Организация

По мнению многих православных и католиков, протестантизм не имеет непрерывного апостольского преемства^[6]. Отсутствие апостольского преемства не признается самими протестантами, например, апостольское преемство есть у Англиканской церкви и у лютеранских церквей всех скандинавских государств, так как церкви в этих странах образовались путём полного отделения местных епархий (вместе с епископами, священниками и паствой) от РКЦ. По мнению же многих протестантов, апостольское преемство само по себе является необязательным или же обязательным, но не единственным условием Церкви Божией, — известны случаи, когда и православные епископы становились раскольниками и создавали собственные церкви (пример — Украинская православная церковь Киевского патриархата).

Протестанты не признают деяний третьего — седьмого Вселенских соборов^[7]. Де-факто все протестанты признают решения двух первых Вселенских соборов: Первого Никейского и Первого Константинопольского, являясь тринитариями и исповедуя Апостольский, Никейский и Афанасьевский символы веры. Именно поэтому Мормонов^[8] и Свидетелей Иеговы^[9] не относят к протестантам — не являясь тринитариями, они не могут быть протестантами.

Большинство протестантов отрицают монашество, иконы и почитание святых. Монастыри есть у лютеран и англикан, так же не отрицаются этими конфессиями святые и иконы, однако нет иконопочитания в том виде, какое свойственно католичеству и православию. Отрицают монашество и иконы протестанты реформатского толка.

Обряды

По мнению православных критиков, отсутствие обрядов и ритуалов, характерных для православия, делает протестантскую религию «неполноценной^[10][11], ущербной и нестабильной»^[12], приводит протестантизм к бесконечному дроблению на множество деноминаций, а дух рационализма к законченному атеизму^[13] (развившемуся именно в преимущественно протестантских странах^[14]).

Образ жизни, вопросы этики и морали

По мнению критиков, протестантский рациональный коллективизм пренебрегает послушанием Богу и выражается в греховном и постыдном человекоугодничестве, например: некоторые протестанты Западной Европы венчают гомосексуалистов, разрешают аборты, наркотики, эвтаназию, суицид (самоубийство) и др.

Однако это уже маргинальный протестантизм, не имеющий ничего общего ни с классическим протестантизмом, ни с христианством в целом. Данные явления в настоящее время все более и более становятся нормой в развитых странах Запада и все более сильное разлагающее влияние оказывают на церковную жизнь в тех странах (есть даже соответствующий термин для данных проявлений — «обмирщение Церкви»). Таких «протестантских» церквей в западном обществе становится с каждым годом все больше и больше. «По плодам их узнаете их». В настоящее время даже некоторые классические протестантские церкви маргинализируются, например, Лютеранская Церковь Швеции (имеющая, как было сказано выше, апостольское преемство) одобряет однополые браки. Протестантские церкви государств СНГ и Прибалтики в данных вопросах гораздо более консервативнее, современные западные веяния их коснулись в меньшей степени^[15].