- •Понятие «фермент». Свойства ферментов. Отличие ферментов от неорганических катализаторов.
- •1) Специфичность (избирательность) действия.
- •Какие вещества называются ферментами? Их химическая природа и строение? Свойства ферментов.
- •1) Специфичность (избирательность) действия.
- •Структура и свойства ферментов. Чем обусловлено разнообразие ферментов? Охарактеризуйте специфичность действия ферментов, приведите примеры.
- •1) Специфичность (избирательность) действия.
- •Химическая природа ферментов. Строение ферментов. Активные центры ферментов. Множественные формы ферментов.
- •Строение ферментов
- •Активный центр ферментов
- •Строение ферментов. Общая характеристика небелковых частей ферментов, их структура, связь с витаминами; примеры.
- •Структура ферментов. Понятие простых и сложных ферментов. Приведите примеры. Апофермент, его структура и роль. Кофермент, его структура и роль.
- •8. Дайте характеристику изоферментов. Приведите примеры. Имеет ли изучение изоферментов для диагностики различных заболеваний? Ответ поясните. Изоферменты
- •9. Современные представления о механизме действия ферментов и регуляции их активности, привести примеры.
- •10. Современные представления о кинетике ферментативных реакций и факторы, которые на нее влияют.
- •11. Назовите факторы, которые влияют на скорость ферментативной реакции. Охарактеризуйте влияние этих факторов на скорость ферментативной реакции.
- •12. Регуляция активности ферментов; пути ее активации и инактивации. Влияние ионизирующего излучения и экологических факторов на ферменты.
- •13. Молекулярные механизмы регуляции активности ферментов.
- •Способы регуляции активности ферментов
- •2. Компартментализация
- •3. Генетическая регуляция
- •4. Ограниченный (частичный) протеолиз проферментов
- •5. Аллостерическая регуляция
- •Общий принцип аллостерической регуляции
- •Регуляция фосфофруктокиназы конечным продуктом
- •6. Белок-белковое взаимодействие
- •Принципиальная схема активации аденилатциклазы
- •Активация протеинкиназы а при помощи цАмф
- •7. Ковалентная (химическая) модификация
- •Изменение активности фермента при фосфорилировании-дефосфорилировании
- •14. Сущность биологического катализа. Роль белков в биологическом катализе.
- •Сущность явления катализа
- •15. Общие свойства ферментов. Международная классификация и номенклатура ферментов.
- •1) Специфичность (избирательность) действия.
- •16. Понятие «фермент». Классификация и номенклатура ферментов. Приведите примеры.
- •17. Классификация ферментов по типу катализируемой химической реакции (6 классов ферментов). Охарактеризуйте эти классы, приведите примеры.
- •18. Что такое «ингибиторы» и «активаторы» ферментов. Виды ингибирования.
- •19. Ингибирование работы ферментов. Применение ингибирования в медицине.
- •20. Применение ферментов в медицине. Понятие об энзимопатиях. Примеры.
- •21. Понятие метаболизма. Стадии метаболизма. Цикл трикарбоновых кислот (цикл Кребса), его роль в обмене углеводов, липидов, аминокислот.
- •I этап катаболизма происходит в желудочно-кишечном тракте и сводится к реакциям гидролиза пищевых веществ. Химическая энергия рассеивается в виде тепла.
- •22. Понятие «метаболические пути», их классификация. Современная теория тканевого дыхания. Дыхательная цепь, ее надмолекулярная организация.
- •23. Макроэргические соединения, их химическое строение. Роль в организме атф. Образование атф в организме (окислительное и субстратное фосфорилирование).
-
Структура и свойства ферментов. Чем обусловлено разнообразие ферментов? Охарактеризуйте специфичность действия ферментов, приведите примеры.
