAMILY для гипотетических триацилглицерол-липаз исследуемых изолятов. Характеристика полученных моделей представлена в таблице 24.

Так на основании построенных моделей АК последовательности гипотетических триацилглицерол-липаз исследуемых изолятов образовывали структуру, представляющую собой смешанный альфа / бета/ альфа-лист,

содержащий 8 нитей, соединенных альфа спиралями. Такая структура белка соответствует альфа/бета-гидролазному домену.

Таблица 24. Характеристика моделей структур АК последовательностей изолятов S.haemolyticus (SH527, SH39, SH421, SH864-1), гомологичных белку SH0168 референсного штамма JCSC1435 (чем ниже значение E-

value, тем более надежна модель [166])

Рекомендовано к изучению разделом по микробиологии сайта https://meduniver.com/

Глава 4 Обсуждение

4.1 Особенности проявления патогенных свойств госпитальными штаммами S. epidermidis

На сегодняшний день КОС являются основными возбудителями госпитальных инфекций, в результате которых увеличивается время пребывание пациента в стационаре и стоимость его лечения. В наиболее тяжелых случаях наличие госпитальной инфекции у пациента может привести к летальному исходу. Наибольшее число случаев, ассоциированных с КОС инфекциями, вызвано штаммами S. epidermidis. В ходе настоящей работы собрана коллекция изолятов КОС из стационаров, расположенных в различных регионах России, значительная часть которых представлена изолятами S. epidermidis (64 изолятов, 37,9%), что подтверждает клиническую значимость представителей этого вида. Большинство изолятов

S.epidermidis были выделены при конъюнктивите (23%), а также из кала

(20%). Из зева и крови было выделено по 16% изолятов собранной коллекции. Надо отметить, что в коллекции присутствуют изоляты,

выделенные у пациентов с летальным исходом (S.epidermidis SE41 и

S.epidermidis SE36-1).

В рамках диссертационной работы показано, что подавляющее большинство изолятов S.epidermidis, выявленных в различных стационарах России являются устойчивыми к метициллину, что согласуется с данными зарубежных исследователей [4, 171, 172]. При этом многие изоляты обладали множественной лекарственной устойчивостью к антибиотикам нескольких различных групп. В составе коллекции не было выявлено изолятов

S.epidermidis, устойчивых к ванкомицину и линезолиду. Полученные данные говорят о высоком уровне устойчивости изолятов КОС к антимикробным препаратам, кроме того эти данные могут помочь скорректировать схему лечения КОС-ассоциированных инфекций, наиболее вероятным препаратом выбора в этом случае является ванкомицин.

Рекомендовано к изучению разделом по микробиологии сайта https://meduniver.com/

129

Большую часть коллекции составили изоляты, полученные из ФГБУ

«Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова» (32 изолята, 50%). В случае ФГБУ «Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова» популяция S.epidermidis представлена тремя близкородственными штаммами,

относящимися к сиквенс типам ST 59, ST 22, ST 2. На основании этих данных можно сделать вывод о циркуляции на территории стационара, в частности ФГБУ «Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова» одной популяции клонов.

Основываясь на результатах типирования, а также данных о происхождении изолятов коллекции, были отобраны три госпитальных изолята (SE36-1, SE41, SE528) на примере, которых исследовали особенности проявления патогенных свойств S.epidermidis. Выбор изолятов SE36-1 и SE41

был обусловлен тем, что инфекционные процессы, вызванные ими, привели к летальным исходам пациентов, у которых они были выделены. Изолят SE36-1

был выделен из крови умершего новорожденного ребенка с ЭНМТ, и

диагнозом врожденный сепсис. Изолят SE41 выделен из аутопсийного материала (ткань легких) новорожденного ребенка с ЭНМТ и диагнозом врожденный сепсис, осложненный пневмонией, вызванной данным изолятом стафилококка. Что касается изолята SE528, то он был получен при посеве из зева новорожденного ребенка и отобран как штамм, возможно,

ассоциированный с колонизацией. По данным типирования все три изолята относятся к большому клональному комплексу СС2, характеризующему госпитальные штаммы [170], при этом SE36-1 и SE41 характеризуются комплексообразующим сиквенс-типом ST2, а SE528 является, так называемым вариантом с единичной заменой в локусе (single locus variant)

сиквенс-типа ST2 и, соответственно, также относится к клональному комплексу СС2. В ходе секвенирования для этих изолятов были определены полногеномные нуклеотидные последовательности. Полногеномное

Рекомендовано к изучению разделом по микробиологии сайта https://meduniver.com/