Начало гонений
Увлечение оккультизмом и мистикой, а также постоянные метания российских вольных каменщиков, обращавшихся то к одной, то к другой масонским системам, сослужили им дурную службу. За скандалом вокруг графа Калиостро последовал памфлет Екатерины II "Тайна противонелепого общества", в котором можно было разглядеть первые признаки приближающихся гонений. С подозрением окружение императрицы воспринимало и связи российских масонов с масонами Германии, Швеции, Англии. После пугачевского восстания императрица начинает с недоверием, а порой и с враждой относиться к идеям свободы личности и народного просвещения, революция во Франции лишь убеждает ее, что такого рода идеи могут представлять для монархии опасность.
К тому же в 80-х годах в Германии началось усиленное преследование тайных обществ, имевших отношение к масонству и иллюминатству. Их обвиняют в ужасных преступлениях, в стремлении низвергать троны, алтари, в отравлениях и убийствах. Хотя эти обвинения были голословными и никогда доказаны не были, они заставили Екатерину по-другому взглянуть на российское масонство.
Гонения начинаются с повышенного внимания к издательской деятельности в Москве Н.Новикова. Одновременно правительство стало преследовать и благотворительную деятельность новиковского кружка, под покровительством которого строились школы, больницы. В январе 1786 года появляется указ о передаче всех частных школ и больниц Приказу общественного призрения, которому также повелевалось наблюдать за всеми учреждениями новиковского кружка. Раздача Новиковым хлеба простому народу в голодном 1687 году послужила толчком к более энергичным мерам: последовало запрещение печатать в светских типографиях книги, относящиеся к церковному или священному писанию, запрещена их продажа в частных лавках, наконец, последовало запрещение отдавать Новикову университетскую типографию, что грозило совершенным прекращением издательской деятельности.
Все попытки обвинить Новикова в активности, наносящей вред Православной церкви, закончились ничем. Митрополит Платон, известный ревнитель ортодоксального православия, после бесед с Н.Новиковым писал императрице: "Я одолжаюсь по совести и сану моему донести Тебе, что молю всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве, Богом и Тобой мне вверенной, но и во всем мире были христиане таковые, как Новиков".
В начале 1690-х годов Новиков был арестован и допрашивался сначала в Москве, а потом был доставлен в Шлиссельбургскую крепость. Одновременно началось следствие в отношении других членов новиковского кружка, которое в Москве вел князь Прозоровский. Допросу подверглись Гамалея, Поздеев, куратор Московского университета М.М.Херасков. Конфискованные книги в количестве более 18000 экземпляров были сожжены. Новиков провел в Шлиссельбургской крепости 15 лет.
Работы в масонских ложах в это время прекратились, и возобновились только по восшествии на престол императора Павла I, который в бытность Великим князем благоволил к масонам и даже был посвещен в высокие степени. На другой день после смерти Екатерины он освободил Новикова и всех, замешанных в этом деле; князь Куракин, князь Репнин, Баженов, Лопухин были вызваны ко двору и щедро вознаграждены.
Однако император, вопреки ожиданиям, не восстановил масонство в прежних правах. Лишь в начале царствования Александра I деятельность масонских лож была полностью легализована. Но Новиков и его последователи более не присоединялись к открыто действовавшим двум крупнейшим союзам - Великой Провинциальной Ложе и Великой Ложе Астрея.
Сам Новиков и поселившийся в его имении С.И.Гамалея много работали над созданием пятидесятитомной Герметической библиотеки, переписывая для нее наиболее важные масонские сочинения и считая своей главной задачей сохранение для последующих поколений духовного наследия масонства 70-80-х годов.
Масонские поиски "истинного христианства" того времени, столь увлекавшие Н.Новикова, И.В.Лопухина, С.И.Гамалея, И.П.Тургенева и других масонов, полностью лежат в русле концепции "достоинства христианства и недостоинства христиан", получившей широкое распространение в России в начале ХХ века. В поисках "истинного христианства" русским масонством XVIII века угадывается одно из основных тенденций внецерковного направления православно-христианского реформаторства XIX-XX века, стремившего обрести "истинное христианство" в дополнение к христианству традиционному, лежащему в русле официальной церкви. Именно здесь лежали истоки взглядов выдающихся русских философов-идеалистов конца XIX - начала XX веков, к трудам которых сейчас вновь обращается российская интеллигенция.
В 1822 году масонство вновь было запрещено, однако не исчезло. Либеральные идеи, принесенные в Россию масонством и популяризировавшиеся масонами, пустили глубокие корни в умах российской интеллигенции. Они остались в произведениях выдающихся русских писателей, публицистов. Именно они пронизывали либеральное движение конца XIX века в России.
1822 год историки считают не только годом запрета масонства в России, но и годом начала первой волны русской эмиграции. Многие из тех, кто не мог жить в обстановке реакции, покидали Россию и оседали в других странах Европы, главным образом во Франции, где вступали в ложи Великого Востока или Великой Ложи Франции. Перебравшись в страны с более либеральным режимом, они не теряли связей с друзьями и родственниками в России.
Несомненно, влияние масонства в России не исчезло, но значительно ослабло. И символично, что хватило трех лет, чтобы в общественной мысли страны возобладали идеи насильственного переустройства общества. Проповедь созидания сменилась проповедью разрушения.
В декабре 1825 года в Санкт-Петербурге произошел мятеж на Сенатской площади. Позднее революционеров-аристократов сменили революционеры-разночинцы, а за ними - марксисты, поставившие террор, насилие, сознательное разрушение общества на научную основу и сделавшие это своей профессией. Страна, скованная крепостным правом, отягощенная абсолютной властью царя, духовным соглядатайством Синода, не могла свободно развиваться. Лишенная возможности выбора, она двинулась по пути насилия, безумных и кровавых крестьянских бунтов, заговоров и террора.