Химическая природа и структура ферментов. Большинство ферментов имеют белковую природу, но ферментативной активностью обладает также иРНК (работы Томаса Чека). Доказательства белковой природы ферментов таковы:
а) потеря активности при кипя- чении;
б) денатурация при УФ и рентгеновском облучении, действии ультразвука, кислот, щелочей, тяжелых металлов;
в) гидролиз до аминокислот;
г) осаждение под действием солей (высаливание) без потери каталитических свойств;
д) высокая молекулярная масса, амфотерные свойства, способность к электрофорезу;
е) возможность искусственного синтеза из аминокислот (впервые так была синтезирована рибонуклеаза).
Структура ферментов. Ферменты делятся на простые и сложные. Простые ферменты являются белками и состоят только из аминокислот (например, ферменты 3 класса - гидролазы). Сложные ферменты состоят из белкового компонента (апофермента) и небелкового (кофак- тора). Кофактор может быть неорганической (металлы) и органической природы и в зависимости от прочности связи с апоферментом делятся на простетические группы (прочно, ко- валентно связаны с апоферментом) и коферменты (слабо, нековалентно связаны с апоферментом). В целом сложный фермент (апофермент + кофактор) называется холоферментом.
Свойства ферментов как биокатализаторов:
1) Специфичность (избирательность) действия.
а) абсолютная специфичность – фермент катализирует превращение только одного субстрата (один фермент – один субстрат). Пример – уреаза, аргиназа, сахараза, лактаза и др.
б) стереоструктурная – фермент катализирует превращение определенного стереоизомера (лактатдегидрогеназа превращает только L-лактат)
в) относительная – фермент катализирует превращение группы веществ с одним типом химической связи (один фермент – одна связь). Пример - пептидазы, эстеразы, гликозидазы.
2) Зависимость скорости ферментативной реакции от температуры. Ферментативные реакции, как и все химические реакции, ускоряются при повышении температуры (в 2-4 раза на каждые 10оС). Однако скорость ферментативной реакции имеет свой температурный оптимум, превышение которого приводит к понижению активности ферментов из-за тепловой денатурации их молекул. Для большинства ферментативных реакций температурный оптимум - 38-40оС, а при 50-60оС и выше скорость ферментативных реакций сильно уменьшается из-за разрушения молекул фермента (искл. - миокиназа не инактивируется даже при 100 оС). Зависимость активности ферментов от температуры называется термолабильностью. Ферменты лучше сохраняются при низких температурах – их активность снижается, но денатурации не происходит. Это свойство используется в медицине для производства препаратов ферментов. При некоторых операциях необходимо снизить скорость обмена веществ. Тогда используют охлаждение органов (например, при пересадке почек, сердца и др. органов).
3) Зависимость ферментативной активности от рН среды. Каждый фермент имеет свой рН– оптимум - значение рН, при котором его активность максимальна. Фермент, как и любой белок, имеет в своей структуре ионогенные группы (например, карбоксильные группы или аминогруппы в боковых цепях), а от концентрация ионов водорода зависит их диссоциация и соотношение между положительно и отрицательно заряженными группами. Соотношение между этими группами определяет и пространственное строение молекулы фермента (его конформацию), а следовательно, и его активность. Большинство ферментов наиболее активны при рН=6-8. Исключения - пепсин (рНопт=1,5-2), аргиназа (рНопт=10-11).
4) Ферменты ускоряют как прямую так и обратную реакции (например, лактатдегидрогеназа)
5) Активность ферментов может изменяться под влиянием различных веществ, которые могут повышать (активаторы) или снижать (ингибиторы) скорость катализируемой реакции.
6) Ферменты в отличие от небиологических катализаторов проявляют более высокую активность и проявляют свою способность ускорять реакции в очень маленьких концентрациях (например, одна молекула карбангидразы способна расщепить 36 млн. молекул Н2СO3).
7) Ферменты, как и небиологические катализаторы, катализируют только те реакции, которые подчиняются II закону термодинамики и являются энергетически возможными. Ферменты не входят в состав конечных продуктов реакции, не влияют на константу равновесия реакции, а только увеличивают скорость ее достижения.
Специфичность ферментов. Ферменты обладают высокой специфичностью действия. Это свойство часто существенно отличает их от неорганических катализаторов. Так, мелкоизмельченные платина и палладий могут катализировать восстановление (с участием молекулярного водорода) десятков тысяч химических соединенийразличной структуры. Высокая специфичность ферментов обусловлена, как было отмечено, конфор-мационной и электростатической комплементарностью между молекулами субстрата и фермента и уникальной структурной организацией активного центра, обеспечивающими «узнавание», высокое сродство и избирательность протекания одной какой-либо реакции из тысячи других химических реакций, осуществляющихся одновременно в живых клетках.
В зависимости от механизма действия различают ферменты с относительной (или групповой) и абсолютной специфичностью. Так, для действия некоторых гидролитических ферментов наибольшее значение имеет тип химической связи в молекуле субстрата. Например, пепсин в одинаковой степени расщепляет белки животного и растительного происхождения, несмотря на то что эти белки существенно отличаются друг от друга как по химическому строению и аминокислотному составу, так и по физико-химическим свойствам. Однако пепсин не расщепляет ни углеводы, ни жиры. Объясняется это тем, что точкой приложения, местом действия пепсина является пептидная —СО—NH-связь. Для действия липазы, катализирующей гидролиз жиров на глицерин и жирные кислоты, подобным местом является сложноэфирная связь. Аналогичной групповой специфичностью обладают трипсин, химотрипсин, пептидазы, ферменты, гидроли-зующие α-гликозидные связи (но не β-гликозидные связи, имеющиеся в целлюлозе) в полисахаридах, и др. Обычно эти ферменты участвуют в процессе пищеварения, и их групповая специфичность, вероятнее всего, имеет определенный биологический смысл. Относительной специфичностьюнаделены также некоторые внутриклеточные ферменты, например гексокиназа, катализирующая в присутствии АТФфосфорилиро-вание почти всех гексоз, хотя одновременно в клетках имеются и специфические для каждой гексозыферменты, выполняющие такое же фос-форилирование (см. главу 10).
Абсолютной специфичностью действия называют способность фермента катализировать превращение только единственного субстрата. Любые изменения (модификации) в структуре субстрата делают его недоступным для действия фермента. Примерами таких ферментов могут служить аргиназа, расщепляющая в естественных условиях (в организме) аргинин, уреаза, катализирующая распад мочевины, и др.
Имеются экспериментальные доказательства существования так называемой стереохимической специфичности, обусловленной существованием оптически изомерных L- и D-форм или геометрических (цис-и транс-) изомеровхимических веществ. Так, известны оксидазы L- и D-аминокислот, хотя в природных белках обнаружены только L-ами-нокислоты. Каждый из видов оксидаз действует только на свой специфический стереоизомер.
Наглядным примером стереохимической специфичности является бактериальная аспартатдекарбоксилаза, катализирующая отщепление СО2 только от L-аспарагиновой кислоты с превращением ее в L-аланин. Сте-реоспецифичность проявляют ферменты, катализирующие и синтетические реакции. Так, из аммиака и α-кетоглутарата во всех живых организмах синтезируется L-изомер глутаминовой кислоты, входящей в состав природных белков. Если какое-либо соединение существует в форме цис-и транс-изомеров с различным расположением групп атомов вокруг двойной связи, то, как правило, только один из этих геометрических изомеровможет служить в качестве субстрата для действия фермента. Например, фумараза катализирует превращение только фумаровой кислоты (трансизомер), но не действует на малеиновую кислоту (цис-изомер):
Таким образом, благодаря высокой специфичности действия ферменты обеспечивают протекание с большой скоростью лишь определенных химических реакций из огромного разнообразия возможных превращений в микропространстве клеток и целостном организме, регулируя тем самым интенсивность обмена веществ.